[日本語] English
万見
- PDB-9i0w: Structure of human PD-L1 in complex with clinically evaluated inh... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i0w
タイトルStructure of human PD-L1 in complex with clinically evaluated inhibitor
要素Programmed cell death 1 ligand 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / small-molecule inhibitor / PD-1 pathway / Programmed death-ligand 1
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production ...negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interleukin-10 production / Co-inhibition by PD-1 / T cell costimulation / negative regulation of T cell proliferation / response to cytokine / positive regulation of T cell proliferation / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / cellular response to lipopolysaccharide / early endosome membrane / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / immune response / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Programmed cell death 1 ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Plewka, J. / Golebiowska-Mendroch, K. / Slota, A. / Magiera-Mularz, K.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2021/43/B/NZ7/03170 ポーランド
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Characterization of Clinically Evaluated Small-Molecule Inhibitors of PD-L1 for Immunotherapy.
著者: Slota, A. / Golebiowska-Mendroch, K. / Kocik-Krol, J. / Musielak, B. / Stec, M. / Weglarczyk, K. / Siedlar, M. / Skalniak, L. / Plewka, J. / Magiera-Mularz, K.
履歴
登録2025年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death 1 ligand 1
B: Programmed cell death 1 ligand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6043
ポリマ－29,9082
非ポリマー6961
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11530 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)72.066, 72.066, 89.048
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth seq-ID: 18 - 131 / Label seq-ID: 4 - 117

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

#1: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 1 / PD-L1 / PDCD1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / hPD-L1 / B7 homolog 1 / B7-H1


分子量: 14954.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: 化合物 ChemComp-A1IZP / (3~{R})-1-[[7-(iminomethyl)-2-[2-methyl-3-[2-methyl-3-[[3-[[(3~{R})-3-oxidanylpyrrolidin-1-yl]methyl]-1,7-naphthyridin-8-yl]amino]phenyl]phenyl]-1,3-benzoxazol-5-yl]methyl]pyrrolidine-3-carboxylic acid


分子量: 695.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H41N7O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.968 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→62.41 Å / Num. obs: 15292 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.118 / Rrim(I) all: 0.218 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
8.91-62.415.10.04619.32490.9970.0310.0550.6198.6
2.1-2.166.31.6441.113120.1461.0631.9660.9100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430 (refmacat 0.4.88)精密化
REFMAC5.8.0430 (refmacat 0.4.88)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→36.246 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 10.518 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.234 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2995 750 4.914 %
Rwork0.2338 14514 -
all0.237 --
obs-15264 94.89 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 50.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.08 Å2-0.54 Å20 Å2
2---1.08 Å20 Å2
3---3.504 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.246 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1825 0 52 3 1880
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0121917
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.721.8322603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4215229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.194516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.15910329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.5581084
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1790.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021444
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.2685
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.21241
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2720.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1730.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.5564.768922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.8228.5561149
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.5675.08995
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it13.2929.0871454
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it16.93752.2442670
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1390.053036
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.139270.05007
12BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.139270.05007
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.1-2.1550.436500.41411110.41411610.8380.8581000.411
2.155-2.2130.304510.38810760.38311270.9140.8661000.383
2.213-2.2770.481410.389300.38511050.7930.86787.87330.373
2.277-2.3470.379570.3510410.35110980.8780.8891000.341
2.347-2.4240.285350.31510010.31410360.9450.9071000.297
2.424-2.5080.364500.3219610.32310110.8820.9131000.304
2.508-2.6030.389510.2949400.2999910.9010.9251000.273
2.603-2.7080.345430.2726120.2779190.9120.94271.27310.25
2.708-2.8280.27470.2418630.2439110.9560.95699.89020.218
2.828-2.9650.349500.2268190.2338710.9350.96499.77040.201
2.965-3.1240.336420.2187890.2238320.9320.96699.87980.192
3.124-3.3120.317400.2167470.227890.9450.96599.74650.196
3.312-3.5390.365410.2255460.2357260.9170.96480.8540.204
3.539-3.8190.22310.1925200.1947070.9660.97577.93490.177
3.819-4.1790.221240.1694990.1726400.9810.98381.71880.166
4.179-4.6650.158210.1295610.135830.9860.9999.82850.13
4.665-5.3720.221190.1635010.1655200.9740.9831000.168
5.372-6.5430.29340.2134320.2184660.9410.9681000.22
6.543-9.1060.366140.2613440.2653590.9250.95199.72150.27
9.106-36.2460.36190.2592210.2622310.8760.95599.56710.294

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る