PDB-9hrh: Human holo aromatic L-amino acid decarboxylase (AADC) R347Q varia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hrh

タイトル

Human holo aromatic L-amino acid decarboxylase (AADC) R347Q variant native structure

要素

Aromatic-L-amino-acid decarboxylase

キーワード

LYASE / dopa decarboxylase / DDC / aromatic L-amino acid decarboxylase / AADC / R347Q variant

機能・相同性

機能・相同性情報

aromatic-L-amino-acid decarboxylase / catecholamine biosynthetic process / carboxylic acid metabolic process / carboxy-lyase activity / amino acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Perduca, M. / Bisello, G. / Bertoldi, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: The CRISPR-Cas9 knockout DDC SH-SY5Y in vitro model for AADC deficiency provides insight into the pathogenicity of R347Q and L353P variants: a cross-sectional structural and functional analysis.
著者: Carmona-Carmona, C.A. / Bisello, G. / Franchini, R. / Lunardi, G. / Galavotti, R. / Perduca, M. / Ribeiro, R.P. / Belviso, B.D. / Giorgetti, A. / Caliandro, R. / Lievens, P.M. / Bertoldi, M.

履歴

登録	2024年12月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hrh.cif.gz	243.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hrh.ent.gz	160.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hrh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/9hrh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/9hrh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hriC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aromatic-L-amino-acid decarboxylase

ヘテロ分子

54.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aromatic-L-amino-acid decarboxylase

ヘテロ分子

A: Aromatic-L-amino-acid decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Functional Dimer
109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.270, 107.270, 218.852
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-921- HOH
2	1	A-1022- HOH
3	1	A-1042- HOH
4	1	A-1050- HOH
5	1	A-1051- HOH

#1: タンパク質	Aromatic-L-amino-acid decarboxylase / DOPA decarboxylase 分子量: 54162.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDC, hCG_1811384, tcag7.584 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q53Y41, aromatic-L-amino-acid decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.34 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Hepes, 40% PEG 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→72.95 Å / Num. obs: 82318 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 19.24 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 95933 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
FFT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.7→53.64 Å / SU ML: 0.2093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.7454
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2063	4125	5.02 %
R_work	0.1996	78096	-
obs	0.1999	82221	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→53.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3638	0	41	353	4032

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0029	3785
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6314	5118
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0428	555
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	654
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.6686	527

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.4145	162	0.3808	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.74	0.3582	132	0.3563	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.74-1.76	0.3473	134	0.3231	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.79	0.2991	141	0.2819	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.79-1.81	0.2898	122	0.2822	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.81-1.84	0.2875	141	0.255	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.84-1.86	0.2359	126	0.2459	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.86-1.89	0.2347	146	0.233	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.92	0.2293	143	0.2369	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.96	0.2027	120	0.218	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-1.99	0.2254	152	0.2284	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.03	0.2296	152	0.2304	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.07	0.262	138	0.2342	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.12	0.2266	156	0.2041	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.12-2.17	0.1983	135	0.2078	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.17-2.22	0.1854	149	0.1979	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.28	0.2292	154	0.1899	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.35	0.2338	133	0.1927	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.42	0.2243	157	0.1867	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.51	0.2018	155	0.1897	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.61	0.2087	128	0.184	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.73	0.1967	142	0.1803	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.73-2.87	0.1975	134	0.1887	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.05	0.1751	136	0.1869	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.05-3.29	0.1966	148	0.1895	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.29-3.62	0.1933	156	0.184	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-4.14	0.1431	143	0.1719	2784	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.15-5.22	0.1854	139	0.1612	2820	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.22-53.64	0.1853	151	0.1942	3018	X-RAY DIFFRACTION	99.94

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 35.896035732 Å / Origin y: -33.6393345331 Å / Origin z: -9.21334617989 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.126797542252 Å²	-0.0096653948884 Å²	0.0103906510245 Å²	-	0.116389985895 Å²	0.0139457224749 Å²	-	-	0.121980987041 Å²
L	0.499057212936 °²	-0.0352282273058 °²	0.0345547078578 °²	-	0.446301685425 °²	-0.0423318115924 °²	-	-	0.503234329172 °²
S	-0.0225377131616 Å °	-0.0253847967415 Å °	-0.0757603757794 Å °	0.0559043323974 Å °	-0.00848244145252 Å °	-0.0342570818846 Å °	0.0703481792874 Å °	-0.00771172531905 Å °	0.0331059319451 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: (chain A and resseq 1:714)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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