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万見
- PDB-9hro: Solution NMR structure of the synthetic tobramycin riboswitch in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hro
タイトルSolution NMR structure of the synthetic tobramycin riboswitch in complex with tobramycin
要素RNA (35-MER)
キーワードRNA / RNA-ligand complex / riboswitch / aminoglycoside / translation regulation
機能・相同性TOBRAMYCIN / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Duchardt-Ferner, E. / Woehnert, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB902-B17 ドイツ
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural basis for ligand recognition in the tobramycin riboswitch.
著者: Duchardt-Ferner, E. / Kraus, L. / Limouchi, A. / Suess, B. / Wohnert, J.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Development of a novel tobramycin dependent riboswitch.
著者: Kraus, L. / Duchardt-Ferner, E. / Braeuchle, E. / Fuerbacher, S. / Kelvin, D. / Marx, H. / Boussebayle, A. / Maurer, L.M. / Bofill-Bosch, C. / Woehnert, J. / Suess, B.
履歴
登録2024年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (35-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6572
ポリマ－11,1901
非ポリマー4681
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: RNA鎖 RNA (35-MER)


分子量: 11189.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-TOY / TOBRAMYCIN / 4-AMINO-2-[4,6-DIAMINO-3-(3-AMINO-6-AMINOMETHYL-5-HYDROXY-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDROXY-CYCLOHEXYLOXY]-6-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-PYRAN-3,5-DIOL


分子量: 467.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37N5O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic62D 1H-1H NOESY
122isotropic12D 1H-15N HSQC imino
132isotropic62D 1H-15N HSQC amino
142isotropic12D HNN-COSY
152isotropic12D CPMG-NOESY
1142isotropic23D 1H-15N NOESY amino
1132isotropic12D long-range 1H-15N HSQC
1177isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1165isotropic52D 1H-13C HSQC aliphatic
1153isotropic32D H5(C5C4N4)H4
1185isotropic12D H1/H8-C5 HMBC
2374isotropic12D H(CC)H-TOCSY
1195isotropic32D H(N)CO
2206isotropic22D H(C)N aromatic
2214isotropic12D H(C)N aromatic
2226isotropic22D H(C)N aliphatic
2234isotropic12D H(C)N aliphatic
2246isotropic53D 1H-13C NOESY-HSQC aro
2256isotropic33D 1H-13C NOESY-HSQC ali
2264isotropic53D 1H-13C NOESY-HSQC ali
2276isotropic33D (H)CCH-COSY
2284isotropic33D (H)CCH-COSY
2296isotropic33D (H)CCH-TOCSY
2304isotropic33D (H)CCH-TOCSY
1317isotropic12D f1-filtered 1H-1H TOCSY
2328isotropic62D fi1-filtered 1H-1H TOCSY
1349isotropic62D 1H-1H TOCSY
23510isotropic62D 1H-1H TOCSY
1337isotropic12D f1,f2-filtered 1H-1H NOESY
23611isotropic23D HCP

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution11 mM unlabeled RNA (35-MER), 1.2 mM unlabeled TOBRAMYCIN, 95% H2O/5% D2Ounlabeled sample H2O95% H2O/5% D2O
solution20.5 mM [U-100% 15N] RNA (35-MER), 0.6 mM unlabeled TOBRAMYCIN, 95% H2O/5% D2O15N labeled sample H2O95% H2O/5% D2O
solution30.75 mM [U-13C; U-15N]-Ade,Cyt RNA (35-MER), 0.9 mM unlabeled TOBRAMYCIN, 95% H2O/5% D2OA,C-13C,15N sample H2O95% H2O/5% D2O
solution40.75 mM [U-13C; U-15N]-Ade,Cyt RNA (35-MER), 0.9 mM unlabeled TOBRAMYCIN, 100% D2OA,C-13C,15N sample D2O100% D2O
solution50.5 mM [U-13C; U-15N]-Ura,Gua RNA (35-MER), 0.6 mM unlabeled TOBRAMYCIN, 95% H2O/5% D2OG.U-13C,15N sample H2O95% H2O/5% D2O
solution60.5 mM [U-13C; U-15N]-Ura,Gua RNA (35-MER), 0.6 mM unlabeled TOBRAMYCIN, 100% D2OG.U-13C,15N sample D2O100% D2O
solution70.84 mM [U-13C; U-15N] RNA (35-MER), 1.004 mM unlabeled TOBRAMYCIN, 95% H2O/5% D2O13C,15N sample H2O95% H2O/5% D2O
solution80.84 mM [U-13C; U-15N] RNA (35-MER), 1.004 mM unlabeled TOBRAMYCIN, 100% D2O13C,15N sample D2O100% D2O
solution91 mM [U-100% 2H] RNA (35-MER), 1.2 mM unlabeled TOBRAMYCIN, 95% H2O/5% D2ODeuterated short RNA H2O95% H2O/5% D2O31 nt RNA sequence: GGUGUUUCGGACUGUCGGCCUACCGAGCACC
solution101 mM [U-100% 2H] RNA (35-MER), 1.2 mM unlabeled TOBRAMYCIN, 100% D2ODeuterated short RNA D2O100% D2O31 nt RNA sequence: GGUGUUUCGGACUGUCGGCCUACCGAGCACC
solution112.8 mM [U-13C; U-15N]-Ura RNA (35-MER), 2.2 mM unlabeled TOBRAMYCIN, 100% D2OU-15N,13C short RNA D2O100% D2O31 nt RNA sequence: GGUGUUUCGGACUGUCGGCCUACCGAGCACC
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMRNA (35-MER)unlabeled1
1.2 mMTOBRAMYCINunlabeled1
0.5 mMRNA (35-MER)[U-100% 15N]2
0.6 mMTOBRAMYCINunlabeled2
0.75 mMRNA (35-MER)[U-13C; U-15N]-Ade,Cyt3
0.9 mMTOBRAMYCINunlabeled3
0.75 mMRNA (35-MER)[U-13C; U-15N]-Ade,Cyt4
0.9 mMTOBRAMYCINunlabeled4
0.5 mMRNA (35-MER)[U-13C; U-15N]-Ura,Gua5
0.6 mMTOBRAMYCINunlabeled5
0.5 mMRNA (35-MER)[U-13C; U-15N]-Ura,Gua6
0.6 mMTOBRAMYCINunlabeled6
0.84 mMRNA (35-MER)[U-13C; U-15N]7
1.004 mMTOBRAMYCINunlabeled7
0.84 mMRNA (35-MER)[U-13C; U-15N]8
1.004 mMTOBRAMYCINunlabeled8
1 mMRNA (35-MER)[U-100% 2H]9
1.2 mMTOBRAMYCINunlabeled9
1 mMRNA (35-MER)[U-100% 2H]10
1.2 mMTOBRAMYCINunlabeled10
2.8 mMRNA (35-MER)[U-13C; U-15N]-Ura11
2.2 mMTOBRAMYCINunlabeled11
試料状態

詳細: 25 mM Potassium Phosphate, 50 mM Potassium Chloride / イオン強度: 85.9 M / Ionic strength err: 0.5 / pH: 6.2 / PH err: 0.2 / 圧: 1 bar / Pressure err: 0.01 / Temperature err: 0.1

Conditions-IDLabel温度 (K)
1NMR Buffer 283 K283 K
2NMR Buffer 298 K298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO60015 mm TCI cryo 1H,15N,13C probe
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD70025 mm QCI cryo 1H,15N,13C, 31P probe
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD80035 mm TCI cryo 1H,15N,13C probe
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO90045 mm TCI cryo 1H,15N,13C probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III95055 mm TCI cryo 1H,15N,13C probe
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II60065 mm TCI cryo 1H,15N,13C probe

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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