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- PDB-9hw6: Toxoplasma gondii GSK3b bound to LY2090314 and disulphide bonded ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hw6
タイトルToxoplasma gondii GSK3b bound to LY2090314 and disulphide bonded through the C223 residue
要素(Putative cell-cycle-associated protein kinase GSK) x 2
キーワードTRANSFERASE / GSK3b Cell signalling kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


tau-protein kinase / cell differentiation / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Putative cell-cycle-associated protein kinase GSK
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii RH (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Swale, C. / Diaz-Martin, S. / Bowler, M.W.
資金援助 フランス, 5件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-21-CE35-0010-01 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-21-CE15-0002-01 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-11-LABX-0024 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE15-0026 フランス
Fondation pour la Recherche Medicale (FRM)EQU202103012571 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural and functional characterization of TgGSK3, a druggable kinase in Toxoplasma gondii
著者: Diaz-Martin, S. / Swale, C. / Bellini, V. / Dobrescu, I. / Wenker, J. / Bernier-Pinchart, M.P. / Braun, L. / Tollec, A. / Belmudes, L. / Corrao, C. / Coute, Y. / Mas, C. / Laurent, F. / ...著者: Diaz-Martin, S. / Swale, C. / Bellini, V. / Dobrescu, I. / Wenker, J. / Bernier-Pinchart, M.P. / Braun, L. / Tollec, A. / Belmudes, L. / Corrao, C. / Coute, Y. / Mas, C. / Laurent, F. / Bowler, M.W. / Hakimi, M.A. / Bougdour, A.
履歴
登録2025年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cell-cycle-associated protein kinase GSK
B: Putative cell-cycle-associated protein kinase GSK
D: Putative cell-cycle-associated protein kinase GSK
F: Putative cell-cycle-associated protein kinase GSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,02010
ポリマ－170,7794
非ポリマー2,2406
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.910, 161.730, 83.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.210, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 27 through 61 or resid 66...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 27 through 61 or resid 66...
d_3ens_1(chain "D" and (resid 27 through 61 or resid 66...
d_4ens_1(chain "F" and (resid 27 through 91 or resid 102...
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2chain "E"
d_3ens_2chain "G"
d_4ens_2chain "X"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRTHRGLNGLNAA27 - 6127 - 61
d_12ens_1LYSLYSGLUGLUAA66 - 9166 - 91
d_13ens_1ARGARGLEULEUAA102 - 183102 - 183
d_14ens_1ILEILETHRTHRAA193 - 237193 - 237
d_15ens_1VALVALPROPROAA239 - 365239 - 365
d_16ens_2A1IYFA1IYFA1IYFA1IYFAE401
d_21ens_1THRTHRGLNGLNBB27 - 6127 - 61
d_22ens_1LYSLYSGLUGLUBB66 - 9166 - 91
d_23ens_1ARGARGLEULEUBB102 - 183102 - 183
d_24ens_1ILEILETHRTHRBB193 - 237193 - 237
d_25ens_1VALVALPROPROBB239 - 365239 - 365
d_26ens_2A1IYFA1IYFA1IYFA1IYFBG402
d_31ens_1THRTHRGLNGLNDC27 - 6127 - 61
d_32ens_1LYSLYSGLUGLUDC66 - 9166 - 91
d_33ens_1ARGARGTHRTHRDC102 - 237102 - 237
d_34ens_1VALVALPROPRODC239 - 365239 - 365
d_36ens_2A1IYFA1IYFA1IYFA1IYFDI402
d_41ens_1THRTHRGLUGLUFD27 - 9127 - 91
d_42ens_1ARGARGLEULEUFD102 - 183102 - 183
d_43ens_1ILEILETHRTHRFD193 - 237193 - 237
d_44ens_1VALVALPROPROFD239 - 365239 - 365
d_45ens_2A1IYFA1IYFA1IYFA1IYFFJ401

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.998716452714, 0.0499534369401, -0.00837264688997), (0.0478612829161, 0.984836919857, 0.166749929191), (0.0165754238468, 0.16613517215, -0.985963670679)69.5159018248, -5.32813016649, 41.9286876462
2given(-0.999868352219, 0.0114322591931, 0.0115144118975), (-0.0126916699366, -0.993166150717, -0.116016889221), (0.0101093889937, -0.11614775297, 0.993180497057)32.2109311052, -32.7557974288, -2.05547603785
3given(0.999105158417, -0.0405749299971, 0.0119397437351), (-0.0400338544725, -0.998293310602, -0.0425177198727), (0.0136445198085, 0.0420016792858, -0.999024367078)-36.0789617172, -33.3577651983, 40.0680202958
4given(0.999902820006, -0.00973741812478, -0.00997663436498), (-0.0103941447063, -0.997628454757, -0.0680399001745), (-0.00929044136804, 0.0681369866387, -0.997632717362)-36.158170462, -34.2990934034, 41.4137190042
5given(-0.999884988496, 0.0110473576539, 0.0103906529257), (-0.0123701936213, -0.990448291878, -0.137328654788), (0.00877428567615, -0.137441394801, 0.990471036884)33.2853037449, -32.5895655174, -2.61904328222
6given(-0.999175765722, 0.0392075026646, 0.0105147957077), (0.040437944923, 0.984004050635, 0.173495823994), (-0.00354426358646, 0.173778019518, -0.984778471601)68.8430026452, -4.9254222876, 42.7150771507

-
要素

#1: タンパク質 Putative cell-cycle-associated protein kinase GSK


分子量: 42734.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii RH (トキソプラズマ)
遺伝子: TGGT1_265330 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A125YY75, tau-protein kinase
#2: タンパク質 Putative cell-cycle-associated protein kinase GSK


分子量: 42654.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii RH (トキソプラズマ)
遺伝子: TGGT1_265330 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A125YY75, tau-protein kinase
#3: 化合物
ChemComp-A1IYF / 3-(6-fluoranyl-10-piperidin-1-ylcarbonyl-1,10-diazatricyclo[6.4.1.0^{4,13}]trideca-2,4,6,8(13)-tetraen-3-yl)-4-imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl-pyrrole-2,5-dione


分子量: 512.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H25FN6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 % / 解説: Elongated rod like crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 5% MPD, 9% PEG 6000, 0.1M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→45.48 Å / Num. obs: 40947 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 60.85 Å2 / CC1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 4.86
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID
3-9.326.87370150.941
2.9-31.539320.551

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→45.48 Å / SU ML: 0.414 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.7994
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2603 1996 4.88 %
Rwork0.204 38914 -
obs0.2068 40910 98.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→45.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10578 0 162 0 10740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011110996
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.296614927
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06521642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01651896
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.09644115
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.05276920453
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.991577425596
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.21088619257
ens_2d_2GBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.095941488174
ens_2d_3GBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.0903470564881
ens_2d_4GBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.170757201271
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.970.32931440.3062783X-RAY DIFFRACTION98.72
2.97-3.050.31761450.26722750X-RAY DIFFRACTION98.4
3.05-3.140.33181420.25912758X-RAY DIFFRACTION98.74
3.14-3.240.30851530.25242802X-RAY DIFFRACTION99.03
3.24-3.360.32861420.25442793X-RAY DIFFRACTION98.85
3.36-3.490.33051350.24932719X-RAY DIFFRACTION97.37
3.49-3.650.28031410.21862762X-RAY DIFFRACTION98.31
3.65-3.850.24651420.20362774X-RAY DIFFRACTION98.31
3.85-4.090.23461390.18512766X-RAY DIFFRACTION97.81
4.09-4.40.24911450.17752783X-RAY DIFFRACTION98.69
4.4-4.840.26731330.16732803X-RAY DIFFRACTION98.99
4.84-5.540.24891480.19152813X-RAY DIFFRACTION99.26
5.54-6.980.23441450.20192807X-RAY DIFFRACTION99.16
6.98-45.480.19021420.1692801X-RAY DIFFRACTION97.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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