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- PDB-9hy6: Structure of E.coli ribosome with nascent chain at linker length ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hy6
タイトルStructure of E.coli ribosome with nascent chain at linker length of 31 amino acids, with mRNA, P-site and A-site tRNAs
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 3
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 25
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • Gelation factor
  • mRNA
  • pro-tRNA
キーワードRIBOSOME / exit tunnel / nascent chain / stalling
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of pseudopodium assembly / anterior cell cortex / Cell-extracellular matrix interactions / slug development involved in sorocarp development / pseudopodium assembly / positive phototaxis / ISG15 antiviral mechanism / Platelet degranulation / sorocarp development / posterior cell cortex ...regulation of pseudopodium assembly / anterior cell cortex / Cell-extracellular matrix interactions / slug development involved in sorocarp development / pseudopodium assembly / positive phototaxis / ISG15 antiviral mechanism / Platelet degranulation / sorocarp development / posterior cell cortex / chemotaxis to cAMP / lateral cell cortex / phototaxis / macropinocytic cup / RHO GTPases activate PAKs / protein kinase B binding / actin crosslink formation / thermotaxis / mitogen-activated protein kinase binding / hyperosmotic response / lamellipodium assembly / cortical actin cytoskeleton / cell leading edge / pseudopodium / phagocytosis / response to cAMP / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / positive regulation of ribosome biogenesis / RNA-binding transcription regulator activity / phagocytic cup / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cell motility / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / small GTPase binding / actin filament binding / cell migration / large ribosomal subunit / transferase activity / extracellular matrix / ribosome binding / actin cytoskeleton organization / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cell cortex / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain ...Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / : / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / L28p-like / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / : / Large ribosomal subunit protein uL24, C-terminal domain / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Gelation factor / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mitropoulou, A. / Wlodarski, T. / Plessa, E. / Cabrita, L.D. / Christodoulou, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The ribosome directs nascent chains through two folding-dependent pathways
著者: Mitropoulou, A. / Wlodarski, T. / Streit, J.O. / Plessa, E. / Chan, S.H. / Cabrita, L.D. / Christodoulou, J.
履歴
登録2025年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
v: pro-tRNA
A: pro-tRNA
X: mRNA
z: Gelation factor
0: Large ribosomal subunit protein bL28
1: Large ribosomal subunit protein uL29
2: Large ribosomal subunit protein uL30
3: Large ribosomal subunit protein bL32
4: Large ribosomal subunit protein bL33
6: Large ribosomal subunit protein bL34
7: Large ribosomal subunit protein bL35
8: 50S ribosomal protein L36
a: 5S rRNA
b: 23S rRNA
c: Large ribosomal subunit protein uL2
d: 50S ribosomal protein L3
e: Large ribosomal subunit protein uL4
f: Large ribosomal subunit protein uL5
g: Large ribosomal subunit protein uL6
h: Large ribosomal subunit protein bL9
j: Large ribosomal subunit protein uL13
k: Large ribosomal subunit protein uL14
l: Large ribosomal subunit protein uL15
m: 50S ribosomal protein L16
n: Large ribosomal subunit protein bL17
o: Large ribosomal subunit protein uL18
p: Large ribosomal subunit protein bL19
q: Large ribosomal subunit protein bL20
r: Large ribosomal subunit protein bL21
s: Large ribosomal subunit protein uL22
t: Large ribosomal subunit protein uL23
u: Large ribosomal subunit protein uL24
w: Large ribosomal subunit protein bL25
y: Large ribosomal subunit protein bL27


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,412,65234
ポリマ－1,412,65234
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
RNA鎖 , 4種, 5分子 vAXab

#1: RNA鎖 pro-tRNA


分子量: 24846.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1847035720
#2: RNA鎖 mRNA


分子量: 2822.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#12: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: CP035706.1
#13: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 941620.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 2065591978

-
タンパク質 , 1種, 1分子 z

#3: タンパク質 Gelation factor / Actin-binding protein 120 / ABP-120


分子量: 16122.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: abpC, DDB_G0269100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13466

+
Large ribosomal subunit protein ... , 25種, 25分子 0123467cefghjklnopqrstuwy

#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28 / 50S ribosomal protein L28


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M2
#5: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29 / 50S ribosomal protein L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M6
#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL32 / 50S ribosomal protein L32


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N4
#8: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL33 / 50S ribosomal protein L33


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: MAKGIREKIKLVSSAGTGHFYTTTKNKRTKPEKLELKKFDPVVRQHVIYKEAKIK
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N9
#9: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL34 / 50S ribosomal protein L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7P5
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL35 / 50S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein A


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q1
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4 / 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60723
#17: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5 / 50S ribosomal protein L5


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62399
#18: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6 / 50S ribosomal protein L6


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG55
#19: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL9 / 50S ribosomal protein L9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R1
#20: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13 / 50S ribosomal protein L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA10
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14 / 50S ribosomal protein L14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY3
#22: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413
#24: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17 / 50S ribosomal protein L17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG44
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / 50S ribosomal protein L18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C018
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL19 / 50S ribosomal protein L19


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7K6
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20 / 50S ribosomal protein L20


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L3
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21 / 50S ribosomal protein L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG48
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 50S ribosomal protein L22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61175
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ0
#31: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60624
#32: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL25 / 50S ribosomal protein L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919
#33: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27 / 50S ribosomal protein L27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L8

-
50S ribosomal protein ... , 3種, 3分子 8dm

#11: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 5720.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X1PTA3
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / ribosomal protein uL3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / ribosomal protein uL16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ribosomal nascent chain of FLN5 with linker length 31
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 22.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
9PHENIXモデル精密化
12RELION5分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 195415 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0083842
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7865986
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.8021923
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.043805
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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