PDB-9hts: Human KHNYN KH domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hts

タイトル

Human KHNYN KH domain

要素

Protein KHNYN

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / ZAP associated protein

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA endonuclease activity / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / mRNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.198 Å

データ登録者

Youle, R.L. / Cottee, M.A. / Taylor, I.A. / Morris, E.R.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structural and functional characterization of the extended-diKH domain from the antiviral endoribonuclease KHNYN.
著者: Youle, R.L. / Lista, M.J. / Bouton, C. / Kunzelmann, S. / Wilson, H. / Cottee, M.A. / Purkiss, A.G. / Morris, E.R. / Neil, S.J.D. / Taylor, I.A. / Swanson, C.M.

履歴

登録	2024年12月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月6日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hts.cif.gz	84.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hts.ent.gz	60.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hts.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hts_validation.pdf.gz	435 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hts_full_validation.pdf.gz	437 KB	表示
XML形式データ	9hts_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	9hts_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/9hts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/9hts	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein KHNYN

B: Protein KHNYN

42.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein KHNYN

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein KHNYN

登録者が定義した集合体
21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.833, 121.797, 44.547
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.545, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 12 - 198 / Label seq-ID: 6 - 192

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Protein KHNYN / KH and NYN domain-containing protein 分子量: 21120.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KHNYN, KIAA0323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15037
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM Tris, 250 mM NaCl, 35 % PEG 3000, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.198→60.899 Å / Num. obs: 10852 / % possible obs: 73.3 % / 冗長度: 5.4 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / Num. unique obs: 183 / CC_1/2: 0.577

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.198→60.899 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 10.09 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.34 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2585	780	7.18 %	RANDOM
R_work	0.1961	10083	-	-
all	0.201	-	-	-
obs	-	10852	73.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.986 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.175 Å²	-0 Å²	0.137 Å²
2-	-	0.048 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.029 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.198→60.899 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2759	0	0	27	2786

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	2829
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.414	1.828	3844
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.472	1.743	6159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.07	5	351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.497	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.014	10	469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.472	10	131
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	428
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	620
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	609
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	2418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1496
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.136	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.188	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.242	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.489	3.011	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.489	3.012	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.946	5.393	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.945	5.394	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.335	3.474	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.334	3.475	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.464	6.183	2083
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.462	6.184	2084
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.659	36.135	3107
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.659	36.142	3107
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.113	0.05	5355

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11274	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11274	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.198-2.255	0.508	23	0.29	183	X-RAY DIFFRACTION	18.9862
2.255-2.317	0.243	24	0.278	256	X-RAY DIFFRACTION	26.0951
2.317-2.384	0.324	20	0.275	318	X-RAY DIFFRACTION	32.6255
2.384-2.457	0.336	35	0.231	409	X-RAY DIFFRACTION	44.9848
2.457-2.538	0.307	42	0.251	495	X-RAY DIFFRACTION	54.8519
2.538-2.627	0.335	32	0.242	632	X-RAY DIFFRACTION	68.1725
2.627-2.726	0.312	50	0.252	671	X-RAY DIFFRACTION	83.3526
2.726-2.837	0.306	72	0.246	764	X-RAY DIFFRACTION	92.9922
2.837-2.963	0.318	53	0.239	776	X-RAY DIFFRACTION	97.7594
2.963-3.107	0.31	51	0.205	723	X-RAY DIFFRACTION	98.2234
3.107-3.275	0.284	48	0.184	703	X-RAY DIFFRACTION	99.0765
3.275-3.473	0.266	31	0.163	696	X-RAY DIFFRACTION	99.1814
3.473-3.711	0.233	53	0.169	631	X-RAY DIFFRACTION	99.1304
3.711-4.008	0.229	53	0.167	575	X-RAY DIFFRACTION	98.7421
4.008-4.388	0.305	31	0.175	540	X-RAY DIFFRACTION	98.9601
4.388-4.903	0.2	65	0.158	474	X-RAY DIFFRACTION	99.6303
4.903-5.655	0.237	28	0.205	444	X-RAY DIFFRACTION	100
5.655-6.911	0.25	28	0.185	348	X-RAY DIFFRACTION	98.9474
6.911-9.712	0.16	24	0.163	288	X-RAY DIFFRACTION	98.4227
9.712-60.899	0.25	17	0.21	157	X-RAY DIFFRACTION	97.7528

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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