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- PDB-9hv7: Crystal structure of Tetraspanin TSPAN10mutant Large Extracellula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hv7
タイトルCrystal structure of Tetraspanin TSPAN10mutant Large Extracellular Loop (LEL)
要素Tetraspanin-10
キーワードSIGNALING PROTEIN / Membrane organization / Signal Transductions
機能・相同性Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / establishment of protein localization to organelle / enzyme binding / plasma membrane / Tetraspanin-10
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Nagarathinam, K. / Krey, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Evolutionary relationship of Tetraspanins
著者: Nagarathinam, K. / Karakulova, D. / Thiyagaraj, D. / Krey, T.
履歴
登録2024年12月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetraspanin-10
B: Tetraspanin-10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9752
ポリマ－27,9752
非ポリマー00
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area13050 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)62.300, 62.300, 117.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 176 through 186 or resid 188...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 176 through 186 or resid 188...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLYGLYLEULEUAA176 - 1864 - 14
d_12VALVALASPASPAA188 - 24616 - 74
d_13GLNGLNLEULEUAA257 - 26385 - 91
d_14LEULEUARGARGAA265 - 28493 - 112
d_15TRPTRPLEULEUAA286 - 294114 - 122
d_16PHEPHEGLNGLNAA296 - 297124 - 125
d_21GLYGLYLEULEUBB176 - 1864 - 14
d_22VALVALASPASPBB188 - 24616 - 74
d_23GLNGLNLEULEUBB257 - 26385 - 91
d_24LEULEUARGARGBB265 - 28493 - 112
d_25TRPTRPLEULEUBB286 - 294114 - 122
d_26PHEPHEGLNGLNBB296 - 297124 - 125

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.128220821005, 0.991458773817, 0.0238520624392), (0.991662452239, 0.127861471305, 0.0160319984484), (0.0128453057263, 0.0257088307329, -0.999586941763)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.128220821005, 0.991458773817, 0.0238520624392), (0.991662452239, 0.127861471305, 0.0160319984484), (0.0128453057263, 0.0257088307329, -0.999586941763)
ベクター: 31.3299057783, -27.9509909054, 0.0752010663314)

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要素

#1: タンパク質 Tetraspanin-10 / Tspan-10 / Oculospanin


分子量: 13987.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSPAN10, OCSP
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9H1Z9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.24 % / 解説: Tetragonal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.3M Diethylene glycol; 0.3M Triethylene glycol; 0.3M Tetraethylene glycol;0.3M Pentaethylene glycol; 25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.984002 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月6日
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→44.05 Å / Num. obs: 34211 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 10.29 % / Biso Wilson estimate: 29.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.22
反射 シェル解像度: 1.552→1.608 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 3322 / CC1/2: 0.671

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
MxCuBEデータ収集
XDS20240712データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→44.05 Å / SU ML: 0.2058 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.1094
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2276 1710 5 %
Rwork0.1971 32499 -
obs0.1986 34209 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→44.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1772 0 0 106 1878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00591810
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83482460
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0495263
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0088331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4645652
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.769710065019 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.60.33391400.30252662X-RAY DIFFRACTION99.29
1.6-1.650.25561380.26312622X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.710.29251400.26422655X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.780.32831400.28272673X-RAY DIFFRACTION99.96
1.78-1.860.24111410.24042680X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.960.23711410.20312673X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.080.22541420.19652693X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.240.23281410.19752685X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.460.2031430.18082717X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.820.21981440.20212739X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.550.23011450.19372756X-RAY DIFFRACTION100
3.55-44.050.21811550.18252944X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.849762256730.715039383514-3.498166350281.25938795847-1.071862214554.29993965276-0.272462713640.102134642044-0.89371299395-0.146556052165-0.3361597346650.2336396212030.607099914571-0.509720940237-0.1766042888850.192018405732-0.0410410907297-0.05870804759890.3784733188020.01389893210630.335487663843.59767844117-14.7285320593-11.4750779876
20.688869582888-0.6193646749630.1636296659190.7954730906740.195005992630.4993846943470.1067187341360.1188872281450.0427952631194-0.121485191278-0.251383974042-0.256686443045-0.1331351130180.232881314092-7.05683736844E-50.3026581624870.03470166031960.007089800560110.3381841944810.05049824212320.30337594802610.7386381793-6.83690014309-19.2947354677
33.043275626231.313669647831.433354398891.27996532883-0.3541088116112.001902425070.0860481626950.178329510598-0.345470584242-0.142829409760.0931883595141-0.402413274610.002884387449210.225708764897-0.0007138056348130.2931403001990.00635593103646-0.0260767256480.3419381075780.07437568890960.39831093115319.1665964295-14.5851458142-14.4069805666
42.38486967821-4.61318377215-0.231415013152.000815490822.837781611933.489619352871.085904842521.315614901950.777182573031-1.18118342763-0.178381192124-2.66587587795-0.3782134463270.6141948090770.3141603381690.3538354726440.02867550967790.1277328230970.5533265990990.01151779057670.7061941837325.3403358658-5.53892866288-13.1552175278
51.902334613611.33553124467-0.3854447449921.41331528868-0.05380612217342.49332792717-0.0726641577876-0.0795034126981-0.0515650016076-0.174698324817-0.0639699889629-0.2657897080180.7865504843190.743109521603-0.3151472515010.3090600592890.0312367138094-0.01300990900070.5227527447090.1170825367050.30187712997323.0205027228-11.4957952502-4.33418019876
60.0173279909143-0.0152647110256-0.100032514246-0.001090713684180.0545235872340.491247502798-0.11695511217-0.1910672962450.3973830795740.137106819993-0.0590652102037-0.136783462198-0.2598726458720.0810569593665-3.13966856165E-50.359499062155-0.00743246527817-0.0299495872860.3903076408870.03569654123770.361402089752-2.03915726741-2.30721298594-8.22194759499
70.302285603954-0.325868776756-0.2987784716850.4480252137960.1084516349510.710178853572-0.3737542506740.20667380851-0.6034455276160.2010216943080.0154642199830.6205262680461.19738106157-0.373281371069-0.01606164216760.405518184048-0.02381706735270.01038657792560.3014805224210.02600202058960.35675954537916.0121627799-26.644648638510.5656101407
80.911022775432-0.7419825386710.5160178472670.648531288537-0.4618842829830.326615582194-0.148516535307-0.3680864687830.05908615403970.4480004345040.09721132216390.16654685667-0.493848759448-0.15998077212-0.000182429756930.3132442239820.0297328350201-0.03464995744350.3128349416490.01416974899620.2751262155822.6825599228-18.588053482619.2163200876
91.851024312560.6787701158760.7287839036161.61935693697-1.509908897692.998588256080.114952397686-0.2209880285660.4641215703640.1094247355840.04033848458960.0499601171627-0.323570775602-0.071540861295-9.81797188831E-50.30538624034-0.0122324743017-0.03782165468880.255560565044-0.008104128850910.33785017788712.992750833-11.196315700914.5708517531
100.5443487985570.0248286126466-0.280084299630.274970092439-0.4548980769650.858903310045-0.0803083618583-0.1748734902740.8388528118550.4548072487590.1854424902240.0593598935383-0.5135237614680.116234567589-8.21792081732E-50.401812512532-0.00869004573675-0.05440304989940.333496713673-0.01441812748820.46401627360222.2090069691-5.7086387860513.7552461708
111.047514449561.26086882973-0.01329644527191.51665434859-0.07311598597472.384764164360.1760446860410.4397477684350.123116511658-0.0448305228342-0.0981579052254-0.214515354019-0.112805716238-0.43846151703-0.01962508244410.2955806881460.0432093591513-0.03119263042530.2960507692440.07887069171820.28108575964216.8449687582-6.27658775984.62733443827
122.249570520621.34528611322-1.356436413071.71363071279-0.05596354303071.435548770090.056353556753-0.268727361092-0.595686266153-0.316863592812-0.148630613121-0.3407753110290.2839774366940.1559428368460.002392722565540.402746029442-0.0193544928761-0.03761524813760.3437479100410.03700328431320.40175616239429.2640178549-30.22231988748.05399513917
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 176 through 191 )AA176 - 1911 - 16
22chain 'A' and (resid 192 through 210 )AA192 - 21017 - 35
33chain 'A' and (resid 211 through 243 )AA211 - 24336 - 68
44chain 'A' and (resid 244 through 261 )AA244 - 26169 - 77
55chain 'A' and (resid 262 through 278 )AA262 - 27878 - 94
66chain 'A' and (resid 279 through 297 )AA279 - 29795 - 113
77chain 'B' and (resid 175 through 191 )BB175 - 1911 - 17
88chain 'B' and (resid 192 through 210 )BB192 - 21018 - 36
99chain 'B' and (resid 211 through 238 )BB211 - 23837 - 64
1010chain 'B' and (resid 239 through 261 )BB239 - 26165 - 79
1111chain 'B' and (resid 262 through 278 )BB262 - 27880 - 96
1212chain 'B' and (resid 279 through 297 )BB279 - 29797 - 115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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