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- PDB-9hq5: Crystal structure of Tetraspanin CD63mutant Large Extracellular L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hq5
タイトルCrystal structure of Tetraspanin CD63mutant Large Extracellular Loop (LEL) in complex with sybody SB3
要素
  • CD63 antigen
  • Sybody SB3
キーワードCELL ADHESION / virus entry and infection modulator / regulation of cell adhesion and migration / regulation of immune response
機能・相同性
機能・相同性情報


pigment granule maturation / regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / endosome to melanosome transport / platelet dense granule membrane / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of epithelial cell migration / multivesicular body, internal vesicle / multivesicular body membrane / regulation of potassium ion transmembrane transport / azurophil granule membrane ...pigment granule maturation / regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / endosome to melanosome transport / platelet dense granule membrane / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of epithelial cell migration / multivesicular body, internal vesicle / multivesicular body membrane / regulation of potassium ion transmembrane transport / azurophil granule membrane / positive regulation of receptor internalization / epithelial cell differentiation / positive regulation of cell adhesion / cell-matrix adhesion / endosome lumen / late endosome membrane / melanosome / cell migration / Platelet degranulation / protein transport / endosome membrane / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / cell surface / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD63, extracellular domain / Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Nagarathinam, K. / Krey, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Evolutionary relationship of Tetraspanins
著者: Nagarathinam, K. / Karakulova, D. / Thiyagaraj, D. / Krey, T.
履歴
登録2024年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD63 antigen
B: Sybody SB3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4185
ポリマ－28,1292
非ポリマー2883
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area11030 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)65.230, 65.230, 138.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 CD63 antigen / Granulophysin / Lysosomal-associated membrane protein 3 / LAMP-3 / Lysosome integral membrane ...Granulophysin / Lysosomal-associated membrane protein 3 / LAMP-3 / Lysosome integral membrane protein 1 / Limp1 / Melanoma-associated antigen ME491 / OMA81H / Ocular melanoma-associated antigen / Tetraspanin-30 / Tspan-30


分子量: 12430.112 Da / 分子数: 1 / 変異: N29S, N49T, N71S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD63, MLA1, TSPAN30 / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2 (S2) cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P08962
#2: 抗体 Sybody SB3


分子量: 15699.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 細胞株 (発現宿主): E.coli MC1061 / 発現宿主: Bacteria (unknown)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 % / 解説: Tetragonal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200 mM Ammonium sulfate, 20.00 % w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.984002 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月6日
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.5 Å / Num. obs: 9778 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 26.43 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 19.94
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.88 / Num. unique obs: 940 / CC1/2: 0.95 / % possible all: 99.37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
MxCuBEデータ収集
XDS202440712データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→47.5 Å / SU ML: 0.2985 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 26.0431
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2917 488 4.99 %
Rwork0.245 9288 -
obs0.2473 9776 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1591 0 15 0 1606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00191638
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.40372225
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04234
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9601556
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.980.34481590.28923020X-RAY DIFFRACTION99.81
2.98-3.750.30841590.25143039X-RAY DIFFRACTION99.97
3.75-47.50.25781700.22093229X-RAY DIFFRACTION99.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00549414546340.00801933395283-0.01401660080020.0119323102082-0.02040207205380.034063907371-0.0230477506819-0.0082126590692-0.02697879791540.0136347176118-0.00548024623758-0.05252093001580.05166800566960.01626595617980.02319758637490.2611555546490.04797211856650.1361531722120.2017204049840.1349152593150.321658697798-7.5121401341327.8724562391-19.1577494233
20.619065942894-0.08897974456650.004155546767750.6452770583730.2158085287170.25303430094-0.157727685602-0.01381970266540.0909087910896-0.03531455519120.0694624960419-0.09992084141090.01056323524190.133101634579-0.09664523179240.0950326102162-0.01838229741510.03833272265680.0831924568697-0.01395383052590.34147309353-12.18656509433.7970054571-10.3833411583
30.1211837964570.0391923618590.06765812083310.01563663745110.0151306884440.0572282366625-0.0351514569047-0.0547386395920.06167503078390.0137592686744-0.01826227465660.05637869753340.00942939242614-0.03692074142050.06451931930350.2920457255220.2656869937030.04688418697220.195893699663-0.1659463479840.157027293951-21.874726883735.1814118693-0.466889350094
40.0933762373872-0.00421307113057-0.01700871321140.028298142348-0.02082834925430.0281451908084-0.0352769762995-0.0010830371602-0.0479747975875-0.0197998369512-0.03432735707030.03169346557840.0138261572184-0.00434289611159-0.3545532607380.1875218946890.0299868754624-0.03946142304610.0017399551156-0.06860262411160.128965368808-18.709336144324.1073923861-5.31762624988
50.255686653196-0.07764802971170.14146836480.193323147607-0.05693374362780.08089283650470.0142000565468-0.0253914605712-0.1000398812860.01060006817780.0345788693451-0.04031486884680.03819377050690.09150163317070.01812205069330.2946179646420.207187900720.06244030551250.3414015770090.00447633511640.323210317159-18.448587934924.87260292824.08266288918
60.326866351915-0.0209741350630.003833914751870.185138223315-0.1291486725780.08549173604370.0168356883665-0.148823596948-0.3023596931450.1007359963360.04552272656680.1443208307070.107713449542-0.04588079270140.2299178964160.23369965581-0.1671160545820.0656532540377-0.01872601335110.06702560234780.156328875818-23.742049161924.7168722059-6.4147854349
70.0631558176499-0.0168657202293-0.02899288573580.0327173226947-0.03078468196330.147967932773-0.03270370146650.0219406558614-0.032463199509-0.017604729273-0.0178892384194-0.0220275694187-0.01747756610040.0733304468174-0.2186822518280.126942858882-0.03054258774160.09317625567780.12337591646-0.02140181460630.06462481085-3.1161709187317.4527998776-22.0072758719
80.1843530995270.13951385516-0.03870181592260.1103063455110.01265359981680.1783652226340.007549450091090.02499405475980.2373018233230.157607320076-0.0451978520860.127169125273-0.1791947201840.009196103686690.3738779548430.2227030961880.0194004329150.04183357093110.0563897524660.08518532312370.2017995436970.023154471837211.0339752518-13.8152509499
90.151742417143-0.06297732572630.04017292037710.0323435283043-0.01709667331510.01247999434620.0594200392925-0.0369003417241-0.04504131018920.06317451277040.01652140340310.0815866480028-0.06387597065280.005574422813370.4452060081340.1859465712680.23944808551-0.05978794082-0.007803218606310.173928498135-0.030557056899-5.446907462744.73672773355-10.309726169
100.0596602918920.0138685936889-0.01024255531310.04522876319740.08000006329040.1648069637190.0560938190384-0.0179983994604-0.01598163856450.02307857533950.0279097203361-0.0279213269476-0.02598551266840.05751624997490.2920241910130.3432112358320.0642144661775-0.04980608714960.223236244857-0.2051560415970.0526353188778-1.4563915206416.6443390563-9.92326366917
110.005679565208338.06705194987E-7-0.02803589866180.00393210963295-0.004620555584040.146894749426-0.0341684073181-0.0355140731763-0.03223749904110.03483153141920.0346943254999-0.03183982458760.05604418674160.118642746514-0.0876976601820.2091450132620.1711028046920.03396652908240.0371662544025-0.04763857603930.0707872341908-1.748041349975.92095921673-17.6124740026
120.0510189223276-0.004536410369090.009038374545620.102900995370.0434114649340.02083183199150.0384803969935-0.0624530016361-0.09188247257970.0980859597807-0.0313377416921-0.134674559680.126841461330.123333631784-0.05544642316160.2271371760460.144998790459-0.004186560810770.2102980147470.1638801727810.2131095865289.015424366826.07392963514-18.0847289064
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 103 through 109 )AA103 - 1091 - 7
22chain 'A' and (resid 110 through 124 )AA110 - 1248 - 22
33chain 'A' and (resid 125 through 142 )AA125 - 14223 - 40
44chain 'A' and (resid 143 through 156 )AA143 - 15641 - 54
55chain 'A' and (resid 157 through 169 )AA157 - 16955 - 67
66chain 'A' and (resid 170 through 201 )AA170 - 20168 - 99
77chain 'B' and (resid 5 through 11 )BB5 - 111 - 7
88chain 'B' and (resid 12 through 43 )BB12 - 438 - 39
99chain 'B' and (resid 44 through 77 )BB44 - 7740 - 73
1010chain 'B' and (resid 78 through 87 )BB78 - 8774 - 83
1111chain 'B' and (resid 88 through 109 )BB88 - 10984 - 105
1212chain 'B' and (resid 110 through 119 )BB110 - 119106 - 115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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