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- PDB-9hyn: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMARCA2-VCB-COMPLEX WITH PROTAC P1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hyn
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE SMARCA2-VCB-COMPLEX WITH PROTAC P1
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / Bromodomain / Complex / PROTAC / E3-Ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


bBAF complex / regulation of cellular response to hypoxia / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / nucleosome array spacer activity / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition ...bBAF complex / regulation of cellular response to hypoxia / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / nucleosome array spacer activity / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / transcription elongation factor activity / intermediate filament cytoskeleton / target-directed miRNA degradation / elongin complex / regulation of nucleotide-excision repair / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of T cell differentiation / intracellular membraneless organelle / positive regulation of double-strand break repair / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of stem cell population maintenance / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / negative regulation of cell differentiation / spermatid development / ATP-dependent activity, acting on DNA / positive regulation of myoblast differentiation / negative regulation of signal transduction / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / transcription corepressor binding / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / helicase activity / negative regulation of cell growth / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / RMTs methylate histone arginines / cell morphogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / nervous system development / Neddylation / microtubule cytoskeleton / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Replication of the SARS-CoV-2 genome / protein-macromolecule adaptor activity / histone binding / molecular adaptor activity / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / hydrolase activity / transcription cis-regulatory region binding / protein stabilization / protein ubiquitination / cilium / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain ...BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / domain in helicases and associated with SANT domains / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 2 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Bader, G. / Wolkerstorfer, B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Frustration in the protein-protein interface plays a central role in the cooperativity of PROTAC ternary complexes.
著者: Ma, N. / Bhattacharya, S. / Muk, S. / Jandova, Z. / Schmalhorst, P.S. / Ghosh, S. / Le, K. / Diers, E. / Trainor, N. / Farnaby, W. / Roy, M.J. / Kofink, C. / Greb, P. / Weinstabl, H. / ...著者: Ma, N. / Bhattacharya, S. / Muk, S. / Jandova, Z. / Schmalhorst, P.S. / Ghosh, S. / Le, K. / Diers, E. / Trainor, N. / Farnaby, W. / Roy, M.J. / Kofink, C. / Greb, P. / Weinstabl, H. / Ciulli, A. / Bader, G. / Sankar, K. / Bergner, A. / Vaidehi, N.
履歴
登録2025年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
D: Elongin-B
E: Elongin-C
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
G: Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2
H: Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,71710
ポリマ－115,7578
非ポリマー1,9602
水2,846158
1
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
G: Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8585
ポリマ－57,8784
非ポリマー9801
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Elongin-B
E: Elongin-C
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
H: Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8585
ポリマ－57,8784
非ポリマー9801
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.941, 118.226, 122.702
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 ADBECFGH

#1: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 11645.476 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 19402.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#4: タンパク質 Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2 / ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / ...ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / hBRM / SNF2-alpha / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 2


分子量: 15082.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA2, BAF190B, BRM, SNF2A, SNF2L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P51531, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

-
非ポリマー , 2種, 160分子

#5: 化合物 ChemComp-A1IYO / (2~{S},4~{R})-~{N}-[[2-[2-[2-[4-[(6-bromanyl-3-methyl-5-oxidanylidene-4~{H}-imidazo[1,2-a]quinazolin-2-yl)methyl]piperazin-1-yl]ethoxy]ethoxy]-4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-1-[(2~{S})-2-[(1-fluoranylcyclopropyl)carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 979.976 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H58BrFN9O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M K2HPO4 16 % PEG 8000 0.2 M sodium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99991 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99991 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.366→85.14 Å / Num. obs: 40863 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.366→2.491 Å / Num. unique obs: 1523 / CC1/2: 0.608

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
STARANISOデータスケーリング
XDSデータ削減
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.37→45.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.526 / SU Rfree Blow DPI: 0.279
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1981 -RANDOM
Rwork0.246 ---
obs0.247 40856 84.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4834 Å20 Å20 Å2
2---3.117 Å20 Å2
3----1.3664 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→45.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7333 0 130 158 7621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00815141HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9727488HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3365SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2304HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15141HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion982SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15288SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.29
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.46 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3115 38 -
Rwork0.2533 --
obs0.256 818 15.56 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
100.5457-0.51891.46530.15722.0652-0.02260.0013-0.0220.0013-0.0029-0.0172-0.022-0.01720.0255-0.0869-0.07550.1061-0.0441-0.020.04847.6064-0.1481-8.5403
22.0166-0.0971-1.14820.1449-0.28481.1178-0.0120.0360.04030.036-0.05530.07910.04030.07910.06730.0037-0.00850.128-0.0544-0.0058-0.00578.2813-12.45734.3316
31.8617-0.7731-2.15252.29980.61711.6916-0.04530.02510.14310.0251-0.06950.04180.14310.04180.11480.1106-0.11090.0535-0.09150.0117-0.1329-14.4727-15.7520.8251
400.98341.61551.5490.9242.0482-0.03280.05350.00890.0535-0.0538-0.01170.0089-0.01170.0866-0.0617-0.05480.03680.07160.0212-0.1006-39.82431.4895-9.1845
51.49980.03470.59610.3331-0.69321.0402-0.02770.0417-0.01380.0417-0.0482-0.106-0.0138-0.1060.0758-0.00130.0921-0.1341-0.0031-0.1148-0.0414-39.990714.23083.1639
60.9045-0.09051.87540.6395-0.42711.6608-0.0439-0.1053-0.0981-0.1053-0.049-0.0062-0.0981-0.00620.09280.05330.0013-0.1483-0.1112-0.0758-0.0122-17.539217.494719.6583
71.33270.5802-0.06150.2682-0.48940.10990.00320.0464-0.00640.04640.007-0.0243-0.0064-0.0243-0.01020.0748-0.14540.1332-0.049-0.0849-0.0444-48.5434-16.18231.4666
82.23571.0558-0.39620.03760.20960.6279-0.00480.0002-0.01680.0002-0.0665-0.0052-0.0168-0.00520.0713-0.0392-0.0693-0.0479-0.04240.05740.031715.587717.869533.1359
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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