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- PDB-9hs3: Crystal structure of the Escherichia coli nucleosidase PpnN (E264... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hs3
タイトルCrystal structure of the Escherichia coli nucleosidase PpnN (E264A, pppGpp form)
要素Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidase
キーワードHYDROLASE / nucleosidase / pppGpp / GMP
機能・相同性
機能・相同性情報


inosinate nucleosidase activity / pyrimidine-5'-nucleotide nucleosidase activity / pyrimidine-5'-nucleotide nucleosidase / AMP nucleosidase / AMP nucleosidase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / guanosine tetraphosphate binding / protein homotetramerization / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidase, C-terminal domain / Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidase, N-terminal / Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidase PpnN-like superfamily / Pyrimidine/purine nucleotide monophosphate nucleosidase, C-terminal / Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidases / : / LOG family / Possible lysine decarboxylase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0O2 / 5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Baerentsen, R.L. / Brodersen, D.E.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0028072 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0030646 デンマーク
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Catalytic mechanism and differential alarmone regulation of a conserved stringent nucleosidase
著者: Baerentsen, R.L. / Kronborg, K. / Brodersen, D.E. / Zhang, Y.E.
履歴
登録2024年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidase
B: Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidase
C: Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidase
D: Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,30212
ポリマ－205,6494
非ポリマー3,6538
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8870 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area67390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.919, 156.919, 224.654
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Pyrimidine/purine nucleotide 5'-monophosphate nucleosidase / AMP nucleosidase / CMP nucleosidase / GMP nucleosidase / IMP nucleosidase / UMP nucleosidase / dTMP ...AMP nucleosidase / CMP nucleosidase / GMP nucleosidase / IMP nucleosidase / UMP nucleosidase / dTMP nucleosidase


分子量: 51412.262 Da / 分子数: 4 / 変異: E264A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: ppnN, ygdH, b2795, JW2766 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0ADR8, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, pyrimidine-5'-nucleotide nucleosidase, AMP nucleosidase
#2: 糖
ChemComp-HSX / 5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / 5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 5-O-phosphono-D-ribose / 5-O-phosphono-ribose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-Ribf5PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-0O2 / guanosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) 3'-(trihydrogen diphosphate)


分子量: 683.140 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N5O20P5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / Density meas: 203888 Mg/m3 / 溶媒含有率: 63.71 % / 解説: octahedral
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 6 mg/ml 0.4 KNa tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→47.42 Å / Num. obs: 39210 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 101.82 Å2 / CC1/2: 0.98 / CC star: 0.99 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 6.92
反射 シェル解像度: 3.5→3.62 Å / 冗長度: 1.01 % / Num. unique obs: 3526 / CC1/2: 0.52 / CC star: 0.83 / Rrim(I) all: 1.11 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→47.42 Å / SU ML: 0.5556 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.7227
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2779 396 1.01 %
Rwork0.2205 38814 -
obs0.2211 39210 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 103.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→47.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14181 0 56 17 14254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014314514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42519678
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07552179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01172552
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.98681992
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.890.3491300.317612691X-RAY DIFFRACTION99.67
3.89-4.90.28951300.220712842X-RAY DIFFRACTION99.95
4.9-47.420.24651360.186213281X-RAY DIFFRACTION99.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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