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- PDB-9hqv: Cryo-EM structure of the small subunit of the mitochondrial ribos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hqv
タイトルCryo-EM structure of the small subunit of the mitochondrial ribosome from Toxoplasma gondii
要素
  • (Mitochondrial ...) x 2
  • (Putative 30S ribosomal protein ...) x 4
  • (Putative ribosomal protein ...) x 6
  • (RAP domain-containing ...) x 2
  • (Ribosomal protein, ...) x 2
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 2
  • AP2 domain transcription factor AP2IX-6
  • ARG-ALA-GLU-LEU-VAL-ALA-ALA-GLN-VAL-ARG-GLU-LYS-LEU-ALA-ILE-LYS-MET-ALA-ASN-ALA-LEU-ALA
  • ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit,related protein
  • Acylphosphatase-like domain-containing protein
  • CHCH domain-containing protein
  • Chain UC
  • Chain Uh
  • Chain Uj
  • Chain Un
  • DNA double-strand break repair rad50 ATPase
  • DnaJ domain-containing protein
  • Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
  • GLY-ARG-SER-LYS-VAL-LEU-ILE-ARG-ARG-LEU-LYS-GLU-ARG-ALA-LYS-LYS-GLU-ALA-GLU-LYS-LYS-ALA
  • Homeodomain-like containing protein
  • Macro domain-containing protein
  • Pentatricopeptide repeat domain-containing protein
  • Putative mitochondrial ribosomal protein s6-2
  • SSU-1
  • SSU-10
  • SSU-11
  • SSU-12
  • SSU-13
  • SSU-14
  • SSU-15
  • SSU-16
  • SSU-17
  • SSU-18
  • SSU-19
  • SSU-2
  • SSU-20
  • SSU-21
  • SSU-3
  • SSU-4
  • SSU-5
  • SSU-6
  • SSU-7
  • SSU-8
  • SSU-9
  • Thioredoxin domain-containing protein
  • UNK1
  • UNK2
  • UNK3
  • UNK4
  • Unknown peptide
  • chain Uo
  • chain Up
  • chain Uq
  • mS117
  • mS119
  • mS120
  • mS121
  • mS124
  • mS125
  • mS128
  • mS131
  • mS132
  • mS133
  • mS135
  • mS136
  • mS137
  • mS138
  • mS23
  • mS34
  • mS45
  • mS75
  • mS92
  • tRNA E-site
  • uS10m
  • us13m
キーワードRIBOSOME / Toxoplasma gondii / parasite / mitochondrial ribosome / SSU / large subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


hydro-lyase activity / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / isomerase activity / fatty acid metabolic process / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation ...hydro-lyase activity / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / isomerase activity / fatty acid metabolic process / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mitochondrion / RNA binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Apicomplexa microprotein / : / Enoyl-CoA hydratase/isomerase domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Acylphosphatase-like domain / Acylphosphatase-like domain profile. / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial ...: / Apicomplexa microprotein / : / Enoyl-CoA hydratase/isomerase domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Acylphosphatase-like domain / Acylphosphatase-like domain profile. / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Homeobox-like domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S11 superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Uncharacterized protein / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24 C-terminal domain-containing protein / Putative ribosomal protein S17 / Acylphosphatase-like domain-containing protein / Ribosomal protein S12, mitochondrial / Putative ribosomal protein S14 ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Uncharacterized protein / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24 C-terminal domain-containing protein / Putative ribosomal protein S17 / Acylphosphatase-like domain-containing protein / Ribosomal protein S12, mitochondrial / Putative ribosomal protein S14 / Small ribosomal subunit protein mS29 / CHCH domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Putative 30S ribosomal protein S15 / Uncharacterized protein / DNA double-strand break repair rad50 ATPase / Uncharacterized protein / Putative ribosomal protein S8 / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit,related protein / Thioredoxin domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Putative ribosomal protein S11 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Macro domain-containing protein / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein mS35 mitochondrial conserved domain-containing protein / RAP domain-containing protein / Uncharacterized protein / Putative mitochondrial ribosomal protein s6-2 / Homeodomain-like containing protein / Putative 30S ribosomal protein S5 / DnaJ domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Putative 30S ribosomal protein S16 / AP2 domain transcription factor AP2IX-6 / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Putative ribosomal protein S9 / Uncharacterized protein / Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein / RAP domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Putative ribosomal protein S18 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Tobiasson, V. / Shikha, S. / Muhleip, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Numerous rRNA molecules form the apicomplexan mitoribosome via repurposed protein and RNA elements.
著者: Shikha Shikha / Victor Tobiasson / Mariana Ferreira Silva / Jana Ovciarikova / Dario Beraldi / Alexander Mühleip / Lilach Sheiner /
要旨: Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are essential, and their function of synthesising mitochondrial proteins is universal. The core of almost all mitoribosomes is formed from a small number of ...Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are essential, and their function of synthesising mitochondrial proteins is universal. The core of almost all mitoribosomes is formed from a small number of long and self-folding rRNA molecules. In contrast, the mitoribosome of the apicomplexan parasite Toxoplasma gondii assembles from over 50 extremely short rRNA molecules. Here, we use cryo-EM to discover the features that enable this unusual mitoribosome to perform its function. We reveal that poly-A tails added to rRNA molecules are integrated into the ribosome, and we demonstrate their essentiality for mitoribosome formation and for parasite survival. This is a distinct function for poly-A tails, which are otherwise known primarily as stabilisers of messenger RNAs. Furthermore, while ribosomes typically consist of unique rRNA sequences, here nine sequences are used twice, each copy integrated in a different mitoribosome domain, revealing one of the mechanisms enabling the extreme mitochondrial genome reduction characteristic to Apicomplexa and to a large group of related microbial eukaryotes. Finally, several transcription factor-like proteins are repurposed to compensate for reduced or lost critical ribosomal domains, including members of the ApiAP2 family thus far considered to be DNA-binding transcription factors.
履歴
登録2024年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BA: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
BB: mS75
BC: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein
BD: mS92
Ba: Ribosomal protein, uS2m
Bb: Putative 30S ribosomal protein S5
Bc: Putative mitochondrial ribosomal protein s6-2
Bd: Putative ribosomal protein S8
Be: Putative ribosomal protein S9
Bf: uS10m
Bg: Putative ribosomal protein S11
Bh: Putative 30S ribosomal protein S12
Bi: us13m
Bj: Putative ribosomal protein S14
Bk: Putative 30S ribosomal protein S15
Bl: Putative 30S ribosomal protein S16
Bm: Putative ribosomal protein S17
Bn: Putative ribosomal protein S18
Bo: Ribosomal protein, bS21m
Bp: mS23
Bq: Mitochondrial ribosomal protein, mS26
Br: Small ribosomal subunit protein mS29
Bs: DNA double-strand break repair rad50 ATPase
Bt: mS34
Bu: Small ribosomal subunit protein mS35 mitochondrial conserved domain-containing protein
Bv: CHCH domain-containing protein
Bx: Mitochondrial mRNA-processing protein COX24 C-terminal domain-containing protein
By: Homeodomain-like containing protein
Bz: mS45
Ua: UNK1
Ub: UNK2
Uc: UNK3
Ud: UNK4
Uh: Chain Uh
Ui: Unknown peptide
Uj: Chain Uj
Uk: Unknown peptide
Ul: GLY-ARG-SER-LYS-VAL-LEU-ILE-ARG-ARG-LEU-LYS-GLU-ARG-ALA-LYS-LYS-GLU-ALA-GLU-LYS-LYS-ALA
Um: ARG-ALA-GLU-LEU-VAL-ALA-ALA-GLN-VAL-ARG-GLU-LYS-LEU-ALA-ILE-LYS-MET-ALA-ASN-ALA-LEU-ALA
Un: Chain Un
Uo: chain Uo
Up: chain Up
Uq: chain Uq
Ya: mS117
Yb: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit,related protein
Yc: mS119
Yd: mS120
Ye: mS121
Yf: Macro domain-containing protein
Yg: Thioredoxin domain-containing protein
Yh: mS124
Yi: mS125
Yj: DnaJ domain-containing protein
Yk: RAP domain-containing protein
Yl: mS128
Ym: RAP domain-containing protein
Yn: AP2 domain transcription factor AP2IX-6
Yo: mS131
Yp: mS132
Yr: Acylphosphatase-like domain-containing protein
Ys: mS135
Yt: mS136
Yu: mS137
Yq: mS133
SA: SSU-1
SB: SSU-2
SC: SSU-3
SD: SSU-4
SE: SSU-5
SF: SSU-6
SG: SSU-7
SH: SSU-8
SI: SSU-9
SJ: SSU-10
SK: SSU-11
SL: SSU-12
SM: SSU-13
SN: SSU-14
SO: SSU-15
SP: SSU-16
SQ: SSU-17
SR: SSU-18
SS: SSU-19
ST: SSU-20
SU: SSU-21
TP: tRNA E-site
UC: Chain UC
Yv: mS138
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,927,67291
ポリマ－2,927,07588
非ポリマー5973
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
タンパク質 , 35種, 35分子 BABCBDBcBfBiBpBsBtBvByBzUdUhUjYaYbYcYdYeYfYgYhYiYjYlYnYoYpYr...

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein


分子量: 80344.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KGS2
#3: タンパク質 Pentatricopeptide repeat domain-containing protein


分子量: 74866.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KDF6
#4: タンパク質 mS92


分子量: 17313.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KCE0
#7: タンパク質 Putative mitochondrial ribosomal protein s6-2


分子量: 19272.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K9W0
#10: タンパク質 uS10m


分子量: 26919.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K2E1
#13: タンパク質 us13m


分子量: 12679.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KC71
#20: タンパク質 mS23


分子量: 41599.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K2Y2
#23: タンパク質 DNA double-strand break repair rad50 ATPase


分子量: 69085.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K0I6
#24: タンパク質 mS34


分子量: 34184.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JYF4
#26: タンパク質 CHCH domain-containing protein


分子量: 16112.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JX47
#28: タンパク質 Homeodomain-like containing protein


分子量: 66947.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KAD0
#29: タンパク質 mS45


分子量: 59593.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JZ68
#33: タンパク質 UNK4


分子量: 6384.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#34: タンパク質 Chain Uh


分子量: 5997.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#36: タンパク質 Chain Uj


分子量: 5124.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#43: タンパク質 mS117


分子量: 60305.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S7V2J1
#44: タンパク質 ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit,related protein


分子量: 116313.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K1B3
#45: タンパク質 mS119


分子量: 28744.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KFI1
#46: タンパク質 mS120


分子量: 75017.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K8Y5
#47: タンパク質 mS121


分子量: 34469.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JZ58
#48: タンパク質 Macro domain-containing protein


分子量: 75947.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K475
#49: タンパク質 Thioredoxin domain-containing protein


分子量: 102709.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K257
#50: タンパク質 mS124


分子量: 30802.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#51: タンパク質 mS125


分子量: 100897.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JYP0
#52: タンパク質 DnaJ domain-containing protein


分子量: 25359.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KC34
#54: タンパク質 mS128


分子量: 34440.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KEX1
#56: タンパク質 AP2 domain transcription factor AP2IX-6


分子量: 47928.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KDC3
#57: タンパク質 mS131


分子量: 48451.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KFW2
#58: タンパク質 mS132


分子量: 19356.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K2N1
#59: タンパク質 Acylphosphatase-like domain-containing protein


分子量: 27403.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YXT0
#60: タンパク質 mS135


分子量: 21353.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K0G8
#61: タンパク質 mS136


分子量: 50588.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K0Z5
#62: タンパク質 mS137


分子量: 40441.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#63: タンパク質 mS133


分子量: 31971.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: B9PYD6
#87: タンパク質 mS138


分子量: 44338.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K328

+
タンパク質・ペプチド , 11種, 12分子 BBUaUbUcUiUkUlUmUnUoUpUq

#2: タンパク質・ペプチド mS75


分子量: 3196.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#30: タンパク質・ペプチド UNK1


分子量: 1720.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#31: タンパク質・ペプチド UNK2


分子量: 541.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#32: タンパク質・ペプチド UNK3


分子量: 869.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#35: タンパク質・ペプチド Unknown peptide


分子量: 1124.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#37: タンパク質・ペプチド GLY-ARG-SER-LYS-VAL-LEU-ILE-ARG-ARG-LEU-LYS-GLU-ARG-ALA-LYS-LYS-GLU-ALA-GLU-LYS-LYS-ALA


分子量: 2605.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#38: タンパク質・ペプチド ARG-ALA-GLU-LEU-VAL-ALA-ALA-GLN-VAL-ARG-GLU-LYS-LEU-ALA-ILE-LYS-MET-ALA-ASN-ALA-LEU-ALA


分子量: 2370.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#39: タンパク質・ペプチド Chain Un


分子量: 2785.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#40: タンパク質・ペプチド chain Uo


分子量: 2230.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#41: タンパク質・ペプチド chain Up


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#42: タンパク質・ペプチド chain Uq


分子量: 2842.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

+
Ribosomal protein, ... , 2種, 2分子 BaBo

#5: タンパク質 Ribosomal protein, uS2m


分子量: 18266.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K4L0
#19: タンパク質 Ribosomal protein, bS21m


分子量: 28104.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8G0I7

+
Putative 30S ribosomal protein ... , 4種, 4分子 BbBhBkBl

#6: タンパク質 Putative 30S ribosomal protein S5


分子量: 127355.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KBH4
#12: タンパク質 Putative 30S ribosomal protein S12


分子量: 66403.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JTW0
#15: タンパク質 Putative 30S ribosomal protein S15


分子量: 44807.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JZR0
#16: タンパク質 Putative 30S ribosomal protein S16


分子量: 19450.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KCY1

+
Putative ribosomal protein ... , 6種, 6分子 BdBeBgBjBmBn

#8: タンパク質 Putative ribosomal protein S8


分子量: 14858.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K132
#9: タンパク質 Putative ribosomal protein S9


分子量: 57283.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KFS1
#11: タンパク質 Putative ribosomal protein S11


分子量: 43478.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K2Q1
#14: タンパク質 Putative ribosomal protein S14


分子量: 13063.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JW76
#17: タンパク質 Putative ribosomal protein S17


分子量: 14084.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YU94
#18: タンパク質 Putative ribosomal protein S18


分子量: 84433.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S7VTU6

+
Mitochondrial ... , 2種, 2分子 BqBx

#21: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein, mS26


分子量: 51592.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A086KM95
#27: タンパク質 Mitochondrial mRNA-processing protein COX24 C-terminal domain-containing protein


分子量: 30027.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A0F7UNZ9

+
Small ribosomal subunit protein ... , 2種, 2分子 BrBu

#22: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS29


分子量: 63068.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JWV4
#25: タンパク質 Small ribosomal subunit protein mS35 mitochondrial conserved domain-containing protein


分子量: 63908.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K5S5

+
RAP domain-containing ... , 2種, 2分子 YkYm

#53: タンパク質 RAP domain-containing protein


分子量: 168668.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KGV4
#55: タンパク質 RAP domain-containing protein


分子量: 86967.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K7K5

+
RNA鎖 , 23種, 23分子 SASBSCSDSESFSGSHSISJSKSLSMSNSOSPSQSRSSSTSUTPUC

#64: RNA鎖 SSU-1


分子量: 29088.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#65: RNA鎖 SSU-2


分子量: 9185.558 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#66: RNA鎖 SSU-3


分子量: 7468.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#67: RNA鎖 SSU-4


分子量: 15105.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#68: RNA鎖 SSU-5


分子量: 23627.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#69: RNA鎖 SSU-6


分子量: 38630.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#70: RNA鎖 SSU-7


分子量: 8277.843 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#71: RNA鎖 SSU-8


分子量: 8141.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#72: RNA鎖 SSU-9


分子量: 17142.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#73: RNA鎖 SSU-10


分子量: 29992.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#74: RNA鎖 SSU-11


分子量: 36511.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#75: RNA鎖 SSU-12


分子量: 8951.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#76: RNA鎖 SSU-13


分子量: 23947.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#77: RNA鎖 SSU-14


分子量: 7857.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#78: RNA鎖 SSU-15


分子量: 5098.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#79: RNA鎖 SSU-16


分子量: 10632.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#80: RNA鎖 SSU-17


分子量: 18121.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#81: RNA鎖 SSU-18


分子量: 10786.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#82: RNA鎖 SSU-19


分子量: 3811.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#83: RNA鎖 SSU-20


分子量: 7859.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#84: RNA鎖 SSU-21


分子量: 17588.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#85: RNA鎖 tRNA E-site


分子量: 6715.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
#86: RNA鎖 Chain UC


分子量: 9971.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

+
非ポリマー , 3種, 3分子

#88: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#89: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#90: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: mitochondrial small ribosomal subunit from Toxoplasma gondii
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#87 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 株: RH
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最低温度: 70 K
撮影電子線照射量: 36 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2PHENIX1.21rc1_5058:モデル精密化
134.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 375745 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002133649
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.439185946
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.46453840
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03421148
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00419931

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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