PDB-9hrw: The RSL - pctx complex, P63 form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hrw

タイトル

The RSL - pctx complex, P63 form

要素

Fucose-binding lectin protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Complex

機能・相同性

Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / carbohydrate binding / metal ion binding / : / beta-D-fructopyranose / Fucose-binding lectin protein

機能・相同性情報

生物種

Ralstonia solanacearum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.07 Å

データ登録者

Wren, C.P. / Flood, R.J. / Crowley, P.B.

資金援助

アイルランド, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Protein Recognition and Assembly by a Phosphocavitand.
著者: Wren, C.P. / Flood, R.J. / Mockler, N.M. / Savko, M. / Malinska, M. / Shi, Q. / Crowley, P.B.

履歴

登録	2024年12月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hrw.cif.gz	65.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hrw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hrw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hrw_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hrw_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	9hrw_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	9hrw_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/9hrw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/9hrw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hruC 9hrvC 9hrxC 9hryC 9hrzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fucose-binding lectin protein

B: Fucose-binding lectin protein

ヘテロ分子

22.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fucose-binding lectin protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Fucose-binding lectin protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.078, 46.078, 139.565
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-289- HOH
2	1	A-291- HOH
3	1	A-313- HOH
4	1	A-337- HOH
5	1	B-308- HOH
6	1	B-315- HOH

#1: タンパク質

Fucose-binding lectin protein / Putative fucose-binding lectin protein

分子量: 9733.562 Da / 分子数: 2 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Ralstonia solanacearum (バクテリア)
遺伝子: E7Z57_08365, RSP795_21825, RSP822_19650, RUN39_v1_50103
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4TLR1

#2: 糖

ChemComp-BDF / beta-D-fructopyranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆

#3: 化合物

ChemComp-A1IXG / phosphated-cyclotrixylohydroquinoylene

分子量: 636.417 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₇O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 18% PEG 6000, 1 M lithium chloride, 0.1 M tri-Sodium citrate pH 4.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月11日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.07→69.78 Å / Num. obs: 71473 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 16 % / B_iso Wilson estimate: 10.17 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.07→1.09 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 1.176 / Num. unique obs: 2731 / CC_1/2: 0.334 / R_pim(I) all: 0.863 / R_rim(I) all: 1.471 / % possible all: 75.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
autoPROC		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.07→69.78 Å / SU ML: 0.1335 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.7426
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1837	3504	4.91 %
R_work	0.1687	67900	-
obs	0.1694	71404	97.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.07→69.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1376	0	218	258	1852

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1665
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3379	2357
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0928	229
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0077	388
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.8847	627

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.07-1.09	0.3311	86	0.3559	2019	X-RAY DIFFRACTION	73.65
1.09-1.1	0.3414	152	0.3225	2286	X-RAY DIFFRACTION	83.61
1.1-1.12	0.2794	138	0.3024	2527	X-RAY DIFFRACTION	90.96
1.12-1.14	0.2716	161	0.2575	2629	X-RAY DIFFRACTION	95.84
1.14-1.16	0.2693	128	0.236	2791	X-RAY DIFFRACTION	99.18
1.16-1.18	0.236	115	0.2165	2777	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.18-1.2	0.2125	144	0.1967	2749	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.2-1.22	0.2175	150	0.1957	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
1.22-1.24	0.2219	122	0.1871	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
1.24-1.27	0.1938	142	0.1806	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
1.27-1.3	0.2157	178	0.1722	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.3-1.33	0.2015	136	0.1729	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.37	0.2108	136	0.1697	2789	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.37-1.41	0.1727	148	0.1638	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.46	0.1547	137	0.1575	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
1.46-1.51	0.1768	114	0.16	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.57	0.1828	154	0.1534	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.57-1.64	0.175	151	0.1525	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.73	0.1683	150	0.1533	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.83	0.1827	153	0.162	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.98	0.171	127	0.1572	2799	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.98-2.17	0.1667	151	0.1576	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.49	0.1836	154	0.1656	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-3.13	0.1829	145	0.1686	2798	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.14-69.78	0.142	132	0.1399	2831	X-RAY DIFFRACTION	99.87

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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