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- PDB-9ht6: Crystal structure of Tetraspanin CD82 Large Extracellular Loop (LEL) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ht6
タイトルCrystal structure of Tetraspanin CD82 Large Extracellular Loop (LEL)
要素CD82 antigen
キーワードENDOCYTOSIS / Cell Signalling and Adhesion / Immune function / Viral infection / Tumor supression
機能・相同性
機能・相同性情報


phagocytic vesicle / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / CD82 antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Nagarathinam, K. / Krey, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Tetraspanin CD82 Large Extracellular Loop (LEL)
著者: Nagarathinam, K. / Krey, T.
履歴
登録2024年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD82 antigen
B: CD82 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9328
ポリマ－28,2952
非ポリマー6376
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11170 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)51.420, 62.670, 97.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 109 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 109 through 111 or resid 113...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ASNASNGLYGLYAA109 - 1114 - 6
d_12LEULEUSERSERAA113 - 1858 - 80
d_13SERSERPROPROAA187 - 19682 - 91
d_14THRTHRASNASNAA200 - 22795 - 122
d_21ASNASNGLYGLYBB109 - 1114 - 6
d_22LEULEUPROPROBB113 - 1968 - 91
d_23THRTHRASNASNBB200 - 22795 - 122

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.637959819936, 0.00839965898626, 0.770023839811), (-0.0252726878494, -0.999630236852, -0.0100339832202), (0.769654831334, -0.0258618502685, 0.637936207864) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.637959819936, 0.00839965898626, 0.770023839811), (-0.0252726878494, -0.999630236852, -0.0100339832202), (0.769654831334, -0.0258618502685, 0.637936207864)
ベクター: 18.7731717613, -40.813038225, -9.34462979208)

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要素

#1: タンパク質 CD82 antigen / C33 antigen / IA4 / Inducible membrane protein R2 / Metastasis suppressor Kangai-1 / Suppressor of ...C33 antigen / IA4 / Inducible membrane protein R2 / Metastasis suppressor Kangai-1 / Suppressor of tumorigenicity 6 protein / Tetraspanin-27 / Tspan-27


分子量: 14147.632 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD82, KAI1, SAR2, ST6, TSPAN27
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P27701
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.0 M Ammonium phosphate dibasic, 0.1 M Sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.81 Å / Num. obs: 12818 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 10.52 % / Biso Wilson estimate: 38.84 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 24.79
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique obs: 1218 / CC1/2: 0.936 / % possible all: 97.13

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
MxCuBEデータ収集
XDS20240712データ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
Coot0.9.8.7モデル構築
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→48.8 Å / SU ML: 0.3556 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.8743
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2756 642 5.01 %
Rwork0.2263 12172 -
obs0.2288 12814 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1854 0 42 10 1906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00181931
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42162597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0362264
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031337
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0609703
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.672488433642 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.590.35741240.31872346X-RAY DIFFRACTION98.02
2.59-2.850.30621260.28912394X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.260.31741280.27062429X-RAY DIFFRACTION100
3.26-4.10.22151280.19492436X-RAY DIFFRACTION100
4.1-48.80.27561360.19252567X-RAY DIFFRACTION99.89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93687298406-1.181374840132.327251467790.890207528145-1.184403723933.7792453843-0.321515962089-0.5739492042380.1356379814940.448747850317-0.160922453969-0.136981749418-0.444729118409-0.0406257580482-1.035253825610.173326448545-0.0240340812920.143018852840.3018618455670.08941149991570.1919415893015.29056738572-20.8906314872-0.68816515122
20.0009917699271870.00757165173799-0.0114990049510.038661996474-0.05835923929070.07284954247390.0851539381824-0.3557557100990.6366058160450.133885139153-0.138270624394-0.510729479340.1831818593740.115846372424-0.01330002228670.310764251727-0.03644057531470.1335042366750.3344510298250.02537759057140.5575108936418.90591167166-3.51250962846-9.93890055062
30.421967704127-0.5227446545210.5175002300571.05459851089-0.6515637110890.619170396374-0.0314388108098-0.0747142396755-0.1250223987430.4039521720410.0690887614502-0.10704523533-0.453122484060.125595905256-0.01647131942530.230534660936-0.008901169594750.0251972657810.1904998149170.003512440057490.231570861735-1.67493854762-7.64766456319-8.07948075435
40.228190996172-0.1987083443690.2370801033890.296942536392-0.4358561701950.6432574341850.2510666929690.671556083025-0.201405657499-0.500459951415-0.238364852014-0.1110241919410.008164468548570.455357209383-0.04473134756690.5793818073050.0482563307007-0.1691116556380.496251834560.02671500604280.125687710247-3.78210159755-9.33481658618-22.1181742469
51.279016945350.7296829295442.216328826530.9775799097030.4281767309595.1776050244-0.335299922535-0.3129323500441.44224249915-0.286250303529-0.22138507370.0889364000179-1.45726929402-0.763479170083-0.366576841570.585943884410.0112175138506-0.13199677540.135227485914-0.04246606823150.521161280081-8.31331519044.77157274976-8.4214509391
65.90013801168-0.811000882082-0.9324900021540.408078828525-0.4064329223831.13764743539-0.009963707898440.512081082516-1.29838243641-0.1716394046370.3848855917150.6480695521680.392523952927-0.3046708725551.050558553830.2574471583490.0977419941548-0.03823305811450.09181586615110.02910655920510.29662700791-10.8479321653-7.40269066888-7.79548200155
71.72234386284-1.2561221767-3.13987070130.9727424894862.278571161595.80853793545-0.4550217083560.32315898092-0.8964830175640.407933199882-0.1584215702230.006153830269760.9626333300610.0602496707605-0.4349661006250.303331330304-0.051740403238-0.08522885911440.392127994909-0.1045414467960.618733649424-4.74039833646-24.8817435828-12.3445699225
80.944760196658-0.14326828529-1.070353862690.9658170386921.763146364634.00514241695-0.4245117010670.118551995989-0.1593212274090.4195711423450.662295506473-0.6193623046590.5090236074350.708524507944-0.008415710641840.177567244651-0.0407854359922-0.1267621059910.216885296720.01720251350530.26122720451114.2101014688-22.0847470137-4.97446311332
90.693422071417-0.1329391335470.5176162414160.4560039918050.138705657750.948227258336-0.389410405368-0.324674262021-0.0599071489610.405570582042-0.01792357966430.1526262351040.0767224835414-0.280851017108-0.4566783644930.453679960901-0.0975043857915-0.1174872609080.202037140948-0.1893752306170.7275889323255.27273823163-37.3564323529-8.85672239299
100.114289734748-0.2464285716680.08186394109360.3656328246380.1208012330430.830413102229-0.0212412389660.131032678260.1926381019760.34106090825-0.047574701192-0.245677096750.0982232395684-0.0732825585011-0.001124504367560.2525502872230.0112930671064-0.01988212649010.29612593536-0.005339997085130.27859930150913.1086416413-30.3664304854-14.6811336551
110.3520966052760.0963655963086-0.07608520549040.1284567941530.06675133398710.07820454083580.118926880712-0.523709263992-0.294555227437-0.1155892753640.170188420391-0.136902082660.7228876805230.3965049539110.01713018423160.5575297414650.141400721106-0.09269806029360.3826707426240.001345680125740.35355580393115.0042938378-41.2779001976-18.0930138408
126.656484032710.3406538695482.7565716022.41649943472-1.70769158142.622079312330.556588531395-0.8355672020870.06131885983970.246684795605-0.1337044158960.529868839915-0.903212796941-0.6713557198130.5107861159980.524767872830.0904974777236-0.0291673042970.276836471432-0.157987264650.2874413387374.17914294106-31.318978459-26.5093382391
130.101310933001-0.115696724605-0.06065408914680.575339657917-0.1193317312790.3755424533780.2826529977090.486695383931-0.0977763223988-0.815211555201-0.257769256663-0.8274605143351.227395415030.375172041698-0.01892771454590.6902722862460.163842910912-0.03092173496740.352351636233-0.02915728477140.55915502579418.2684784693-45.1234097754-21.3798174076
140.194390766089-0.2901448147680.1380837838971.165292205220.796495037381.71973336170.2288922890290.3718435472870.435850381423-0.2885636988040.0487596752199-0.849215206394-0.6028795463390.4871194892650.1634716490090.2427355721980.110869980735-0.02032032558270.36521356544-0.05935531472040.35293412137519.6681556676-33.0334819518-22.5444001297
151.21227770788-0.4019083890570.1726794668950.4682475220910.5337695232861.060687032630.3955459684940.1054137061510.8301244852580.116878957285-0.744279748523-0.211597418792-0.435456199961-0.887696907589-0.07827816004160.366921923258-0.02629082362610.108357740060.5332252586880.01959434199080.36065700136312.0503572286-15.7559041418-20.2077134688
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 107 through 127 )AA107 - 1271 - 21
22chain 'A' and (resid 128 through 134 )AA128 - 13422 - 28
33chain 'A' and (resid 135 through 176 )AA135 - 17629 - 70
44chain 'A' and (resid 177 through 191 )AA177 - 19171 - 85
55chain 'A' and (resid 192 through 205 )AA192 - 20586 - 98
66chain 'A' and (resid 206 through 215 )AA206 - 21599 - 108
77chain 'A' and (resid 216 through 228 )AA216 - 228109 - 121
88chain 'B' and (resid 109 through 127 )BB109 - 1271 - 19
99chain 'B' and (resid 128 through 134 )BB128 - 13420 - 26
1010chain 'B' and (resid 135 through 165 )BB135 - 16527 - 57
1111chain 'B' and (resid 166 through 176 )BB166 - 17658 - 68
1212chain 'B' and (resid 177 through 191 )BB177 - 19169 - 82
1313chain 'B' and (resid 192 through 205 )BB192 - 20583 - 95
1414chain 'B' and (resid 206 through 215 )BB206 - 21596 - 105
1515chain 'B' and (resid 216 through 228 )BB216 - 228106 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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