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- PDB-9hq1: XusB lipoprotein bound to ferric salmochelin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hq1
タイトルXusB lipoprotein bound to ferric salmochelin
要素DUF4374 domain-containing protein
キーワードMETAL TRANSPORT / Bacteroides / lipoprotein / xenosiderophore / iron
機能・相同性Protein of unknown function DUF4374 / Domain of unknown function (DUF4374) / : / : / DUF4374 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Silale, A. / Soo, Y.L. / van den Berg, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust214222/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Structural basis of iron piracy by human gut .
著者: Augustinas Silale / Yung Li Soo / Hannah Mark / Rachel N Motz / Arnaud Baslé / Elizabeth M Nolan / Bert van den Berg /
要旨: Iron is an essential element that can be growth-limiting in microbial communities, particularly those present within host organisms. To acquire iron, many bacteria secrete siderophores, secondary ...Iron is an essential element that can be growth-limiting in microbial communities, particularly those present within host organisms. To acquire iron, many bacteria secrete siderophores, secondary metabolites that chelate ferric iron. These iron chelates can be transported back into the cell via TonB-dependent transporters in the outer membrane, followed by intracellular liberation of the iron. Pathogenic and produce siderophores during gut infection. In response to iron starvation, the human gut symbiont upregulates an iron piracy system, XusABC, which steals iron-bound siderophores from the invading pathogens. Here, we investigated the molecular details of xenosiderophore uptake across the outer membrane by the XusAB complex. Our crystal and cryogenic electron microscopy structures explain how the XusB lipoprotein recognises iron-bound xenosiderophores and passes them on to the XusA TonB-dependent transporter. Moreover, we show that Xus homologues can transport a variety of siderophores with different iron-chelating functional groups.
履歴
登録2024年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF4374 domain-containing protein
B: DUF4374 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,28914
ポリマ－103,8572
非ポリマー1,43212
水14,142785
1
A: DUF4374 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1297
ポリマ－51,9281
非ポリマー1,2016
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DUF4374 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1607
ポリマ－51,9281
非ポリマー2316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.437, 108.718, 93.833
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.657, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DUF4374 domain-containing protein


分子量: 51928.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
遺伝子: BT_2064 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A622

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非ポリマー , 5種, 797分子

#2: 化合物 ChemComp-A1IWM / Salmochelin S4


分子量: 993.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H47N3O25 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 785 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M HEPES, 24% PEG6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→54.36 Å / Num. obs: 83651 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.055 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4580 / CC1/2: 0.609 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→54.36 Å / SU ML: 0.2379 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.3709
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2293 4144 4.96 %
Rwork0.1928 79353 -
obs0.1947 83497 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→54.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6597 0 81 785 7463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00656830
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80649303
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05591028
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00681198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.31292406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.820.30931260.29932680X-RAY DIFFRACTION99.4
1.82-1.840.32511390.30122626X-RAY DIFFRACTION99.64
1.84-1.860.35151360.28272607X-RAY DIFFRACTION99.53
1.86-1.890.34241180.28072678X-RAY DIFFRACTION99.71
1.89-1.910.28561270.26032634X-RAY DIFFRACTION99.57
1.91-1.940.26361300.24472614X-RAY DIFFRACTION99.71
1.94-1.970.25361410.24132656X-RAY DIFFRACTION99.68
1.97-20.30321620.23482609X-RAY DIFFRACTION99.71
2-2.030.29141300.22722639X-RAY DIFFRACTION99.71
2.03-2.060.25791490.22552584X-RAY DIFFRACTION98.56
2.06-2.10.27871490.23872624X-RAY DIFFRACTION99.71
2.1-2.130.28091320.22312657X-RAY DIFFRACTION99.86
2.13-2.180.27381390.22442636X-RAY DIFFRACTION99.93
2.18-2.220.24511420.20862619X-RAY DIFFRACTION99.93
2.22-2.270.25731240.21052687X-RAY DIFFRACTION99.79
2.27-2.320.24731330.20742616X-RAY DIFFRACTION99.82
2.32-2.380.27981330.19532676X-RAY DIFFRACTION99.82
2.38-2.440.20731370.19892610X-RAY DIFFRACTION99.82
2.44-2.510.25211360.20392681X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.60.24961540.20132601X-RAY DIFFRACTION99.86
2.6-2.690.24951410.20692673X-RAY DIFFRACTION99.89
2.69-2.80.27251130.21212657X-RAY DIFFRACTION99.86
2.8-2.920.26251430.2112631X-RAY DIFFRACTION99.78
2.92-3.080.2431350.19842668X-RAY DIFFRACTION99.68
3.08-3.270.22571430.19332665X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.520.24061440.17782644X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.880.18821390.15992662X-RAY DIFFRACTION99.96
3.88-4.440.1741400.14322648X-RAY DIFFRACTION99.93
4.44-5.590.16121560.13642671X-RAY DIFFRACTION99.86
5.59-54.360.17691530.16812700X-RAY DIFFRACTION99.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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