PDB-9hua: Glycosyltransferase C from the Limosilactobacillus reuteri access...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hua

タイトル

Glycosyltransferase C from the Limosilactobacillus reuteri accessory secretion system. Complex with UDP.

要素

Glucosyltransferase 3

キーワード

TRANSFERASE / glycosyl transferase / GT113

機能・相同性

Glucosyltransferase 3 / UDP-glucosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / protein glycosylation / nucleotide binding / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glucosyltransferase 3

機能・相同性情報

生物種

Limosilactobacillus reuteri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Asworth, G.J. / Griffiths, R. / Juge, N. / Dong, C.J. / Hemmings, A.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A structural basis for the strain-dependent UDP-sugar specificity of glycosyltransferase C from the Limosilactobacillus reuteri accessory secretion system
著者: Griffiths, R. / Pfalzgraf, H.E. / Latousakis, D. / Dong, C.J. / Hemmings, A.M. / Juge, N.

履歴

登録	2024年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hua.cif.gz	610 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hua.ent.gz	451.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hua.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9hua_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hua_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9hua_validation.xml.gz	54.7 KB	表示
CIF形式データ	9hua_validation.cif.gz	71.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/9hua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/9hua	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9htxC 9hu9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucosyltransferase 3

B: Glucosyltransferase 3

C: Glucosyltransferase 3

D: Glucosyltransferase 3

ヘテロ分子

163 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.406, 70.687, 140.312
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.370, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Glucosyltransferase 3 分子量: 40381.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Limosilactobacillus reuteri (バクテリア) 株: subsp. rodentium 100-23 / 遺伝子: gtf3, gtfC, Lreu23DRAFT_5181 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: B3XPQ7, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.82 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: To produce cocrystals of the UDP complex His6-tagged apo-LrGtfC100-23 at a concentration of 10 mg/mL in 20 mM Tris pH 7.9, 150 mM NaCl was incubated with UDP at a final concentration of 1 mM. ...詳細: To produce cocrystals of the UDP complex His6-tagged apo-LrGtfC100-23 at a concentration of 10 mg/mL in 20 mM Tris pH 7.9, 150 mM NaCl was incubated with UDP at a final concentration of 1 mM. Crystals formed in 0.1 M Bis-Tris pH 7.5, 0.2 M potassium thiocyanate, 20 % (w/v) PEG 3350 after 14 days

結晶

マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.82 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: To produce cocrystals of the UDP complex His6-tagged apo-LrGtfC100-23 at a concentration of 10 mg/mL in 20 mM Tris pH 7.9, 150 mM NaCl was incubated with UDP at a final concentration of 1 mM. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→70.14 Å / Num. obs: 43913 / % possible obs: 99.55 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 49.36 Å² / CC_1/2: 0.982 / R_merge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 5.15
反射シェル	解像度: 2.6→2.693 Å / Num. unique obs: 4322 / CC_1/2: 0.88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→70.14 Å / SU ML: 0.4547 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.2366
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3079	2153	4.92 %
R_work	0.2298	41566	-
obs	0.2334	43719	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→70.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10628	0	75	54	10757

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0083	11000
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1027	15013
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0606	1639
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	1932
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.435	3871

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.66	0.4335	210	0.3729	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.66-2.73	0.4403	174	0.3859	2705	X-RAY DIFFRACTION	98.9
2.73-2.8	0.432	154	0.3396	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.8-2.88	0.4052	138	0.3163	2758	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.88-2.98	0.3999	132	0.3045	2737	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.98-3.08	0.4189	143	0.2859	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.62
3.08-3.21	0.3724	145	0.2816	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3.21-3.35	0.3208	118	0.2616	2800	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.35-3.53	0.3381	115	0.2599	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.52
3.53-3.75	0.3133	154	0.2296	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.75-4.04	0.2791	137	0.2013	2784	X-RAY DIFFRACTION	99.83
4.04-4.45	0.2763	117	0.1807	2816	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.45-5.09	0.2553	139	0.1766	2815	X-RAY DIFFRACTION	99.9
5.09-6.41	0.2288	142	0.2108	2813	X-RAY DIFFRACTION	99.9
6.41-10	0.2359	135	0.1799	2895	X-RAY DIFFRACTION	99.64

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.05839520679	0.222027007157	0.0829948793642	2.37190829063	0.0399744903293	1.31025818172	0.0383150343576	-0.0543345411402	0.0998279272439	0.193473616385	-0.174982670897	-0.207042369585	0.118582519089	0.451416364899	0.133278237653	0.608330385615	0.0423765196807	-0.0281638478408	0.484278813182	0.097759726386	0.343431278675	-10.9868894599	11.0042790287	-16.7064995972
2	0.105306720173	-0.0764353743202	-0.0144159063402	0.0554443052875	0.00884611435379	0.0025605309763	0.0838124171525	0.0244527223693	-0.0154857946106	0.00839756538739	0.0471967478553	-0.00486087022834	-0.0112641988011	0.0310455395408	-0.000258395227519	0.553816302523	-0.134244999756	-0.0736601348121	0.497916532838	0.150353061185	0.783232587501	-14.6742058846	14.8730505929	-10.4135856942
3	1.10994725228	-0.269291641501	0.740634175666	0.932100254559	-0.314091624359	2.34366209191	0.142293782405	0.290232816981	-0.310454479738	-0.402791808294	-0.137156070946	0.106638118051	0.627306387296	-0.0450929627611	-0.0188611928558	0.922866079611	0.00720255109141	-0.00640647825257	0.420819738535	-0.0913347569957	0.392544837512	-44.9254631225	-1.36676474093	-44.4062185937
4	0.295515936132	0.0394592812925	-0.151503453566	0.012589754385	-0.0196444840038	0.0777929448136	0.0140662063798	-0.00488560872822	-0.0124169579633	0.01631298859	-0.00547200252757	0.121436208246	0.0155978790875	-0.0350293350768	0.00092082769093	1.04627293102	0.0734288900472	0.0366802876199	1.01748174242	-0.214488220164	1.17536165039	-41.1866467581	-5.98847362363	-50.6227276758
5	0.796381453611	0.265798592045	-0.164114251553	1.55265497183	-0.484073992458	2.06147765693	0.0878174491465	0.0126643669814	0.182748615941	0.131011087844	-0.133840415499	0.0969698747764	-0.458007141519	-0.0312231157535	0.0449573731161	0.736864226138	0.0607925660185	0.0116913870487	0.320052581242	-0.0108344864299	0.341211996538	-42.5339852161	31.9023411688	-26.0968298668
6	0.228282797785	-0.0691659995832	0.110711980602	0.0329014309492	-0.0308847767377	0.0542686463404	-0.0104265773521	-0.00699612142727	-0.0228112533045	-0.0312749669054	0.0238639050996	0.00906010418218	-0.0113282099885	-0.047675837869	0.000689737455746	0.710542153205	-0.128189903372	0.0040946973712	0.658460537562	-0.028459236018	0.565272988638	-38.0522433348	34.7189442947	-19.6259450975
7	1.22744076443	-0.295971225086	0.376383302989	1.85246359442	-0.994947437518	0.880392163151	0.218874364413	0.759154416224	-0.11646312062	-0.792918833793	-0.468621514682	-0.383668419607	0.277933741947	0.619074187791	0.214503833802	1.00308893628	0.236146562774	0.144818610663	1.11666447188	0.112788555533	0.502875143639	-10.7986762984	14.2547153912	-54.8699435682

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'A' and resid 0 through 334)	A	A	0 - 334	1 - 335
2	2	(chain 'A' and resid 401 through 401)	A	B	401
3	3	(chain 'B' and resid 2 through 334)	B	C	2 - 334	1 - 322
4	4	(chain 'B' and resid 401 through 401)	B	D	401
5	5	(chain 'C' and resid 0 through 334)	C	E	0 - 334	1 - 335
6	6	(chain 'C' and resid 401 through 401)	C	F	401
7	7	(chain 'D' and resid 2 through 334)	D	G	2 - 334	1 - 330

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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