PDB-9hrd: Crystal structure of the Class V GTP aptamer in complex with GTP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hrd

タイトル

Crystal structure of the Class V GTP aptamer in complex with GTP

要素

Class V GTP aptamer

キーワード

RNA / RNA-aptamer GTP G-quadruplex potassium ion

機能・相同性

GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Stafflinger, H. / Woehnert, J. / Schindelin, H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Crystal structure of the class V GTP-binding RNA aptamer bound to its ligand: GTP recognition by a topologically complex intermolecular G-quadruplex.
著者: Stafflinger, H. / Neissner, K. / Bartsch, S. / Pichler, A.K. / Bartosik, K. / Dhamotharan, K. / Abele, R. / Duchardt-Ferner, E. / Micura, R. / Schindelin, H. / Wohnert, J.

履歴

登録	2024年12月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hrd.cif.gz	594.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hrd.ent.gz	380.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hrd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/9hrd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/9hrd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Class V GTP aptamer

B: Class V GTP aptamer

C: Class V GTP aptamer

D: Class V GTP aptamer

ヘテロ分子

93.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Class V GTP aptamer

ヘテロ分子

B: Class V GTP aptamer

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS
46.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Class V GTP aptamer

D: Class V GTP aptamer

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.268, 127.216, 68.368
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.455, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: G / Beg label comp-ID: G / End auth comp-ID: C / End label comp-ID: C / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 2 - 68 / Label seq-ID: 2 - 68

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3
7	4	4
8	4	4
9	5	5
10	5	5
11	6	6
12	6	6

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: RNA鎖	Class V GTP aptamer 分子量: 22052.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.75 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: methylpentanediol, potasium chloride, manganese chloride, spermine, cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.892 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.892 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20.001 Å / Num. obs: 30103 / % possible obs: 97.32 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.0897 / R_pim(I) all: 0.0374 / Net I/σ(I): 11.23
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / Num. unique obs: 2966 / R_pim(I) all: 0.877

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
PHENIX	1.20.1-4487	精密化
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング
pointless		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→20.001 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 33.61 / SU ML: 0.304 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.639 / ESU R Free: 0.283 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2378	1530	5.083 %
R_work	0.2003	28570	-
all	0.202	-	-
obs	-	30100	97.317 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.848 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.544 Å²	0 Å²	0.297 Å²
2-	-	-1.656 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.108 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20.001 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	5752	276	74	6102

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.011	6752
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.019	2716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.873	1.857	10554
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.531	1.683	6608
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.401	5	210
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	3390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.396	0.2	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	3001
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.245	0.2	2385
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.243	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.019	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.139	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.302	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.718	5.508	6752
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.718	5.508	6752
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.348	10.013	10554
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.348	10.013	10555
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.524	70.671	9603
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.518	70.69	9592
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.045	0.05	7108
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.037	0.05	7167
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.042	0.05	7150
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.038	0.05	7148
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.038	0.05	7193
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.049	0.05	7156

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04521	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04521	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03656	0.05011
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03656	0.05011
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04168	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04168	0.0501
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03814	0.0501
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03814	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03844	0.05011
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03844	0.05011
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04885	0.0501
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04885	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.5-2.564	0.453	98	0.443	2059	0.444	2244	0.828	0.804	96.123	0.442
2.564-2.633	0.411	133	0.411	1979	0.411	2205	0.857	0.865	95.7823	0.403
2.633-2.708	0.353	105	0.382	1964	0.38	2129	0.9	0.906	97.1818	0.375
2.708-2.79	0.457	95	0.385	1885	0.388	2072	0.859	0.924	95.5598	0.379
2.79-2.88	0.376	122	0.344	1832	0.346	2019	0.911	0.943	96.7806	0.333
2.88-2.978	0.415	97	0.298	1778	0.304	1935	0.912	0.954	96.8992	0.274
2.978-3.088	0.295	106	0.259	1722	0.261	1878	0.952	0.969	97.3376	0.236
3.088-3.211	0.272	70	0.204	1689	0.206	1794	0.961	0.983	98.049	0.193
3.211-3.35	0.255	95	0.208	1613	0.211	1745	0.975	0.983	97.8797	0.203
3.35-3.509	0.239	84	0.204	1540	0.206	1657	0.962	0.98	98.0084	0.199
3.509-3.692	0.227	68	0.184	1455	0.186	1576	0.973	0.984	96.6371	0.179
3.692-3.908	0.185	71	0.177	1387	0.178	1509	0.981	0.985	96.6203	0.177
3.908-4.166	0.206	74	0.17	1329	0.172	1413	0.974	0.986	99.2923	0.172
4.166-4.484	0.226	59	0.172	1255	0.174	1321	0.973	0.984	99.4701	0.176
4.484-4.887	0.2	58	0.157	1171	0.159	1236	0.975	0.985	99.4337	0.164
4.887-5.424	0.175	48	0.16	1065	0.161	1114	0.979	0.985	99.9102	0.172
5.424-6.187	0.184	52	0.167	942	0.168	997	0.979	0.985	99.6991	0.179
6.187-7.403	0.249	36	0.17	809	0.172	862	0.979	0.986	98.0278	0.188
7.403-9.818	0.19	45	0.165	645	0.167	690	0.979	0.986	100	0.181
9.818-20.001	0.112	14	0.132	451	0.131	465	0.994	0.991	100	0.158

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.542	0.7709	-0.9964	2.2099	-0.0918	2.8589	-0.3212	-0.197	0.0527	-0.0282	0.1823	-0.2015	0.6949	0.1848	0.1389	0.187	0.0425	-0.0012	0.2201	-0.0122	0.0933	-4.6256	40.7979	-13.4985
2	3.0026	-0.8125	-0.4347	3.0144	0.3896	3.0382	-0.3286	-0.0709	0.2506	-0.0723	0.211	0.2434	0.4821	-0.2073	0.1176	0.1213	-0.0584	-0.0183	0.121	-0.0135	0.0675	-25.5288	40.8915	-21.0867
3	3.0071	1.0112	1.3741	2.2613	0.6827	3.2705	-0.2065	-0.0977	-0.0952	0.0824	0.1056	0.186	-0.5643	-0.2039	0.1008	0.1287	0.0517	0.0304	0.1796	0.0092	0.1034	3.2147	7.0615	-13.1612
4	2.6805	-0.0302	0.4537	2.6906	0.4994	2.809	-0.234	0.089	-0.2625	0.0566	0.2184	-0.324	-0.4426	0.2994	0.0156	0.0878	-0.0289	-0.0019	0.1424	-0.0174	0.0715	-28.0765	6.9255	-20.79

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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