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- PDB-9hq6: Structural insights in the HuHf@gold-monocarbene adduct: aurophil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hq6
タイトルStructural insights in the HuHf@gold-monocarbene adduct: aurophilicity revealed in a biological context
要素Ferritin heavy chain
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Iron / Gold / Metal transport / Metal storage / Anticancer drugs / Drug nanocarrier
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferritin complex / negative regulation of ferroptosis / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / ferritin complex / negative regulation of ferroptosis / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / autophagosome / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / ficolin-1-rich granule lumen / intracellular iron ion homeostasis / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 1-butyl-3-methyl-1H-imidazol-3-ium / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Cosottini, L. / Giachetti, A. / Guerri, A. / Martinez-Castillo, A. / Geri, A. / Zineddu, S. / Abrescia, N.G.A. / Messori, L. / Turano, P. / Rosato, A.
資金援助 イタリア, スペイン, 3件
組織認可番号国
Ministero dell Universita e della RicercaECS00000017 イタリア
Ministero dell Universita e della RicercaIR0000009 イタリア
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessPID2021-126130OB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2025
タイトル: Structural Insight Into a Human H Ferritin@Gold-Monocarbene Adduct: Aurophilicity Revealed in a Biological Context.
著者: Lucrezia Cosottini / Andrea Giachetti / Annalisa Guerri / Ane Martinez-Castillo / Andrea Geri / Stefano Zineddu / Nicola G A Abrescia / Luigi Messori / Paola Turano / Antonio Rosato /
要旨: Human H ferritin (HuHf) has excellent potential as a nanocarrier for the selective delivery of anticancer metal-based drugs to tumor cells. Here, we addressed the interaction of the gold monocarbene ...Human H ferritin (HuHf) has excellent potential as a nanocarrier for the selective delivery of anticancer metal-based drugs to tumor cells. Here, we addressed the interaction of the gold monocarbene compound Au(NHC)Cl with HuHf by electrospray ionization-mass spectrometry (ESI-MS) measurements, which provide the metalation state of the protein subunits and demonstrate the involvement of protein cysteines in gold binding. The adduct between Au(NHC)Cl and HuHf was studied by cryo-EM measurements, resulting in a high-resolution 3D density map at 1.51 Å. The cryo-EM structure shows a novel tetranuclear gold(I) cluster, located in a surface pocket of each subunit where it is bound to Cys90 and Cys102. The short inter-metal distances are diagnostic of the occurrence of aurophilic interactions. The present work demonstrates the usefulness of cryo-EM to investigate the interactions between metal-based drugs and their protein targets/carriers, also leveraging the strong signal of transition metal ions.
履歴
登録2024年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
M: Ferritin heavy chain
N: Ferritin heavy chain
O: Ferritin heavy chain
P: Ferritin heavy chain
Q: Ferritin heavy chain
R: Ferritin heavy chain
S: Ferritin heavy chain
T: Ferritin heavy chain
V: Ferritin heavy chain
W: Ferritin heavy chain
X: Ferritin heavy chain
Y: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)529,237144
ポリマ－506,98724
非ポリマー22,250120
水60,9633384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein


分子量: 21124.459 Da / 分子数: 24 / 変異: NONE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase
#2: 化合物...
ChemComp-BM0 / 1-butyl-3-methyl-1H-imidazol-3-ium / 1-butyl-3-methylimidazolium / 1-メチル-3-ブチル-2,3-ジヒドロ-1H-イミダゾ-ル-2-イリウム


分子量: 139.218 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15N2
詳細: In this structure, 1-butyl-3-methyl-imidazole-2-ylidene is deprotonated at C2 (molecular formula: C8H14N2).
タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HuHf@Au(NHC)| / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.506 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
10.137 MNaCl1
20.0027 MKCl1
30.01 MNa2HPO41
40.0018 MKH2PO41
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: O (正8面体型対称)
3次元再構成解像度: 1.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2736719 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
精密化最高解像度: 1.51 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00235664
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48748216
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.724824
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0345040
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0036384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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