[日本語] English
万見
- PDB-9hqk: Bacteroides fragilis lipoprotein XusB bound to ferrichrome -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hqk
タイトルBacteroides fragilis lipoprotein XusB bound to ferrichrome
要素XusB
キーワードMETAL TRANSPORT / Bacteroides / lipoprotein / xenosiderophore / iron
機能・相同性Protein of unknown function DUF4374 / Domain of unknown function (DUF4374) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / FERRICHROME / : / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Silale, A. / van den Berg, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust214222/Z/18/Z 英国
引用
ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Structural basis of iron piracy by human gut .
著者: Augustinas Silale / Yung Li Soo / Hannah Mark / Rachel N Motz / Arnaud Baslé / Elizabeth M Nolan / Bert van den Berg /
要旨: Iron is an essential element that can be growth-limiting in microbial communities, particularly those present within host organisms. To acquire iron, many bacteria secrete siderophores, secondary ...Iron is an essential element that can be growth-limiting in microbial communities, particularly those present within host organisms. To acquire iron, many bacteria secrete siderophores, secondary metabolites that chelate ferric iron. These iron chelates can be transported back into the cell via TonB-dependent transporters in the outer membrane, followed by intracellular liberation of the iron. Pathogenic and produce siderophores during gut infection. In response to iron starvation, the human gut symbiont upregulates an iron piracy system, XusABC, which steals iron-bound siderophores from the invading pathogens. Here, we investigated the molecular details of xenosiderophore uptake across the outer membrane by the XusAB complex. Our crystal and cryogenic electron microscopy structures explain how the XusB lipoprotein recognises iron-bound xenosiderophores and passes them on to the XusA TonB-dependent transporter. Moreover, we show that Xus homologues can transport a variety of siderophores with different iron-chelating functional groups.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: XusB
B: XusB
C: XusB
D: XusB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,12512
ポリマ－181,9394
非ポリマー3,1858
水00
1
A: XusB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2813
ポリマ－45,4851
非ポリマー7962
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: XusB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2813
ポリマ－45,4851
非ポリマー7962
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: XusB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2813
ポリマ－45,4851
非ポリマー7962
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: XusB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2813
ポリマ－45,4851
非ポリマー7962
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.195, 155.972, 89.624
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.563, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 32 through 405 or (resid 406...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 32 through 406 or resid 501))
d_3ens_1(chain "C" and (resid 32 through 405 or (resid 406...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 32 through 406 or resid 501))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLUGLUASPASPAA32 - 40632 - 406
d_12FCEFCEFCEFCEAE501
d_21GLUGLUASPASPBB32 - 40632 - 406
d_22FCEFCEFCEFCEBG501
d_31GLUGLUASPASPCC32 - 40632 - 406
d_32FCEFCEFCEFCECI501
d_41GLUGLUASPASPDD32 - 40632 - 406
d_42FCEFCEFCEFCEDK501

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9944020369023, -0.07236593746518, -0.076991948276006), (0.070659432426175, -0.99719547787457, 0.024666242431921), (-0.078561018410916, 0.01908795435046, 0.99672655045652)24.074834795432, 0.18390532462713, 45.611457074647
2given(0.53320819761233, 0.71864242775463, 0.4463654097597), (-0.37519763967767, 0.67378290810941, -0.63658724768874), (-0.75823198902401, 0.17195829078751, 0.62889951268078)-0.18554151459915, 54.840727626659, 41.42492776626
3given(0.62323683228626, 0.64180177230231, 0.4468403920321), (0.30571003326701, -0.72586197828159, 0.61617023949962), (0.71980360268734, -0.24741639710164, -0.64858916118262)29.263291407194, 25.203578025167, 3.2365182567301

-
要素

#1: タンパク質
XusB


分子量: 45484.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア)
遺伝子: BF9343_4228 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5L7E3
#2: 化合物
ChemComp-FCE / FERRICHROME


分子量: 740.520 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H42FeN9O12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES 7.5, 22 % w/v Poly(acrylic acid sodium salt) 5100

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.32→58.71 Å / Num. obs: 23146 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 55.9 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.29 / Rpim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 3.32→3.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.812 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4780 / CC1/2: 0.862 / Rpim(I) all: 0.318 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.21精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.32→58.71 Å / SU ML: 0.4649 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.4077
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2962 1140 4.97 %
Rwork0.2485 21791 -
obs0.2509 22931 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.32→58.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11616 0 196 0 11812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002512083
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.630216423
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471795
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052150
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.78764309
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.44380047943334
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.60183920486477
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.61008788151413
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.32-3.470.36691480.33732706X-RAY DIFFRACTION99.37
3.47-3.650.3991480.32882711X-RAY DIFFRACTION99.34
3.65-3.880.34621490.30562724X-RAY DIFFRACTION99.52
3.88-4.180.31711390.27032685X-RAY DIFFRACTION98.43
4.18-4.60.29051490.23282720X-RAY DIFFRACTION99.03
4.6-5.270.25411410.21772723X-RAY DIFFRACTION98.86
5.27-6.640.25191410.22672726X-RAY DIFFRACTION99.27
6.64-58.710.23081250.17882796X-RAY DIFFRACTION99.29

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る