PDB-9hqe: Bacteroides fragilis xenosiderophore-binding lipoprotein XusB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hqe

タイトル

Bacteroides fragilis xenosiderophore-binding lipoprotein XusB

要素

XusB

キーワード

METAL TRANSPORT / Bacteroides / lipoprotein / xenosiderophore / iron

機能・相同性

Protein of unknown function DUF4374 / Domain of unknown function (DUF4374) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Silale, A. / van den Berg, B.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Structural basis of iron piracy by human gut .
著者: Augustinas Silale / Yung Li Soo / Hannah Mark / Rachel N Motz / Arnaud Baslé / Elizabeth M Nolan / Bert van den Berg /

要旨: Iron is an essential element that can be growth-limiting in microbial communities, particularly those present within host organisms. To acquire iron, many bacteria secrete siderophores, secondary ...

履歴

登録	2024年12月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hqe.cif.gz	359.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hqe.ent.gz	244.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hqe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9hqe_validation.pdf.gz	349.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hqe_full_validation.pdf.gz	353.9 KB	表示
XML形式データ	9hqe_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	9hqe_validation.cif.gz	35 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/9hqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/9hqe	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	51210C 9garC 9gbcC 9gcyC 9gczC 9hq1C 9hqkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: XusB

B: XusB

ヘテロ分子

91.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: XusB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, isothermal titration calorimetry
45.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: XusB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.987, 86.925, 154.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	XusB 分子量: 45484.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア) 遺伝子: BF9343_4228 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5L7E3
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	溶媒含有率: 34.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.02 M magnesium chloride hexadydrate, 0.1 M HEPES, 22% polyacrylic acid sodium salt 5,100

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→48.42 Å / Num. obs: 67890 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 24.23 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 1.77→1.81 Å / 冗長度: 13.9 % / R_merge(I) obs: 1.289 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3826 / CC_1/2: 0.799 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.77→48.42 Å / SU ML: 0.2141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.5479
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2368	3410	5.03 %
R_work	0.1987	64327	-
obs	0.2006	67737	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→48.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5708	0	45	328	6081

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5876
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7933	7967
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0564	880
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	1035
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.0806	2095

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.77-1.8	0.3052	167	0.2848	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.8-1.82	0.3558	122	0.2631	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.82-1.85	0.257	125	0.2464	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.85-1.88	0.2526	144	0.2405	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.88-1.91	0.3068	127	0.2589	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.91-1.95	0.3237	138	0.2832	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.95-1.99	0.3206	150	0.2184	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.99-2.03	0.2309	141	0.2061	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.03-2.07	0.2385	137	0.2181	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.07-2.12	0.2377	159	0.2167	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.12-2.17	0.2672	137	0.213	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.17-2.23	0.263	133	0.2071	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.3	0.2963	131	0.2439	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.3-2.37	0.2677	124	0.2079	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.45	0.2241	140	0.2034	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.45-2.55	0.231	150	0.2041	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.55-2.67	0.2467	154	0.2106	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.81	0.2879	149	0.2188	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.81-2.99	0.277	136	0.2151	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.22	0.2471	133	0.2031	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.54	0.1971	148	0.1894	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-4.05	0.2186	160	0.1745	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.05-5.1	0.1818	151	0.1495	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1-48.42	0.2099	154	0.1782	2904	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.51696045931	0.541946925205	-0.063519180699	1.0277544512	-0.589595373382	3.54255504479	-0.0312437198686	0.0236772244178	0.195038909282	-0.0170564255999	0.067716978724	0.0639000019812	-0.261070904892	-0.33073778281	-0.00644789589255	0.133781012446	0.0351673779143	0.010202279452	0.228594850434	-0.00897371305251	0.250615892924	0.712290665301	62.7826049371	111.812787025
2	1.58459513691	-0.246390853773	1.5042683111	0.0451127177274	-0.247988248384	1.45629491861	-0.0529634109656	-0.232316811534	-0.07561856285	0.08308695737	-0.010421307512	0.0909707898291	-0.0881039180686	-0.304361559431	0.0634985481888	0.181826670314	-0.00221813718008	0.0186725954438	0.29301785957	-0.00971565046896	0.268345077669	1.21769149431	51.7960854478	119.177738893
3	4.69697852418	0.275161999266	-0.808438746008	4.44710119088	-0.949043974021	4.48660394373	-0.177202923033	-0.475377650351	0.281215553981	0.340865811594	0.0339363642199	0.172912394735	-0.329539340106	-0.223409270391	0.230399444526	0.18853064019	0.0560985250973	0.00744471112896	0.212049052643	0.00302056866902	0.215988864901	8.66660834905	48.0492094396	129.014654246
4	0.552464160427	-0.017005513119	-0.0703277792395	1.22151361464	-0.488998866006	0.893688750079	0.00243409619258	0.00253451558408	-0.0434686319078	0.0942852736525	-0.0795303457234	-0.259927019549	-0.0166363634138	0.0715898476568	0.0715253326351	0.0910422794775	-0.010891268017	-0.0134577641793	0.168686738645	0.0184147441126	0.240093233666	24.5849328067	55.0102420535	119.197413204
5	1.94027319611	-0.875596685104	-0.414840975492	2.38882860068	-0.436303771674	3.39465813074	-0.0553480630182	0.131723518906	0.0490197011972	-0.0635452623197	-0.0222586353464	-0.0132823280833	0.0576770606467	-0.0165107433573	0.0219809210115	0.094055852254	-0.0004462435756	-0.000945747885488	0.186667355223	0.0087985250643	0.20335994522	11.6864518425	64.533608456	102.56467949
6	0.18137883794	-0.123811931975	0.0635753836055	0.284005330978	-0.513388276909	1.6806200989	0.0694874115308	0.0250404874087	-0.0559831044075	-0.00618393988904	0.0297039088817	0.0192855347743	0.240426556692	-0.0259395505313	0.0976665264319	1.30233129729	0.0804330492865	-0.0653780226232	0.322161746692	0.0535119162063	0.299917100812	-0.681474244087	24.0507015989	83.3958521534
7	0.138264074707	0.186950429196	0.185851959585	0.7271537912	0.237774266032	0.506964816448	0.0935133832615	-0.0456775644871	-0.198126783919	-0.0082741790201	0.0665775807312	0.0584471294957	0.683479024521	0.0184064459838	0.182807080192	1.25914831247	-0.106001238942	-0.102797159804	0.324460169353	0.0904697590872	0.327574489573	-5.11299788558	28.672974748	83.1079209989
8	0.811533643729	0.927800822998	-0.832849736427	1.06684924409	-0.956915943441	0.855267944085	0.0682670604576	-0.197668035983	-0.14631018855	0.140489756842	0.0792564562264	0.303606770523	0.73817319905	-0.283788256395	-0.56802396593	0.700402467174	-0.162032524967	0.0255466211335	0.424102155677	0.0775333136716	0.304675580268	-16.4866078204	37.1110765484	82.2085909156
9	0.882167477252	-0.147630524873	0.181915065849	0.971284433748	0.0998023596828	2.66399857011	0.0152506301098	0.00751732396245	0.0550477790795	0.0930275274855	0.0502195671692	0.150487090802	0.23534310854	-0.33753836711	-0.0828126045787	0.268669409235	-0.00557534884021	0.0212429066616	0.238970952753	0.0315804753642	0.241312563052	-8.4417913053	52.9488468965	76.0352743895
10	0.213441359328	0.0425720704009	0.162556570329	0.763038925676	0.054961001744	1.45739985835	0.0415238599356	-0.00596897817959	-0.0014505808757	0.177385997887	0.160485321063	-0.0382413527523	0.782582021724	0.550527400573	-0.0403762447268	0.450409177322	0.16436898432	-0.0385263507828	0.331222973779	-0.0510131386472	0.225408008545	8.79499036882	45.7846436402	81.1033966005
11	0.271267150635	-0.0894838077168	0.443887610321	0.351090605134	-0.161961833144	0.73048940422	-0.0526006376925	-0.0620040718194	-0.0612838164076	0.00464240541556	0.103950666664	-0.0435374079821	0.466632567074	0.246754518322	0.303151494957	1.08975596503	0.344483345039	-0.0834021382245	0.409390074031	-0.00633913618335	0.296500583587	8.26681409564	34.1854057271	88.1254679547

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 30 through 103 )	A	A	30 - 103	1 - 74
2	2	chain 'A' and (resid 104 through 128 )	A	A	104 - 128	75 - 99
3	3	chain 'A' and (resid 129 through 157 )	A	A	129 - 157	100 - 127
4	4	chain 'A' and (resid 158 through 364 )	A	A	158 - 364	128 - 334
5	5	chain 'A' and (resid 365 through 408 )	A	A	365 - 408	335 - 378
6	6	chain 'B' and (resid 31 through 57 )	B	C	31 - 57	1 - 27
7	7	chain 'B' and (resid 58 through 101 )	B	C	58 - 101	28 - 66
8	8	chain 'B' and (resid 102 through 136 )	B	C	102 - 136	67 - 95
9	9	chain 'B' and (resid 137 through 305 )	B	C	137 - 305	96 - 264
10	10	chain 'B' and (resid 306 through 364 )	B	C	306 - 364	265 - 323
11	11	chain 'B' and (resid 365 through 406 )	B	C	365 - 406	324 - 365

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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