PDB-9hyq: BT984 a GH139 rhamnogalacturonan II exo-a-1,2-(2-Omethyl)-fucosidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hyq

タイトル

BT984 a GH139 rhamnogalacturonan II exo-a-1,2-(2-Omethyl)-fucosidase

要素

DUF5703 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Glycoside hydrolases / GH139 / Microbiota / fucosidase / inverting

機能・相同性

Domain of unknown function DUF5703 / Domain of unknown function (DUF5703) / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyl hydrolase, all-beta / carbohydrate metabolic process / DUF5703 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Cartmell, A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Understanding the substrate recognition and catalytic mechanism of methyl fucosidases from glycoside hydrolase family 139.
著者: McIver, Z. / Moraleda-Montoya, A. / Chen, Z. / Epa, R. / Starns, D. / Davy, M. / Garcia-Alija, M. / Basle, A. / Schubert, M. / Ndeh, D. / Trastoy, B. / Williams, S.J. / Guerin, M.E. / Cartmell, A.

履歴

登録	2025年1月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hyq.cif.gz	315.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hyq.ent.gz	248.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hyq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hyq_validation.pdf.gz	445.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hyq_full_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示
XML形式データ	9hyq_validation.xml.gz	58.2 KB	表示
CIF形式データ	9hyq_validation.cif.gz	74.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/9hyq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/9hyq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hmbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: DUF5703 domain-containing protein

B: DUF5703 domain-containing protein

185 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DUF5703 domain-containing protein

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS
92.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DUF5703 domain-containing protein

登録者が定義した集合体
92.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.201, 138.322, 195.53
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 21 - 801 / Label seq-ID: 20 - 800

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	DUF5703 domain-containing protein 分子量: 92430.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 遺伝子: BT_0984 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A933
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.69 % / 解説: Cubes
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 % PEG 3000 0.1 M Tris pH8.5 10 mg/ml

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→47.478 Å / Num. obs: 75053 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.7→2.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4450 / CC_1/2: 0.502

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→47.478 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 21.976 / SU ML: 0.364 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.442 / ESU R Free: 0.292 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2557	3736	4.98 %
R_work	0.2182	71280	-
all	0.22	-	-
obs	-	75016	98.633 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.237 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.108 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.85 Å²	-0 Å²
3-	-	-	11.958 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.478 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12169	0	0	12	12181

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	12522
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11476
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.4	1.816	16979
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.504	1.771	26442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.968	5	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.673	5	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.997	10	2097
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.23	10	626
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	14980
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3096
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	2449
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	10668
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	6016
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	6294
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	226
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.049	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.181	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.249	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.344	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.251	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.664	7.404	5960
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.662	7.404	5960
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.7	13.287	7436
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.7	13.287	7437
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.454	7.827	6562
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.454	7.828	6563
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.68	14.197	9543
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.679	14.197	9544
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.478	70.848	13869
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.478	70.85	13870
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.089	0.05	25494

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08938	0.0501
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08938	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.7-2.77	0.454	302	0.415	5203	0.417	5539	0.687	0.7	99.3862	0.408
2.77-2.846	0.432	268	0.398	5108	0.4	5412	0.77	0.765	99.3348	0.381
2.846-2.928	0.349	259	0.381	4929	0.38	5234	0.847	0.842	99.1211	0.361
2.928-3.017	0.372	255	0.356	4852	0.357	5122	0.837	0.855	99.7071	0.331
3.017-3.116	0.358	229	0.347	4717	0.347	4963	0.88	0.868	99.6575	0.316
3.116-3.225	0.341	259	0.317	4497	0.318	4783	0.89	0.896	99.4355	0.287
3.225-3.346	0.346	209	0.295	4413	0.297	4652	0.891	0.916	99.3551	0.266
3.346-3.482	0.272	213	0.247	4205	0.248	4465	0.943	0.945	98.9474	0.22
3.482-3.636	0.262	229	0.223	4006	0.226	4302	0.938	0.96	98.4426	0.199
3.636-3.812	0.221	185	0.192	3867	0.193	4097	0.964	0.972	98.9016	0.173
3.812-4.017	0.25	185	0.185	3679	0.188	3933	0.941	0.975	98.2456	0.17
4.017-4.259	0.22	198	0.167	3457	0.17	3703	0.963	0.979	98.7038	0.153
4.259-4.55	0.171	168	0.148	3263	0.149	3507	0.982	0.985	97.8329	0.138
4.55-4.911	0.217	142	0.155	3077	0.158	3292	0.972	0.984	97.7825	0.148
4.911-5.374	0.186	144	0.141	2819	0.144	3016	0.979	0.987	98.2427	0.134
5.374-5.999	0.185	142	0.149	2565	0.15	2758	0.981	0.987	98.1508	0.139
5.999-6.908	0.257	99	0.181	2266	0.184	2448	0.967	0.981	96.6095	0.17
6.908-8.417	0.239	116	0.17	1910	0.174	2105	0.962	0.982	96.247	0.172
8.417-11.72	0.15	82	0.149	1527	0.149	1673	0.985	0.988	96.1745	0.163
11.72-47.478	0.284	52	0.267	920	0.268	1031	0.945	0.95	94.2774	0.303

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