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- PDB-9hyq: BT984 a GH139 rhamnogalacturonan II exo-a-1,2-(2-Omethyl)-fucosidase -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9hyq | |||||||||
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Title | BT984 a GH139 rhamnogalacturonan II exo-a-1,2-(2-Omethyl)-fucosidase | |||||||||
![]() | DUF5703 domain-containing protein | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Glycoside hydrolases / GH139 / Microbiota / fucosidase / inverting | |||||||||
Function / homology | Domain of unknown function DUF5703 / Domain of unknown function (DUF5703) / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyl hydrolase, all-beta / carbohydrate metabolic process / DUF5703 domain-containing protein![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Cartmell, A. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Understanding the substrate recognition and catalytic mechanism of methyl fucosidases from glycoside hydrolase family 139. Authors: McIver, Z. / Moraleda-Montoya, A. / Chen, Z. / Epa, R. / Starns, D. / Davy, M. / Garcia-Alija, M. / Basle, A. / Schubert, M. / Ndeh, D. / Trastoy, B. / Williams, S.J. / Guerin, M.E. / Cartmell, A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 315.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 248.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 445.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 459.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 58.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 74.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 9hmbC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 21 - 801 / Label seq-ID: 20 - 800
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-
Components
#1: Protein | Mass: 92430.172 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: BT_0984 / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.69 % / Description: Cubes |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20 % PEG 3000 0.1 M Tris pH8.5 10 mg/ml |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jan 25, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→47.478 Å / Num. obs: 75053 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 3.3 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4450 / CC1/2: 0.502 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 76.237 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→47.478 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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