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- PDB-9hne: Cereblon in complex with DDB1, GSPT1 and Compound-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hne
タイトルCereblon in complex with DDB1, GSPT1 and Compound-1
要素
  • DNA damage-binding protein 1
  • Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A
  • Protein cereblon
キーワードONCOPROTEIN / CRBN / GSPT1 / TPD / Molecular glue
機能・相同性
機能・相同性情報


translation release factor complex / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / regulation of translational termination / protein methylation / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / translation release factor activity / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / UV-damage excision repair / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay ...translation release factor complex / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / regulation of translational termination / protein methylation / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / translation release factor activity / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / UV-damage excision repair / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / locomotory exploration behavior / cullin family protein binding / viral release from host cell / Eukaryotic Translation Termination / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / positive regulation of Wnt signaling pathway / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of viral genome replication / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / proteasomal protein catabolic process / translational termination / positive regulation of gluconeogenesis / cytosolic ribosome / nucleotide-excision repair / positive regulation of protein-containing complex assembly / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / G1/S transition of mitotic cell cycle / DNA Damage Recognition in GG-NER / regulation of circadian rhythm / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Formation of Incision Complex in GG-NER / Wnt signaling pathway / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / site of double-strand break / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Potential therapeutics for SARS / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / damaged DNA binding / transmembrane transporter binding / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / translation / DNA repair / GTPase activity / apoptotic process / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / GTP binding / protein-containing complex binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / : / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily ...: / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / : / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / PUA-like superfamily / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A / DNA damage-binding protein 1 / Protein cereblon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Klejnot, M. / Walczak, M.J.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Other private ポーランド
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2025
タイトル: Targeted degradation of GSPT1 and NEK7 by a molecular glue prodrug for treatment of HCC.
著者: Glaza, P. / Pluta, R. / Odrzywol, K.E. / Klejnot, M. / Wieczorek, M. / Cottens, S. / Coppen, D. / Dobrzanski, P. / Drmota, T. / Lis-Grzesniak, J. / Sniezewska, A. / Majkut, J. / Mianowska, M. ...著者: Glaza, P. / Pluta, R. / Odrzywol, K.E. / Klejnot, M. / Wieczorek, M. / Cottens, S. / Coppen, D. / Dobrzanski, P. / Drmota, T. / Lis-Grzesniak, J. / Sniezewska, A. / Majkut, J. / Mianowska, M. / Rozborska, P. / Jarmuszkiewicz, M. / Kaczanowska, K. / Adamska, A. / Takagi, T. / Sawicka, A. / Serwotka-Suszczak, A. / Makowska, O. / Gajewska, D. / Jurczak, K. / Leszkowicz, K. / Mankiewicz, M. / Przytulski, K. / Wisniewski, J. / Szlachcic, A. / Walczak, M.J.
履歴
登録2024年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A
B: DNA damage-binding protein 1
C: Protein cereblon
D: Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A
E: DNA damage-binding protein 1
F: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)391,45810
ポリマ－390,7156
非ポリマー7434
水00
1
A: Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A
B: DNA damage-binding protein 1
C: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,7295
ポリマ－195,3573
非ポリマー3722
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A
E: DNA damage-binding protein 1
F: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,7295
ポリマ－195,3573
非ポリマー3722
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)158.340, 112.380, 177.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.25, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A / Eukaryotic peptide chain release factor subunit 3a / eRF3a / G1 to S phase transition protein 1 homolog


分子量: 21851.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSPT1, ERF3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P15170, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 127097.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q16531
#3: タンパク質 Protein cereblon


分子量: 46408.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN, AD-006 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q96SW2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-A1IWG / 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-6-fluoranyl-1-oxidanylidene-3~{H}-isoindole-5-carboxylic acid


分子量: 306.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11FN2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.52 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium citrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03321 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→49.49 Å / Num. obs: 55075 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4.44 % / CC1/2: 0.978 / Net I/σ(I): 5.06
反射 シェル解像度: 3.9→4.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 8852 / CC1/2: 0.483 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.9→49.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.869 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.796 / SU B: 82.281 / SU ML: 1.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.941 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33557 2100 3.8 %RANDOM
Rwork0.25949 ---
obs0.26245 52973 96.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 134.396 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.97 Å2-0 Å22.29 Å2
2---6.65 Å2-0 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.9→49.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25975 0 46 0 26021
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01226498
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01625551
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3261.82935857
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4711.75758917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.41253250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.3855.408147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.078104751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.24131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0230603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025829
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10.36713.05713126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other10.36713.05713126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it17.48123.41716334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other17.4823.41716335
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.82813.98113372
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.82713.9813373
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other15.84225.42419524
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined24.873122.6528392
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other24.873122.6528393
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.901→4.002 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 153 -
Rwork0.374 3874 -
obs--97.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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