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- PDB-9hny: Mitoribosomal small subunit in complex with Mettl15 and Mettl17 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hny
タイトルMitoribosomal small subunit in complex with Mettl15 and Mettl17
要素
  • (Mitochondrial ...) x 6
  • (PPR_long domain-containing ...) x 2
  • 30S ribosomal protein S8
  • 9S RNA
  • ADP-ribosylglycohydrolase
  • Acyl carrier protein
  • Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal
  • Complex 1 protein (LYR family)
  • Cupin type-1 domain-containing protein
  • DUF4460 domain-containing protein
  • Kinteoplast poly(A) polymerase complex 1 subunit
  • Low molecular weight protein tyrosine phosphatase
  • LysM domain-containing protein
  • Metallo-beta-lactamase domain-containing protein
  • Methyltranfer_dom domain-containing protein
  • Pentacotripeptide-repeat region of PRORP domain-containing protein
  • Potassium voltage-gated channel, putative
  • Probable Zinc-ribbon domain-containing protein
  • Protein FYV4, mitochondrial
  • Rhodanese domain-containing protein
  • Ribosomal protein S9/S16
  • S-adenosyl-methyltransferase mraW-like protein
  • Small ribosomal subunit protein uS5 C-terminal domain-containing protein
  • Trichohyalin
  • UNK-A
  • UNK-B
  • UNK-C
  • UNK-F
  • UNK-G,J
  • UNK-I
  • UNK-K
  • UNK-L
  • UNK-M,Q
  • UNK-N
  • UNK-O
  • UNK-P
  • UNK-Y
  • UNK-d
  • UNK-g
  • UNK-h
  • UNK-k
  • UNK-l
  • Ubiquitin-like domain-containing protein
  • bS16m
  • bS6m
  • mS23
  • mS26
  • mS33
  • mS34
  • mS35
  • mS38
  • mS49
  • mS50
  • mS51
  • mS53
  • mS54
  • mS55
  • mS56
  • mS57
  • mS58
  • mS59
  • mS62
  • mS63
  • mS65
  • mS69
  • mS70
  • mS71
  • mS72
  • mS73
  • mt-SAF10
  • mt-SAF13
  • mt-SAF15
  • mt-SAF16 (P32)
  • mt-SAF17
  • mt-SAF18 (RbfA)
  • mt-SAF21
  • mt-SAF22
  • mt-SAF25
  • mt-SAF28
  • mt-SAF29
  • mt-SAF3
  • mt-SAF30
  • mt-SAF34
  • mt-SAF38
  • mt-SAF7 (KRIPP10)
  • tRNA pseudouridine synthase A-like protein
  • uS11m
  • uS14m
  • uS17m
  • uS19m
  • uS3m
キーワードRIBOSOME / Mitochondrial ribosome / METTL15 / METTL17 / RbfA / Trypanosoma brucei
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / tRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / kinetoplast / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / response to arsenic-containing substance / rRNA base methylation ...rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / tRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / kinetoplast / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / response to arsenic-containing substance / rRNA base methylation / ciliary plasm / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / nuclear lumen / mRNA stabilization / mitochondrial small ribosomal subunit / acyl binding / acyl carrier activity / iron-sulfur cluster binding / catalytic activity / voltage-gated potassium channel activity / RNA processing / voltage-gated potassium channel complex / methyltransferase activity / mitochondrion organization / protein homooligomerization / potassium ion transport / NAD binding / fatty acid biosynthetic process / NADP binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / T-cell activation inhibitor, mitochondrial / Domain of unknown function DUF4460 / Domain of unknown function (DUF4460) / Mitochondrial glycoprotein / Mitochondrial glycoprotein superfamily / Mitochondrial glycoprotein / PPR repeat / Probable Zinc-ribbon domain / Probable Treble clef zinc finger domain ...: / T-cell activation inhibitor, mitochondrial / Domain of unknown function DUF4460 / Domain of unknown function (DUF4460) / Mitochondrial glycoprotein / Mitochondrial glycoprotein superfamily / Mitochondrial glycoprotein / PPR repeat / Probable Zinc-ribbon domain / Probable Treble clef zinc finger domain / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / Pseudouridine synthase I, TruA / Pseudouridine synthase I, TruA, C-terminal / Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain / tRNA pseudouridine synthase / Ribosomal protein Rsm22-like / : / Mitochondrial small ribosomal subunit Rsm22 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase, MraW, recognition domain superfamily / MraW methylase family / ADP-ribosylation/Crystallin J1 superfamily / Protein Fyv4 / : / IGR protein motif / IGR / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like, NAD-binding domain / NAD-binding of NADP-dependent 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / Pentatricopeptide repeat domain / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / LysM domain / Rhodanese-like domain / LysM domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Acyl carrier protein (ACP) / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Phosphopantetheine attachment site / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S11 superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Thioredoxin-like superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ubiquitin-like domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / tRNA pseudouridine synthase A-like protein ...ACETYL COENZYME *A / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / tRNA pseudouridine synthase A-like protein / Paraflagellar rod component / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Trypanosomal VSG domain containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / 30S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein mS41 / Mitochondrial ribosomal protein S18 / Uncharacterized protein / Low molecular weight protein tyrosine phosphatase / Uncharacterized protein / Ribosomal protein S9/S16 / S-adenosyl-methyltransferase mraW-like protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / DUF4460 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Probable Zinc-ribbon domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial ribosomal protein S15 / Complex 1 protein (LYR family) / Dehydrogenase-like protein / Opioid growth factor receptor (OGFr) conserved domain-containing protein / Mitochondrial glycoprotein / Methyltransferase / Methyltransferase / Kinteoplast poly(A) polymerase complex 1 subunit / ADP-ribosylglycohydrolase / Ribosomal protein S24/S35 mitochondrial conserved domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial SSU ribosomal protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial SSU ribosomal protein / Potassium voltage-gated channel, putative / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS5 C-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Methyltransferase domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Target SNARE / Uncharacterized protein / PROP1-like PPR domain-containing protein / Uncharacterized protein / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP domain-containing protein / Glutaredoxin domain-containing protein / JmjC domain-containing protein / Acyl carrier protein / Metallo-beta-lactamase domain-containing protein / Mitochondrial glycoprotein-like protein / Uncharacterized protein / Trichohyalin / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP domain-containing protein / LysM domain-containing protein / Uncharacterized protein / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP domain-containing protein / Ubiquitin-like domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Chromosomal passenger protein / Small ribosomal subunit protein mS29 / Rhodanese domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zgadzay, Y. / Aibara, S. / Gahura, O. / Amunts, A.
資金援助European Union, スウェーデン, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Mettl15-Mettl17 modulates the transition from early to late pre-mitoribosome.
著者: Yury Zgadzay / Claudio Mirabello / George Wanes / Tomáš Pánek / Prashant Chauhan / Björn Nystedt / Alena Zíková / Paul C Whitford / Ondřej Gahura / Alexey Amunts /
要旨: The assembly of the mitoribosomal small subunit involves folding and modification of rRNA, and its association with mitoribosomal proteins. This process is assisted by a dynamic network of assembly ...The assembly of the mitoribosomal small subunit involves folding and modification of rRNA, and its association with mitoribosomal proteins. This process is assisted by a dynamic network of assembly factors. Conserved methyltransferases Mettl15 and Mettl17 act on the solvent-exposed surface of rRNA. Binding of Mettl17 is associated with the early assembly stage, whereas Mettl15 is involved in the late stage, but the mechanism of transition between the two was unclear. Here, we integrate structural data from with mammalian homologs and molecular dynamics simulations. We reveal how the interplay of Mettl15 and Mettl17 in intermediate steps links the distinct stages of small subunit assembly. The analysis suggests a model wherein Mettl17 acts as a platform for Mettl15 recruitment. Subsequent release of Mettl17 allows a conformational change of Mettl15 for substrate recognition. Upon methylation, Mettl15 adopts a loosely bound state which ultimately leads to its replacement by initiation factors, concluding the assembly. Together, our results indicate that assembly factors Mettl15 and Mettl17 cooperate to regulate the biogenesis process, and present a structural data resource for understanding molecular adaptations of assembly factors in mitoribosome.
履歴
登録2024年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
CA: 9S RNA
CC: uS3m
CE: Small ribosomal subunit protein uS5 C-terminal domain-containing protein
CF: bS6m
CH: 30S ribosomal protein S8
CI: Ribosomal protein S9/S16
CJ: LysM domain-containing protein
CK: uS11m
CN: uS14m
CO: Mitochondrial ribosomal protein S15
CP: bS16m
CQ: uS17m
CR: Mitochondrial ribosomal protein S18
CS: uS19m
Ca: Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal
Cb: mS23
Cd: mS26
Cg: Mitochondrial SSU ribosomal protein 29
Ci: mS33
Cj: mS34
Ck: mS35
Cn: mS38
Cp: Protein FYV4, mitochondrial
DB: mS49
DC: mS50
DD: mS51
DE: Mitochondrial SSU ribosomal protein
DF: mS53
DG: mS54
DH: mS55
DI: mS56
DJ: mS57
DK: mS58
DL: mS59
DO: mS62
DP: mS63
DR: mS65
DT: Rhodanese domain-containing protein
DU: Ubiquitin-like domain-containing protein
DV: mS69
DW: mS70
DX: mS71
DY: mS72
DZ: mS73
F1: Mitochondrial small ribosomal subunit Rsm22
F2: Pentacotripeptide-repeat region of PRORP domain-containing protein
F3: mt-SAF3
F4: Methyltranfer_dom domain-containing protein
F5: Kinteoplast poly(A) polymerase complex 1 subunit
F6: DUF4460 domain-containing protein
F7: mt-SAF7 (KRIPP10)
F8: Cupin type-1 domain-containing protein
F9: Trichohyalin
FA: mt-SAF10
FB: tRNA pseudouridine synthase A-like protein
FC: tRNA pseudouridine synthase A-like protein
FD: PPR_long domain-containing protein
FE: mt-SAF13
FF: S-adenosyl-methyltransferase mraW-like protein
FG: mt-SAF15
FH: mt-SAF16 (P32)
FI: mt-SAF17
FJ: mt-SAF18 (RbfA)
FK: Mitochondrial glycoprotein
FL: Metallo-beta-lactamase domain-containing protein
FM: mt-SAF21
FN: mt-SAF21
FO: mt-SAF22
FP: ADP-ribosylglycohydrolase
FQ: Potassium voltage-gated channel, putative
FR: Potassium voltage-gated channel, putative
FS: Potassium voltage-gated channel, putative
FT: Potassium voltage-gated channel, putative
FU: Potassium voltage-gated channel, putative
FV: mt-SAF25
FW: Low molecular weight protein tyrosine phosphatase
FX: PPR_long domain-containing protein
FY: mt-SAF28
FZ: mt-SAF29
Fa: mt-SAF30
Fb: Complex 1 protein (LYR family)
Fc: Acyl carrier protein
Fd: Probable Zinc-ribbon domain-containing protein
Fe: mt-SAF34
Fi: mt-SAF38
UA: UNK-A
UB: UNK-B
UC: UNK-C
UF: UNK-F
UG: UNK-G,J
UI: UNK-I
UJ: UNK-G,J
UK: UNK-K
UL: UNK-L
UM: UNK-M,Q
UN: UNK-N
UO: UNK-O
UP: UNK-P
UQ: UNK-M,Q
UY: UNK-Y
Ud: UNK-d
Ug: UNK-g
Uh: UNK-h
Uk: UNK-k
Ul: UNK-l
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,346,236116
ポリマ－4,343,374105
非ポリマー2,86211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 CA

#1: RNA鎖 9S RNA


分子量: 198135.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: GenBank: X02547.1

+
タンパク質 , 74種, 80分子 CCCECFCHCICJCKCNCPCQCSCaCbCdCiCjCkCnCpDBDCDDDFDGDHDIDJDKDLDO...

#2: タンパク質 uS3m


分子量: 9070.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#3: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 C-terminal domain-containing protein


分子量: 50119.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q38AX6
#4: タンパク質 bS6m


分子量: 18861.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q38BW5
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 32766.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KZN8
#6: タンパク質 Ribosomal protein S9/S16


分子量: 50229.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L332
#7: タンパク質 LysM domain-containing protein


分子量: 94389.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q57Z45
#8: タンパク質 uS11m


分子量: 37953.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q389T7
#9: タンパク質 uS14m


分子量: 18956.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L312
#11: タンパク質 bS16m


分子量: 22077.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q384N9
#12: タンパク質 uS17m


分子量: 39012.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#14: タンパク質 uS19m


分子量: 28364.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#15: タンパク質 Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal


分子量: 73064.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q38DR3
#16: タンパク質 mS23


分子量: 35358.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L708
#17: タンパク質 mS26


分子量: 51136.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L151
#19: タンパク質 mS33


分子量: 21244.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LBN2
#20: タンパク質 mS34


分子量: 28728.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LCQ0
#21: タンパク質 mS35


分子量: 98361.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q387C7
#22: タンパク質 mS38


分子量: 28240.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L7V5
#23: タンパク質 Protein FYV4, mitochondrial


分子量: 22421.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L0Z8
#24: タンパク質 mS49


分子量: 137108.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q586P5
#25: タンパク質 mS50


分子量: 131751.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q57YB5
#26: タンパク質 mS51


分子量: 95099.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q385L8
#28: タンパク質 mS53


分子量: 75251.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q38ET1
#29: タンパク質 mS54


分子量: 72046.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L8G2
#30: タンパク質 mS55


分子量: 66756.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q580V1
#31: タンパク質 mS56


分子量: 47248.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q587C2
#32: タンパク質 mS57


分子量: 45956.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q584U8
#33: タンパク質 mS58


分子量: 35663.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q38BP1
#34: タンパク質 mS59


分子量: 35395.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KXC4
#35: タンパク質 mS62


分子量: 32068.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KX59
#36: タンパク質 mS63


分子量: 31922.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: C9ZXR0
#37: タンパク質 mS65


分子量: 30680.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q57UA2
#38: タンパク質 Rhodanese domain-containing protein


分子量: 30096.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q586G5
#39: タンパク質 Ubiquitin-like domain-containing protein


分子量: 26458.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q582T9
#40: タンパク質 mS69


分子量: 21619.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L4I3
#41: タンパク質 mS70


分子量: 21277.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q383N9
#42: タンパク質 mS71


分子量: 20093.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KVH3
#43: タンパク質 mS72


分子量: 19317.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L8T2
#44: タンパク質 mS73


分子量: 11360.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L904
#46: タンパク質 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP domain-containing protein


分子量: 116103.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4GYS4
#47: タンパク質 mt-SAF3


分子量: 106621.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q38E61
#48: タンパク質 Methyltranfer_dom domain-containing protein


分子量: 91520.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q38BY6
#49: タンパク質 Kinteoplast poly(A) polymerase complex 1 subunit


分子量: 86901.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q381K1
#50: タンパク質 DUF4460 domain-containing protein


分子量: 76781.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L7Z3
#51: タンパク質 mt-SAF7 (KRIPP10)


分子量: 76635.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q57UW6
#52: タンパク質 Cupin type-1 domain-containing protein


分子量: 76474.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q57W22
#53: タンパク質 Trichohyalin


分子量: 69816.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q57YC0
#54: タンパク質 mt-SAF10


分子量: 69311.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q386U1
#55: タンパク質 tRNA pseudouridine synthase A-like protein


分子量: 65949.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A1G4II72
#57: タンパク質 mt-SAF13


分子量: 63690.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: D0A7Q0
#58: タンパク質 S-adenosyl-methyltransferase mraW-like protein


分子量: 53320.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L433
#59: タンパク質 mt-SAF15


分子量: 53273.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KUN2
#60: タンパク質 mt-SAF16 (P32)


分子量: 50911.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: D0A6K1
#61: タンパク質 mt-SAF17


分子量: 50147.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KSV0
#62: タンパク質 mt-SAF18 (RbfA)


分子量: 42538.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q383L9
#64: タンパク質 Metallo-beta-lactamase domain-containing protein


分子量: 40369.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q57XC4
#65: タンパク質 mt-SAF21


分子量: 39610.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: C9ZJW2
#66: タンパク質 mt-SAF22


分子量: 39132.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q389F9
#67: タンパク質 ADP-ribosylglycohydrolase


分子量: 38307.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q382Z4
#68: タンパク質
Potassium voltage-gated channel, putative


分子量: 34648.047 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q387P8
#69: タンパク質 mt-SAF25


分子量: 29470.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q38C60
#70: タンパク質 Low molecular weight protein tyrosine phosphatase


分子量: 30538.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L1H2
#72: タンパク質 mt-SAF28


分子量: 21581.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q584U9
#73: タンパク質 mt-SAF29


分子量: 20048.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KWY8
#74: タンパク質 mt-SAF30


分子量: 19687.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q57VU7
#75: タンパク質 Complex 1 protein (LYR family)


分子量: 17673.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LFP2
#76: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 16550.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q57WW9
#77: タンパク質 Probable Zinc-ribbon domain-containing protein


分子量: 16291.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L9W2
#78: タンパク質 mt-SAF34


分子量: 14862.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6KU34
#79: タンパク質 mt-SAF38


分子量: 69573.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q57ZP1
#92: タンパク質 UNK-Y


分子量: 7251.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#93: タンパク質 UNK-d


分子量: 5039.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#94: タンパク質 UNK-g


分子量: 14230.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#95: タンパク質 UNK-h


分子量: 22400.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

-
Mitochondrial ... , 6種, 6分子 COCRCgDEF1FK

#10: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S15


分子量: 50401.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6LDF7
#13: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S18


分子量: 36988.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A3L6L122
#18: タンパク質 Mitochondrial SSU ribosomal protein 29


分子量: 56334.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q585C2
#27: タンパク質 Mitochondrial SSU ribosomal protein


分子量: 84998.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q386Q7
#45: タンパク質 Mitochondrial small ribosomal subunit Rsm22


分子量: 119799.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: D0A703
#63: タンパク質 Mitochondrial glycoprotein


分子量: 41236.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q57XS8

-
PPR long domain-containing ... , 2種, 2分子 FDFX

#56: タンパク質 PPR_long domain-containing protein


分子量: 65049.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q583U2
#71: タンパク質 PPR_long domain-containing protein


分子量: 26936.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q57YK5

-
タンパク質・ペプチド , 14種, 16分子 UAUBUCUFUGUJUIUKULUMUQUNUOUPUkUl

#80: タンパク質・ペプチド UNK-A


分子量: 2315.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#81: タンパク質・ペプチド UNK-B


分子量: 528.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#82: タンパク質・ペプチド UNK-C


分子量: 869.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#83: タンパク質・ペプチド UNK-F


分子量: 954.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#84: タンパク質・ペプチド UNK-G,J


分子量: 1379.692 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#85: タンパク質・ペプチド UNK-I


分子量: 698.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#86: タンパク質・ペプチド UNK-K


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#87: タンパク質・ペプチド UNK-L


分子量: 1890.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#88: タンパク質・ペプチド UNK-M,Q


分子量: 783.958 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#89: タンパク質・ペプチド UNK-N


分子量: 613.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#90: タンパク質・ペプチド UNK-O


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#91: タンパク質・ペプチド UNK-P


分子量: 3847.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#96: タンパク質・ペプチド UNK-k


分子量: 2656.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#97: タンパク質・ペプチド UNK-l


分子量: 1209.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

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非ポリマー , 7種, 11分子

#98: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#99: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#100: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#101: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#102: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#103: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#104: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mitoribosomal small subunit in complex with Mettl15 and Mettl17
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#97 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19rc4_4035: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104838 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003239492
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.531326708
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.26637026
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03735869
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00440718

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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