PDB-9hpi: Cryo-EM structure of DDB1dB-CRBN-MRT-0031619, conformation 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hpi

タイトル

Cryo-EM structure of DDB1dB-CRBN-MRT-0031619, conformation 1

要素

DNA damage-binding protein 1
Protein cereblon

キーワード

LIGASE / Targeted protein degradation / molecular glue / ubiquitin proteasome system / CRBN / ubiquitin ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex ...negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / locomotory exploration behavior / viral release from host cell / cullin family protein binding / positive regulation of Wnt signaling pathway / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of viral genome replication / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / nucleotide-excision repair / positive regulation of protein-containing complex assembly / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / regulation of circadian rhythm / DNA Damage Recognition in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Wnt signaling pathway / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / site of double-strand break / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / Potential therapeutics for SARS / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / damaged DNA binding / transmembrane transporter binding / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / DNA repair / apoptotic process / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å

データ登録者

Langousis, G. / Hunkeler, M. / Chami, M. / Quan, C. / Townson, S. / Bonenfant, D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A degron-mimicking molecular glue drives CRBN homo-dimerization and degradation.
著者: Gerasimos Langousis / Pablo Gainza / Moritz Hunkeler / Despoina Kapsitidou / Etienne J Donckele / Stefano Annunziato / Lars Wiedmer / Katherine F M Jones / Bradley DeMarco / Chao Quan / ...
要旨: Cereblon (CRBN) is an E3 ubiquitin ligase widely harnessed for targeted protein degradation (TPD). We report the discovery of a molecular glue degrader (MGD), MRT-31619, that drives homo-dimerization ...

履歴

登録	2024年12月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hpi.cif.gz	561.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hpi.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hpi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hpi_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hpi_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9hpi_validation.xml.gz	51.5 KB	表示
CIF形式データ	9hpi_validation.cif.gz	78.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/9hpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/9hpi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	52330MC 52331C 9hpjC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA damage-binding protein 1

B: Protein cereblon

C: Protein cereblon

ヘテロ分子

187 kDa, 3 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, assembly revealed in cryo-EM and SEC-MALS

#1: タンパク質	DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe 分子量: 93347.078 Da / 分子数: 1 / 変異: aa396-705 replaced with GNGNSG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q16531
#2: タンパク質	Protein cereblon 分子量: 46249.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN, AD-006 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96SW2
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-A1IW1 / (3~{S})-3-[3-oxidanylidene-5-[8-(phenylcarbonyl)-2,8-diazaspiro[4.5]decan-2-yl]-1~{H}-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione 分子量: 486.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₀N₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Drug-induced ternary complex between two DDB1-CRBN moieties
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 0.287 MDa / 実験値: YES

由来(天然)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

由来(組換発現)

生物種:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

緩衝液

pH: 7.4
詳細: Sample supplemented with DDM directly before vitrification

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	20 mM	HEPES	hepes	1
2	100 mM	sodium chloride	nacl	1
3	0.5 mM	TCEP	TCEP	1
4	0.01 %	DDM	DDM	1

試料

濃度: 9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1

急速凍結

装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: LEICA EMGP2

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS / 詳細: collected with AFIS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 20 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 20582 / 詳細: Movies with 52 frames
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	Topaz	0.2.5	粒子像選択
2	EPU	3.8.1	画像取得
4	CTFFIND	4.1.10	CTF補正
5	RELION	5	CTF補正
8	UCSF ChimeraX	1.8	モデルフィッティング
9	ISOLDE	1.8	モデルフィッティング
11	RELION	5	初期オイラー角割当
12	RELION	5	最終オイラー角割当
13	RELION	5	分類
14	RELION	5	３次元再構成
15	PHENIX	1.21	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 4802227 / 詳細: TOPAZ with general model

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 203344 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

B value: 73 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: real space cross correlation / 詳細: real space refinement in COOT and phenix

原子モデル構築

PDB-ID: 8TNQ

8tnq

Accession code: 8TNQ / Source name: PDB / タイプ: experimental model

精密化

最高解像度: 2.93 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	12339
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.51	16708
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.202	1695
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.044	1878
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	2147

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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