PDB-9htx: Glycosyltransferase C from the Limosilactobacillus reuteri access...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9htx

タイトル

Glycosyltransferase C from the Limosilactobacillus reuteri accessory secretion system. Apo form.

要素

Glucosyltransferase 3

キーワード

TRANSFERASE / glycosyl transferase / GT113

機能・相同性

Glucosyltransferase 3 / UDP-glucosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / protein glycosylation / nucleotide binding / Glucosyltransferase 3

機能・相同性情報

生物種

Limosilactobacillus reuteri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Pfalzgraf, H.E. / Griffiths, R. / Juge, N. / Hemmings, A.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A structural basis for the strain-dependent UDP-sugar specificity of glycosyltransferase C from the Limosilactobacillus reuteri accessory secretion system
著者: Griffiths, R. / Pfalzgraf, H.E. / Latousakis, D. / Dong, C.J. / Hemmings, A.M. / Juge, N.

履歴

登録	2024年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9htx.cif.gz	663 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9htx.ent.gz	460.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9htx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9htx_validation.pdf.gz	464.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9htx_full_validation.pdf.gz	492.6 KB	表示
XML形式データ	9htx_validation.xml.gz	57.6 KB	表示
CIF形式データ	9htx_validation.cif.gz	74.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/9htx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/9htx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hu9C 9huaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glucosyltransferase 3

B: Glucosyltransferase 3

C: Glucosyltransferase 3

D: Glucosyltransferase 3

162 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.439, 140.491, 145.324
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Glucosyltransferase 3 分子量: 40381.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Limosilactobacillus reuteri (バクテリア) 株: subsp. rodentium 100-23 / 遺伝子: gtf3, gtfC, Lreu23DRAFT_5181 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: B3XPQ7, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.82 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: To produce cocrystals of the apo-enzyme crystallisation screening were conducted with the purified His6-tag-LrGtfC100-23 at a concentration of 10 mg/mL in 20 mM Tris pH 7.9 200 mM NaCl. ...詳細: To produce cocrystals of the apo-enzyme crystallisation screening were conducted with the purified His6-tag-LrGtfC100-23 at a concentration of 10 mg/mL in 20 mM Tris pH 7.9 200 mM NaCl. Crystals formed in 0.1 M Bis-Tris pH 7.5, 0.2 M potassium thiocyanate, 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350 after 14-days.

結晶

マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.82 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: To produce cocrystals of the apo-enzyme crystallisation screening were conducted with the purified His6-tag-LrGtfC100-23 at a concentration of 10 mg/mL in 20 mM Tris pH 7.9 200 mM NaCl. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→72.66 Å / Num. obs: 98062 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 20 % / B_iso Wilson estimate: 40.62 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 20.47
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 9711 / CC_1/2: 0.781

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→72.66 Å / SU ML: 0.2907 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.681
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2652	5089	5.21 %
R_work	0.2284	92618	-
obs	0.2304	97707	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→72.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10872	0	0	207	11079

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0086	11179
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9671	15237
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0582	1660
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0084	1974
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.4769	1457

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.02	0.4465	187	0.4176	3045	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.02-2.05	0.3701	168	0.3701	3027	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.05-2.07	0.5655	144	0.4862	3063	X-RAY DIFFRACTION	98.31
2.07-2.1	0.4602	148	0.3857	3043	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.1-2.13	0.3872	143	0.347	3085	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.13-2.15	0.3268	170	0.3236	3039	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.15-2.19	0.3818	173	0.3176	3040	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.19-2.22	0.337	186	0.3183	3047	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.22-2.25	0.4788	177	0.3956	2976	X-RAY DIFFRACTION	97.83
2.25-2.29	0.3707	163	0.3374	3039	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.29-2.33	0.3505	154	0.2827	3102	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.33-2.37	0.3137	169	0.2564	3054	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.37-2.42	0.2806	179	0.2475	3077	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.42-2.47	0.2865	167	0.2249	3073	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.47-2.52	0.3028	165	0.2239	3087	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.52-2.58	0.2701	186	0.2286	3018	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.58-2.64	0.2767	181	0.2309	3086	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.64-2.71	0.3137	156	0.2583	3085	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.71-2.79	0.2871	176	0.2476	3093	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.79-2.88	0.3146	181	0.2569	3075	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.88-2.99	0.3131	178	0.2469	3072	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.99-3.11	0.2651	156	0.2319	3117	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.11-3.25	0.2364	185	0.2176	3094	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.25-3.42	0.2444	171	0.2196	3115	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.42-3.63	0.2602	167	0.2169	3112	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.63-3.91	0.2557	184	0.1997	3140	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.31	0.2076	161	0.1837	3124	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-4.93	0.2263	179	0.1763	3173	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.93-6.21	0.2394	183	0.2074	3189	X-RAY DIFFRACTION	100
6.21-10	0.19	152	0.19	3328	X-RAY DIFFRACTION	98.36

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.34593067278	-0.253727530607	0.378975635473	1.55633884858	-0.0431570795573	1.59331252038	-0.283778527786	-0.822893389136	-0.499383423932	0.453442114215	0.319348215981	0.0193401809332	0.301314852073	-0.383633124346	-0.0054371331999	0.572203019477	0.119359921238	0.0878531952673	0.592773248542	0.203351930785	0.473190465472	15.3955710138	-19.9998034202	24.3607109303
2	2.32859055181	-1.05985132834	0.489314488514	2.82128179875	-0.483443587722	0.909283825306	-0.18179089457	0.205102482458	0.50885716432	-0.0532527538023	-0.010015034503	-0.731554350897	-0.128408158425	0.194549913663	0.135910167024	0.302529709085	-0.0524857320475	0.0262557647835	0.343752480556	0.00243665597066	0.617855393451	32.3377247291	8.95722482168	-6.62551702935
3	1.35489346271	-0.637243698929	-0.0952297125362	3.39699127317	0.336252934082	0.883793534094	-0.0704436918474	0.118507649064	-0.127467902689	-0.254209115951	0.0228272625768	0.635197829993	0.0825467940649	-0.188320084758	0.0239324302139	0.291614114806	-0.0606611820656	-0.0197299254383	0.336557171023	0.0388749050691	0.565308771131	-1.10755663787	-9.04695171965	-9.41779916565
4	2.00233519192	-0.116905820415	0.422680046905	1.66647176103	-0.688351577351	1.48259052887	-0.492434084028	-0.712206901265	0.520601279297	0.906121742759	0.299071546487	0.000421127446833	-0.510051539795	0.0703515307082	0.114971580819	0.79686925512	0.233618493195	-0.134645401238	0.661823915248	-0.255079745836	0.562902566314	11.7443069211	17.9519347394	24.8457082692

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'A' and resid -1 through 334)	A	A	-1 - 334	1 - 336
2	2	(chain 'B' and resid -3 through 334)	B	B	-3 - 334	1 - 338
3	3	(chain 'C' and resid -4 through 334)	C	C	-4 - 334	1 - 339
4	4	(chain 'D' and resid -1 through 334)	D	D	-1 - 334	1 - 336

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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