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- PDB-9ht1: A novel bottom-up approach to find lead-compounds in billion-size... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ht1
タイトルA novel bottom-up approach to find lead-compounds in billion-sized libraries
要素Bromodomain-containing protein 4
キーワードGENE REGULATION / BRD4 / drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / : / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / : / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / histone binding / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Ruiz Carrillo, D. / Garcia Alai, M. / Barril, X. / Serrano-Morras, A. / Bertran-Mostazo, A. / Juarez-Jimenez, J. / Defelipe, L.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)CEX2021-001202-M スペイン
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2025
タイトル: A bottom-up approach to find lead compounds in expansive chemical spaces.
著者: Serrano-Morras, A. / Bertran-Mostazo, A. / Minarro-Lleonar, M. / Comajuncosa-Creus, A. / Cabello, A. / Labranya, C. / Escudero, C. / Tian, T.V. / Khutorianska, I. / Radchenko, D.S. / Moroz, Y. ...著者: Serrano-Morras, A. / Bertran-Mostazo, A. / Minarro-Lleonar, M. / Comajuncosa-Creus, A. / Cabello, A. / Labranya, C. / Escudero, C. / Tian, T.V. / Khutorianska, I. / Radchenko, D.S. / Moroz, Y.S. / Defelipe, L. / Ruiz-Carrillo, D. / Garcia-Alai, M. / Schmidt, R. / Rarey, M. / Aloy, P. / Galdeano, C. / Juarez-Jimenez, J. / Barril, X.
履歴
登録2024年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8704
ポリマ－30,1992
非ポリマー6712
水3,459192
1
A: Bromodomain-containing protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0991
ポリマ－15,0991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7703
ポリマ－15,0991
非ポリマー6712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.989, 79.035, 84.194
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15099.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物 ChemComp-A1IXE / 1-(2,8-dioxa-5-azaspiro[3.6]decan-5-yl)-2-[[5-methyl-4-(4-methylphenyl)-1,2,4-triazol-3-yl]sulfanyl]ethanone


分子量: 388.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24N4O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.82 %
結晶化温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Morpheus 0.1 Amino acids, 0.1M Buffer system 3 pH 8.5 50% v/v precipitant Mix 1

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97702 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97702 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→57.62 Å / Num. obs: 21437 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.04064 / Rrim(I) all: 0.1478 / Net I/σ(I): 12.97
反射 シェル解像度: 1.94→2.009 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 1.099 / Num. unique obs: 2127 / CC1/2: 0.778 / CC star: 0.936 / Rpim(I) all: 0.3088 / Rrim(I) all: 1.142 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.19.2-4158精密化
PDB-REDO4.4.7精密化
MxCuBEデータ収集
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→57.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.772 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22164 1033 4.8 %RANDOM
Rwork0.17783 ---
obs0.17995 20397 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.793 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.32 Å2-0 Å20 Å2
2--1.13 Å2-0 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→57.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2124 0 46 192 2362
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0182232
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4061.8423032
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.51.5984927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9535.116258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.75510394
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3011.5521014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2771.5511014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8462.7561264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8442.7611265
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.2992.1381218
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.2982.141219
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.8343.6521767
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.6218.422617
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.64217.472558
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 65 -
Rwork0.235 1517 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3652-5.3064-2.35875.4211.94662.7490.21450.04270.1906-0.2131-0.1037-0.1073-0.01690.009-0.11090.0736-0.0170.00850.0236-0.01560.057631.3144.23-8.334
24.76421.2664-1.63399.5497-4.38863.3218-0.06810.29870.45210.25270.14090.1834-0.4922-0.0808-0.07290.1589-0.0228-0.04220.1181-0.01470.111611.72211.8-2.292
36.699-1.3453-4.89721.14180.76365.0883-0.0351-0.5068-0.05790.09470.0039-0.00850.20080.29440.03130.083-0.0245-0.02460.07050.00360.033424.308-5.8740.915
44.4835-2.5683-1.36632.72191.04660.79170.05870.05980.186-0.0413-0.0473-0.0299-0.0131-0.0703-0.01140.04220.0015-0.01430.0194-0.00480.040622.0133.09-7.053
55.9052-5.7477-1.15599.17421.85571.84120.10790.2201-0.1515-0.2376-0.19450.4097-0.0515-0.26230.08660.0614-0.0191-0.02280.05240.00230.039616.788-3.767-9.094
611.0756-5.8615-3.34697.30092.92963.02690.0851-0.032-0.2424-0.146-0.14270.40930.0452-0.28780.05770.1074-0.0594-0.03040.07280.00880.044812.447-9.015-2.736
79.5095-9.2266-0.912.62240.10225.02920.22780.39760.2624-0.1452-0.3825-0.5892-0.00770.17520.15470.0704-0.0117-0.01830.03510.01410.125730.39224.70916.397
812.07335.50470.12717.5271-0.30820.03090.3225-0.6559-0.07940.2632-0.2810.3660.0072-0.0064-0.04150.1032-0.0423-0.01460.073-0.01170.085714.837.47117.777
94.082-4.65922.13288.4336-3.65984.0234-0.0442-0.14570.13420.25570.16390.3118-0.2552-0.0562-0.11970.066-0.00910.03820.03150.00320.09838.39823.09625.114
107.1161-0.7176-1.61739.23270.98755.745-0.254-0.3466-0.28930.31830.12690.2170.1866-0.19310.12710.05280.02450.01150.03950.01210.019817.0349.91625.994
118.1053-1.85470.58143.2163-0.07550.0507-0.0242-0.42850.09150.05040.0324-0.34270.0183-0.012-0.00810.09860.0156-0.01820.10160.00020.091531.45413.38419.059
123.7047-2.8373-0.93134.60261.58692.81530.0879-0.09150.2134-0.00470.0889-0.2502-0.2150.1904-0.17670.0437-0.0288-0.00620.02230.00570.075823.00921.19316.685
131.9497-3.5214-0.40158.47481.07380.51220.06060.0773-0.0496-0.0503-0.03210.3294-0.0158-0.0367-0.02850.0566-0.01950.00680.03890.02110.068816.25618.73713.491
1414.3489-8.9436-0.10279.48011.01622.5340.09850.08540.0733-0.1418-0.0370.3671-0.1637-0.2675-0.06150.0815-0.01370.00650.0550.0280.06598.14114.0118.6
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A42 - 51
2X-RAY DIFFRACTION2A52 - 68
3X-RAY DIFFRACTION3A69 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4A97 - 121
5X-RAY DIFFRACTION5A122 - 139
6X-RAY DIFFRACTION6A140 - 168
7X-RAY DIFFRACTION7B42 - 51
8X-RAY DIFFRACTION8B52 - 60
9X-RAY DIFFRACTION9B61 - 75
10X-RAY DIFFRACTION10B76 - 83
11X-RAY DIFFRACTION11B84 - 96
12X-RAY DIFFRACTION12B97 - 116
13X-RAY DIFFRACTION13B117 - 144
14X-RAY DIFFRACTION14B145 - 168

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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