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- PDB-9ht2: A novel bottom-up approach to find lead-compounds in billion-size... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ht2
タイトルA novel bottom-up approach to find lead-compounds in billion-sized libraries
要素Bromodomain-containing protein 4
キーワードGENE REGULATION / BRD4 / drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / : / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / : / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / histone binding / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Ruiz Carrillo, D. / Garcia Alai, M. / Barril, X. / Serrano-Morras, A. / Bertran-Mostazo, A. / Juarez-Jimenez, J. / Defelipe, L.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)CEX2021-001202-M スペイン
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2025
タイトル: A bottom-up approach to find lead compounds in expansive chemical spaces.
著者: Serrano-Morras, A. / Bertran-Mostazo, A. / Minarro-Lleonar, M. / Comajuncosa-Creus, A. / Cabello, A. / Labranya, C. / Escudero, C. / Tian, T.V. / Khutorianska, I. / Radchenko, D.S. / Moroz, Y. ...著者: Serrano-Morras, A. / Bertran-Mostazo, A. / Minarro-Lleonar, M. / Comajuncosa-Creus, A. / Cabello, A. / Labranya, C. / Escudero, C. / Tian, T.V. / Khutorianska, I. / Radchenko, D.S. / Moroz, Y.S. / Defelipe, L. / Ruiz-Carrillo, D. / Garcia-Alai, M. / Schmidt, R. / Rarey, M. / Aloy, P. / Galdeano, C. / Juarez-Jimenez, J. / Barril, X.
履歴
登録2024年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6323
ポリマ－15,0991
非ポリマー5332
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area7850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.353, 39.553, 55.861
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.492, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物 ChemComp-A1IXF / methyl 2,2,6,6-tetramethyl-4-[[2-[(5-methyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)amino]-2-oxidanylidene-ethyl]amino]oxane-4-carboxylate


分子量: 370.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26N4O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル


分子量: 162.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 %
結晶化温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus 0.09 M Halogens, 0.1M Buffer system 3 pH 8.5 50% v/v precipitant mix 1

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97702 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97702 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→26.93 Å / Num. obs: 23321 / % possible obs: 95.93 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07624 / Rpim(I) all: 0.03085 / Rrim(I) all: 0.08237 / Net I/σ(I): 13.07
反射 シェル解像度: 1.42→1.471 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.6479 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2271 / CC1/2: 0.838 / CC star: 0.955 / Rpim(I) all: 0.262 / Rrim(I) all: 0.6998 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2.4158精密化
PDB-REDO精密化
MxCuBE4.4.7データ収集
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.42→26.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.337 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18634 1215 5.2 %RANDOM
Rwork0.17173 ---
obs0.1725 22157 96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.278 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å20.54 Å2
2---1.18 Å2-0 Å2
3---1.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→26.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1062 0 36 156 1254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0181128
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2591.8611535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4511.6192501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5865.116129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.30510197
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4640.865507
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3250.865507
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4181.525632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4171.533633
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.5431.43621
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.5411.433622
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.6452.377904
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.5913.071348
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.65111.431301
LS精密化 シェル解像度: 1.42→1.456 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 80 -
Rwork0.27 1590 -
obs--93.24 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.87 Å / Origin y: 3.218 Å / Origin z: 12.392 Å
111213212223313233
T0.0636 Å20.0158 Å20.0194 Å2-0.1481 Å20.0135 Å2--0.0133 Å2
L1.8912 °20.1884 °2-0.7605 °2-1.0904 °20.1711 °2--1.5661 °2
S0.0504 Å °0.0416 Å °0.0674 Å °-0.024 Å °-0.0599 Å °-0.0544 Å °-0.0667 Å °-0.0204 Å °0.0094 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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