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- PDB-9i05: Cryo-EM structure of the large subunit of the mitochondrial ribos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i05
タイトルCryo-EM structure of the large subunit of the mitochondrial ribosome from Toxoplasma gondii
要素
  • (AP2 domain transcription factor ...) x 2
  • (LSU-32) x 2
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 10
  • (Putative 50S ribosomal protein ...) x 4
  • (Putative LSU ribosomal protein ...) x 2
  • (Putative ribosomal protein ...) x 3
  • (RAP domain-containing ...) x 7
  • (Ribosomal l25 family ...) x 2
  • (Ribosomal protein ...) x 4
  • (Transmembrane ...) x 2
  • 50S ribosomal protein L19, chloroplastic
  • BIR protein
  • Chain Ua
  • Chain Uc
  • Chain Ud
  • Chain Ue
  • Chain Uf
  • DUF6832 domain-containing protein
  • FAS1 domain-containing protein
  • HECT-domain (Ubiquitin-transferase) domain-containing protein
  • LSU-1
  • LSU-10
  • LSU-11
  • LSU-12
  • LSU-13
  • LSU-14
  • LSU-15
  • LSU-16
  • LSU-17
  • LSU-18
  • LSU-19
  • LSU-2
  • LSU-20
  • LSU-21
  • LSU-22
  • LSU-23
  • LSU-24
  • LSU-25
  • LSU-26
  • LSU-27
  • LSU-28
  • LSU-29
  • LSU-3
  • LSU-30
  • LSU-31
  • LSU-4
  • LSU-5
  • LSU-6
  • LSU-7
  • LSU-8
  • LSU-9
  • Macro domain-containing protein
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
  • Putative 60S ribosomal protein L27
  • RNA recognition motif-containing protein
  • RRM domain-containing protein
  • Ribosomal L22p/L17e protein
  • bL27m
  • bL32m
  • bL35m
  • bL36m
  • mL102
  • mL130
  • mL132
  • mL144
  • mL146
  • mL148
  • mL149
  • mL152
  • mL153
  • mL155
  • mL156
  • mL157
  • mL158
  • mL159
  • mL160
  • mL161
  • mL40
  • mL53
キーワードRIBOSOME / Toxoplasma gondii / parasite / mitochondrial ribosome / LSU / large subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitochondrial mRNA stability / ribonucleoprotein granule / mitochondrial RNA processing / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / cyclosporin A binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / ubiquitin-protein transferase activity ...regulation of mitochondrial mRNA stability / ribonucleoprotein granule / mitochondrial RNA processing / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / cyclosporin A binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / ubiquitin-protein transferase activity / protein folding / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / translation / DNA-binding transcription factor activity / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HECTD4 / : / : / : / Domain of unknown function (DUF6831) / Domain of unknown function (DUF6832) / Apicomplexa microprotein / Apicomplexa microprotein / RAP domain / RAP domain ...HECTD4 / : / : / : / Domain of unknown function (DUF6831) / Domain of unknown function (DUF6832) / Apicomplexa microprotein / Apicomplexa microprotein / RAP domain / RAP domain / RAP domain profile. / RAP / AP2 domain / AP2/ERF domain / : / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / : / FAS1/BIgH3 domain profile. / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L37 / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L27 / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / : / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / RNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / L28p-like / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / : / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L2, domain 3 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Ribosomal protein L9, N-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL4m / RAP domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL3m / Uncharacterized protein ...FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Ribosomal protein L9, N-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL4m / RAP domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL3m / Uncharacterized protein / Ribosomal protein RPL22 / Large ribosomal subunit protein mL49 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Putative 50S ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L46 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL24c / Ribosomal l25 family protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Putative 60S ribosomal protein L27 / 50S ribosomal protein L19, chloroplastic / Uncharacterized protein / RAP domain-containing protein / Uncharacterized protein / BIR protein / Putative 50S ribosomal protein L13 / Uncharacterized protein / Putative ribosomal protein L28 / Putative LSU ribosomal protein L14P / Large ribosomal subunit protein uL29m / Uncharacterized protein / AP2 domain transcription factor AP2VIIb-2 / Large ribosomal subunit protein uL23m / RAP domain-containing protein / RAP domain-containing protein / Macro domain-containing protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein / HECT-domain (Ubiquitin-transferase) domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein bL21m / Putative 50S ribosomal protein L16 / Large ribosomal subunit protein uL24c / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Uncharacterized protein / RAP domain-containing protein / RAP domain-containing protein / Transmembrane protein / FAS1 domain-containing protein / DUF6832 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein mL43 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / AP2 domain transcription factor AP2IV-1 / Putative ribosomal protein L11 / Uncharacterized protein / Putative LSU ribosomal protein L2P / Putative 50S ribosomal protein L17 / RAP domain-containing protein / RNA recognition motif-containing protein / Putative ribosomal protein L20 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / RRM domain-containing protein / Ribosomal l25 family protein / Ribosomal L22p/L17e protein / Large ribosomal subunit protein mL54 / Ribosomal protein L15, putative / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tobiasson, V. / Shikha, S. / Muhleip, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Numerous rRNA molecules form the apicomplexan mitoribosome via repurposed protein and RNA elements.
著者: Shikha Shikha / Victor Tobiasson / Mariana Ferreira Silva / Jana Ovciarikova / Dario Beraldi / Alexander Mühleip / Lilach Sheiner /
要旨: Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are essential, and their function of synthesising mitochondrial proteins is universal. The core of almost all mitoribosomes is formed from a small number of ...Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are essential, and their function of synthesising mitochondrial proteins is universal. The core of almost all mitoribosomes is formed from a small number of long and self-folding rRNA molecules. In contrast, the mitoribosome of the apicomplexan parasite Toxoplasma gondii assembles from over 50 extremely short rRNA molecules. Here, we use cryo-EM to discover the features that enable this unusual mitoribosome to perform its function. We reveal that poly-A tails added to rRNA molecules are integrated into the ribosome, and we demonstrate their essentiality for mitoribosome formation and for parasite survival. This is a distinct function for poly-A tails, which are otherwise known primarily as stabilisers of messenger RNAs. Furthermore, while ribosomes typically consist of unique rRNA sequences, here nine sequences are used twice, each copy integrated in a different mitoribosome domain, revealing one of the mechanisms enabling the extreme mitochondrial genome reduction characteristic to Apicomplexa and to a large group of related microbial eukaryotes. Finally, several transcription factor-like proteins are repurposed to compensate for reduced or lost critical ribosomal domains, including members of the ApiAP2 family thus far considered to be DNA-binding transcription factors.
履歴
登録2025年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Aa: Putative LSU ribosomal protein L2P
Ab: Large ribosomal subunit protein uL3m
Ac: Large ribosomal subunit protein uL4m
Ad: HECT-domain (Ubiquitin-transferase) domain-containing protein
Ae: Ribosomal protein L9, N-terminal domain-containing protein
Af: Putative ribosomal protein L11
Ag: Putative 50S ribosomal protein L13
Ah: Putative LSU ribosomal protein L14P
Ai: Ribosomal protein L15, putative
Aj: Putative 50S ribosomal protein L16
Ak: Putative 50S ribosomal protein L17
Al: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic
Am: Putative ribosomal protein L20
An: Large ribosomal subunit protein bL21m
Ao: Ribosomal L22p/L17e protein
Ap: Large ribosomal subunit protein uL23m
Aq: Large ribosomal subunit protein uL24c
Ar: Ribosomal l25 family protein
As: bL27m
At: Putative ribosomal protein L28
Au: Large ribosomal subunit protein uL29m
Av: bL32m
Aw: Putative 50S ribosomal protein L33
Ax: bL35m
Ay: bL36m
Az: mL40
AA: Putative 60S ribosomal protein L27
AB: Large ribosomal subunit protein mL43
AC: Ribosomal protein L46
AD: Large ribosomal subunit protein mL49
AE: mL53
AF: Large ribosomal subunit protein mL54
AG: BIR protein
AH: mL102
AI: RAP domain-containing protein
Xa: mL130
Xb: RRM domain-containing protein
Xc: mL132
Xd: RAP domain-containing protein
Xe: Large ribosomal subunit protein uL24c
Xf: FAS1 domain-containing protein
Xg: DUF6832 domain-containing protein
Xh: RAP domain-containing protein
Xi: RAP domain-containing protein
Xj: RAP domain-containing protein
Xk: RNA recognition motif-containing protein
Xl: RAP domain-containing protein
Xm: Macro domain-containing protein
Xn: AP2 domain transcription factor AP2VIIb-2
Xo: mL144
Xp: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
Xq: mL146
Xr: RAP domain-containing protein
Xs: mL149
Xt: mL148
Xv: RAP domain-containing protein
Xw: Transmembrane protein
Xx: mL152
Xy: mL153
Xz: AP2 domain transcription factor AP2IV-1
XA: mL155
XB: mL156
XC: mL157
XD: mL158
XE: mL159
XF: mL160
XG: mL161
XH: Ribosomal protein RPL22
XI: Transmembrane protein
XJ: Chain Ua
Ua: Ribosomal l25 family protein
Ub: Chain Uc
Uc: Chain Ud
Ud: Chain Ue
Ue: Chain Uf
Uf: LSU-1
RA: LSU-2
RB: LSU-3
RC: LSU-4
RD: LSU-5
RE: LSU-6
RF: LSU-7
RG: LSU-8
RI: LSU-9
RJ: LSU-10
RK: LSU-11
RL: LSU-12
RM: LSU-13
RN: LSU-14
RO: LSU-15
RP: LSU-16
RQ: LSU-17
RS: LSU-18
RT: LSU-19
RU: LSU-20
RV: LSU-21
RW: LSU-22
RX: LSU-23
RY: LSU-24
RZ: LSU-25
Ra: LSU-26
Rb: LSU-27
Rc: LSU-28
Rd: LSU-29
Rf: LSU-30
Rg: LSU-31
Rh: LSU-32
Ri: LSU-32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,935,328111
ポリマ－3,934,911108
非ポリマー4173
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
Putative LSU ribosomal protein ... , 2種, 2分子 AaAh

#1: タンパク質 Putative LSU ribosomal protein L2P


分子量: 62157.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KET1
#8: タンパク質 Putative LSU ribosomal protein L14P


分子量: 13986.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K196

+
Large ribosomal subunit protein ... , 10種, 10分子 AbAcAnApAqAuABADAFXe

#2: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3m


分子量: 56206.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A2G8Y818
#3: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4m


分子量: 91060.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A151HQQ9
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21m


分子量: 77440.164 Da / 分子数: 1 / Mutation: A400Q, A405R / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K7U7
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23m


分子量: 29216.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K299
#17: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24c


分子量: 48147.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JXG2
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29m


分子量: 28367.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K1F8
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL43


分子量: 23624.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KC95
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL49


分子量: 33466.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JUD4
#32: タンパク質 Large ribosomal subunit protein mL54


分子量: 55962.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F6A8
#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24c


分子量: 25957.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K981

+
タンパク質 , 34種, 34分子 AdAlAoAsAvAxAyAzAAAEAGAHXaXbXcXfXgXkXmXoXpXqXsXtXxXyXAXBXCXD...

#4: タンパク質 HECT-domain (Ubiquitin-transferase) domain-containing protein


分子量: 43075.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K7T4
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L19, chloroplastic


分子量: 84072.586 Da / 分子数: 1 / Mutation: Y671Q, Y674W / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JZ22
#15: タンパク質 Ribosomal L22p/L17e protein


分子量: 64822.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F1I2
#19: タンパク質 bL27m


分子量: 43964.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8GME4
#22: タンパク質 bL32m


分子量: 10625.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K9L3
#24: タンパク質 bL35m


分子量: 39434.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KEG8
#25: タンパク質 bL36m


分子量: 22554.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A3R8AVZ6
#26: タンパク質 mL40


分子量: 32801.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KCG7
#27: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein L27


分子量: 10721.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JYF7
#31: タンパク質 mL53


分子量: 24687.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JX69
#33: タンパク質 BIR protein


分子量: 32555.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K0B0
#34: タンパク質 mL102


分子量: 43522.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A0F7V869
#36: タンパク質 mL130


分子量: 59500.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JZ23
#37: タンパク質 RRM domain-containing protein


分子量: 75105.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S7UYV0
#38: タンパク質 mL132


分子量: 22764.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JXX9
#41: タンパク質 FAS1 domain-containing protein


分子量: 76075.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KB94
#42: タンパク質 DUF6832 domain-containing protein


分子量: 56097.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: TGRH88_010990 / 発現宿主: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KC93
#46: タンパク質 RNA recognition motif-containing protein


分子量: 27595.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KGH2
#48: タンパク質 Macro domain-containing protein


分子量: 68141.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K515
#50: タンパク質 mL144


分子量: 103327.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#51: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase


分子量: 31893.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K9Z8, peptidylprolyl isomerase
#52: タンパク質 mL146


分子量: 121147.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K1X6
#54: タンパク質 mL149


分子量: 54289.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JXX4
#55: タンパク質 mL148


分子量: 14034.347 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JV70
#57: タンパク質 mL152


分子量: 31789.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K0Y0
#58: タンパク質 mL153


分子量: 48035.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: Q1JTA3
#60: タンパク質 mL155


分子量: 34626.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KDX2
#61: タンパク質 mL156


分子量: 22703.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K9K6
#62: タンパク質 mL157


分子量: 34078.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JWE1
#63: タンパク質 mL158


分子量: 26651.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S7UHA3
#64: タンパク質 mL159


分子量: 17303.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KA70
#65: タンパク質 mL160


分子量: 16011.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JZI4
#66: タンパク質 mL161


分子量: 51870.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K5D7
#69: タンパク質 Chain Ua


分子量: 30943.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

+
Ribosomal protein ... , 4種, 4分子 AeAiACXH

#5: タンパク質 Ribosomal protein L9, N-terminal domain-containing protein


分子量: 54036.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A086JV44
#9: タンパク質 Ribosomal protein L15, putative


分子量: 71016.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8GIU7
#29: タンパク質 Ribosomal protein L46


分子量: 67516.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JX23
#67: タンパク質 Ribosomal protein RPL22


分子量: 38201.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JUA9

+
Putative ribosomal protein ... , 3種, 3分子 AfAmAt

#6: タンパク質 Putative ribosomal protein L11


分子量: 20103.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KEF6
#13: タンパク質 Putative ribosomal protein L20


分子量: 14574.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B9PY19
#20: タンパク質 Putative ribosomal protein L28


分子量: 33345.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K129

+
Putative 50S ribosomal protein ... , 4種, 4分子 AgAjAkAw

#7: タンパク質 Putative 50S ribosomal protein L13


分子量: 26050.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K0U2
#10: タンパク質 Putative 50S ribosomal protein L16


分子量: 21351.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K7Z7
#11: タンパク質 Putative 50S ribosomal protein L17


分子量: 29333.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KEY9
#23: タンパク質 Putative 50S ribosomal protein L33


分子量: 15185.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JWI3

+
Ribosomal l25 family ... , 2種, 2分子 ArUa

#18: タンパク質 Ribosomal l25 family protein


分子量: 80776.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8ER88
#70: タンパク質・ペプチド Ribosomal l25 family protein


分子量: 2842.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JXW0

+
RAP domain-containing ... , 7種, 8分子 AIXdXhXiXjXlXvXr

#35: タンパク質 RAP domain-containing protein


分子量: 73547.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KFM0
#39: タンパク質 RAP domain-containing protein


分子量: 98356.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A2G8XP01
#43: タンパク質 RAP domain-containing protein


分子量: 69902.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KAP7
#44: タンパク質 RAP domain-containing protein


分子量: 51921.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K2J1
#45: タンパク質 RAP domain-containing protein


分子量: 113716.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K4L1
#47: タンパク質 RAP domain-containing protein


分子量: 72010.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JZB1
#53: タンパク質 RAP domain-containing protein


分子量: 78688.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KAD2

+
AP2 domain transcription factor ... , 2種, 2分子 XnXz

#49: タンパク質 AP2 domain transcription factor AP2VIIb-2


分子量: 62047.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K291
#59: タンパク質 AP2 domain transcription factor AP2IV-1


分子量: 47659.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KEE5

+
Transmembrane ... , 2種, 2分子 XwXI

#56: タンパク質 Transmembrane protein


分子量: 36669.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KAS3
#68: タンパク質 Transmembrane protein


分子量: 22652.986 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q239S, P236S / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K730

+
タンパク質・ペプチド , 5種, 5分子 UbUcUdUeUf

#71: タンパク質・ペプチド Chain Uc


分子量: 2501.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#72: タンパク質・ペプチド Chain Ud


分子量: 1708.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#73: タンパク質・ペプチド Chain Ue


分子量: 3149.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#74: タンパク質・ペプチド Chain Uf


分子量: 1462.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#75: タンパク質・ペプチド LSU-1


分子量: 528.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

+
RNA鎖 , 32種, 32分子 RARBRCRDRERFRGRIRJRKRLRMRNRORPRQRSRTRURVRWRXRYRZRaRbRcRdRfRgRhRi

#76: RNA鎖 LSU-2


分子量: 11145.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#77: RNA鎖 LSU-3


分子量: 8744.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#78: RNA鎖 LSU-4


分子量: 10680.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#79: RNA鎖 LSU-5


分子量: 29383.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#80: RNA鎖 LSU-6


分子量: 14103.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#81: RNA鎖 LSU-7


分子量: 9490.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#82: RNA鎖 LSU-8


分子量: 26913.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#83: RNA鎖 LSU-9


分子量: 11693.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#84: RNA鎖 LSU-10


分子量: 18880.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#85: RNA鎖 LSU-11


分子量: 3239.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#86: RNA鎖 LSU-12


分子量: 57332.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#87: RNA鎖 LSU-13


分子量: 22879.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#88: RNA鎖 LSU-14


分子量: 8288.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#89: RNA鎖 LSU-15


分子量: 8406.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#90: RNA鎖 LSU-16


分子量: 3656.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#91: RNA鎖 LSU-17


分子量: 21973.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#92: RNA鎖 LSU-18


分子量: 30072.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#93: RNA鎖 LSU-19


分子量: 9120.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#94: RNA鎖 LSU-20


分子量: 4863.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#95: RNA鎖 LSU-21


分子量: 11298.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#96: RNA鎖 LSU-22


分子量: 29090.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#97: RNA鎖 LSU-23


分子量: 88940.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#98: RNA鎖 LSU-24


分子量: 15299.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#99: RNA鎖 LSU-25


分子量: 14644.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#100: RNA鎖 LSU-26


分子量: 16123.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#101: RNA鎖 LSU-27


分子量: 8935.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#102: RNA鎖 LSU-28


分子量: 64666.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#103: RNA鎖 LSU-29


分子量: 25808.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#104: RNA鎖 LSU-30


分子量: 9449.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#105: RNA鎖 LSU-31


分子量: 4518.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#106: RNA鎖 LSU-32


分子量: 15828.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#107: RNA鎖 LSU-32


分子量: 14152.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

+
非ポリマー , 2種, 3分子

#108: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#109: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

+
詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: mitochondrial ribososome from Toxoplasma gondii / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#106 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 株: RH
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 35 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21rc1_5058: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 375745 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002179537
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.582252071
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.83541306
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.09828871
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00525148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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