PDB-9hry: The MK-RSL - pctx complex, P41212 form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hry

タイトル

The MK-RSL - pctx complex, P41212 form

要素

Fucose-binding lectin protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Complex

機能・相同性

Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / carbohydrate binding / metal ion binding / : / beta-D-fructopyranose / Fucose-binding lectin protein

機能・相同性情報

生物種

Ralstonia solanacearum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Wren, C.W. / Mockler, N.M. / Crowley, P.B.

資金援助

アイルランド, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Protein Recognition and Assembly by a Phosphocavitand.
著者: Wren, C.P. / Flood, R.J. / Mockler, N.M. / Savko, M. / Malinska, M. / Shi, Q. / Crowley, P.B.

履歴

登録	2024年12月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hry.cif.gz	154.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hry.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hry.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hry_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hry_full_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示
XML形式データ	9hry_validation.xml.gz	34.7 KB	表示
CIF形式データ	9hry_validation.cif.gz	47.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/9hry ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/9hry	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hruC 9hrvC 9hrwC 9hrxC 9hrzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fucose-binding lectin protein

B: Fucose-binding lectin protein

C: Fucose-binding lectin protein

D: Fucose-binding lectin protein

E: Fucose-binding lectin protein

F: Fucose-binding lectin protein

ヘテロ分子

65.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fucose-binding lectin protein

B: Fucose-binding lectin protein

C: Fucose-binding lectin protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.9 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Fucose-binding lectin protein

E: Fucose-binding lectin protein

F: Fucose-binding lectin protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.158, 112.158, 99.312
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-273- HOH
2	1	C-290- HOH
3	1	E-283- HOH

#1: タンパク質

Fucose-binding lectin protein

分子量: 9906.859 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Ralstonia solanacearum (バクテリア)
遺伝子: E7Z57_08365, HF909_06975, LBW55_09125, RUN39_v1_50103
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4TLR1

#2: 糖

ChemComp-BDF / beta-D-fructopyranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆

#3: 化合物

ChemComp-A1IXG / phosphated-cyclotrixylohydroquinoylene

分子量: 636.417 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₇O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M zinc acetate, 0.1 M Imidazole pH 7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月7日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→61.97 Å / Num. obs: 102148 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.28 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.139 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.5→1.52 Å / 冗長度: 21 % / R_merge(I) obs: 1.582 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5025 / CC_1/2: 0.613 / R_pim(I) all: 0.347 / R_rim(I) all: 1.621 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
autoPROC		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→61.97 Å / SU ML: 0.1666 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.6273
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1988	5041	4.94 %
R_work	0.1758	97092	-
obs	0.1769	102133	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→61.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4194	0	402	630	5226

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0163	4759
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5893	6641
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1206	691
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0101	950
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.9399	1697

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.51	0.3017	166	0.277	3168	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.51-1.53	0.2868	148	0.2562	3212	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.55	0.2804	157	0.2441	3199	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.57	0.2771	154	0.241	3212	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.59	0.2598	170	0.2327	3185	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.61	0.2459	181	0.2238	3173	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.63	0.2562	177	0.2089	3176	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.2563	179	0.2073	3218	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.68	0.2381	175	0.2024	3204	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.71	0.2219	159	0.202	3183	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.74	0.2264	163	0.2012	3240	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.77	0.231	163	0.205	3183	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.77-1.81	0.2245	153	0.1972	3239	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.81-1.84	0.2335	179	0.1999	3203	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.88	0.2105	162	0.1872	3210	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.93	0.2216	172	0.189	3224	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.98	0.2185	172	0.176	3186	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.03	0.192	158	0.1822	3250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.09	0.1991	157	0.1714	3222	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.16	0.2175	197	0.1752	3223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.23	0.1711	174	0.1727	3233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.32	0.2016	167	0.173	3231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.43	0.1987	173	0.1672	3240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.56	0.2247	153	0.1776	3277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.72	0.1839	167	0.1689	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.93	0.2024	143	0.1754	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.22	0.1836	183	0.1715	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.69	0.1804	186	0.159	3293	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.69-4.65	0.1524	163	0.1355	3361	X-RAY DIFFRACTION	100
4.65-61.97	0.1506	190	0.1481	3509	X-RAY DIFFRACTION	99.76

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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