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万見
- PDB-9hvw: Respiratory Syncytial Virus Fusion protein in the postfusion conf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hvw
タイトルRespiratory Syncytial Virus Fusion protein in the postfusion conformation in complex with monoclonal antibody 131-2a Fab
要素
  • 131-2a heavy chain
  • 131-2a light chain
  • Fusion glycoprotein F0
  • Fusion glycoprotein F1,Probable N-acetylmuramidase
キーワードVIRAL PROTEIN / antigenic site I
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan N-acetylglucosaminidase activity / amidase activity / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated induction of syncytium formation / division septum assembly / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry ...peptidoglycan N-acetylglucosaminidase activity / amidase activity / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated induction of syncytium formation / division septum assembly / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / cell wall organization / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / defense response to bacterium / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Lysozyme subfamily 2 / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / Lysin motif / LysM domain superfamily / Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable N-acetylmuramidase / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種human respiratory syncytial virus (ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Snijder, J.
資金援助 オランダ, European Union, 2件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) オランダ
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for postfusion-specific binding to Respiratory Syncytial Virus F protein by the canonical antigenic site I antibody 131-2a
著者: Peng, W. / Siborova, M. / Wu, X. / Du, W. / Schulte, D. / Pronker, M.F. / De Haan, C.A.M. / Snijder, J.
履歴
登録2025年1月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0
C: Fusion glycoprotein F0
D: Fusion glycoprotein F1,Probable N-acetylmuramidase
E: Fusion glycoprotein F1,Probable N-acetylmuramidase
F: Fusion glycoprotein F1,Probable N-acetylmuramidase
H: 131-2a heavy chain
L: 131-2a light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,0868
ポリマ－219,0868
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0


分子量: 8930.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) human respiratory syncytial virus (ウイルス)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P03420
#2: タンパク質 Fusion glycoprotein F1,Probable N-acetylmuramidase / F1 / Autolysin / Lysozyme / Peptidoglycan hydrolase


分子量: 55751.020 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) human respiratory syncytial virus (ウイルス)
遺伝子: acmA, llmg_0280
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P03420, UniProt: A2RHZ5, lysozyme
#3: 抗体 131-2a heavy chain


分子量: 13162.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 131-2a light chain


分子量: 11880.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1RSV-F in postfusion conformation in complex with 131-2a FabCOMPLEXall0RECOMBINANT
2131-2a FabCOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
3RSV-FCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
11262 kDa/nmNO
2149 kDa/nmNO
31213 kDa/nmNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21human respiratory syncytial virus (ウイルス)11250
32Mus musculus (ハツカネズミ)10090
43human respiratory syncytial virus (ウイルス)11250
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)10029
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)10029
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 394000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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