PDB-9hn8: Apo Structure of Truncated 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hn8

タイトル

Apo Structure of Truncated 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (DXPS) from Mycobacterium tuberculosis

要素

1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / apo / thiamine-dependent enzyme / synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / : / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase activity / thiamine binding / thiamine biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / manganese ion binding / positive regulation of gene expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Gawriljuk, V.O. / Groves, M.R.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2025
タイトル: Apo structure of Mycobacterium tuberculosis 1-deoxy-d-xylulose 5-phosphate synthase DXPS: Dynamics and implications for inhibitor design.
著者: Gawriljuk, V.O. / Alhayek, A. / Hirsch, A.K.H. / Groves, M.R.

履歴

登録	2024年12月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hn8.cif.gz	420.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hn8.ent.gz	305.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hn8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hn8_validation.pdf.gz	454 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hn8_full_validation.pdf.gz	488 KB	表示
XML形式データ	9hn8_validation.xml.gz	40.3 KB	表示
CIF形式データ	9hn8_validation.cif.gz	52.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/9hn8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/9hn8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

B: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.180, 126.772, 80.553
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.700, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate synthase / DXP synthase / DXPS 分子量: 63623.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: dxs, Rv2682c, MTCY05A6.03c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P9WNS3, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 0.1 M MES-Imidazole pH 6.3, 10% PEG 8000 , 20% Ethylene-glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→48.87 Å / Num. obs: 36816 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 61.91 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.111 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.65→2.77 Å / Num. unique obs: 4444 / CC_1/2: 0.509

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→48.87 Å / SU ML: 0.3973 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.9912
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2733	1765	4.85 %
R_work	0.2474	34629	-
obs	0.2486	36394	97.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→48.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7163	0	0	20	7183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0095	7311
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3018	9929
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0719	1160
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0106	1302
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.5505	2623

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.72	0.3834	138	0.3719	2605	X-RAY DIFFRACTION	96.18
2.72-2.8	0.3481	146	0.3508	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.8-2.89	0.3356	138	0.3055	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.89-3	0.3102	135	0.3043	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.55
3-3.12	0.3576	135	0.2893	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.12-3.26	0.3399	121	0.303	2737	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.26-3.43	0.3148	153	0.2838	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.43-3.64	0.2873	130	0.265	2591	X-RAY DIFFRACTION	94.64
3.64-3.92	0.2984	133	0.2928	2352	X-RAY DIFFRACTION	86.59
3.93-4.32	0.2408	143	0.2304	2661	X-RAY DIFFRACTION	98.14
4.32-4.94	0.2436	137	0.1927	2697	X-RAY DIFFRACTION	97.93
4.94-6.23	0.2967	127	0.2334	2665	X-RAY DIFFRACTION	95.98
6.23-48.87	0.1945	129	0.1918	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.45

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.18455127836	2.40592738804	-0.229728088034	5.86065522015	0.818274532325	2.95553757705	-0.0444493190722	-0.113970593901	0.0717620091472	-0.364246729639	0.0811569247952	0.209730924171	-0.524262538333	-0.215490713	0.0354895787724	0.499649583757	0.043540397388	0.0106130261357	0.435017535015	0.00299672552602	0.383324748658	43.4267964396	5.07813612432	23.8074551189
2	6.97390615012	0.295027529979	0.536233607951	7.29046428756	1.60795882435	6.65766515929	0.409811793756	0.144779583137	0.0289180261555	0.0540384279986	0.0809475748552	-0.255228086654	-0.171849863754	-0.318780990072	-0.360735688052	0.345857131822	0.0499755333817	-0.0453114022394	0.306995675959	0.00457209452157	0.36690816226	34.7241029371	-12.0616282398	20.7990604245
3	2.03505676008	0.676507383603	2.36651174444	0.578405859712	1.30923251892	4.59977201615	0.358282662167	-0.549366142217	0.022236769449	0.271849491601	-0.117174567897	-0.0484042720262	0.224716664287	-0.788305213381	-0.219642395852	0.502505183707	-0.0544448875179	0.0449838265972	0.718328081099	-0.0364866975484	0.452445203275	30.5938025935	-7.45344671864	32.5493399986
4	0.678152105232	0.455414285354	-1.40094368794	2.13415110147	-1.71657902391	4.98414029954	0.310057140874	-0.128253296852	0.0756110439368	0.214999545605	-0.192585777993	0.129557973743	-0.998678542563	0.238223816891	-0.103655998981	0.519982402842	-0.0211701892752	0.00812110932427	0.495912367441	0.0177262792149	0.455877657153	10.7174509534	-0.544960376166	-6.3618718196
5	3.08602036627	1.79094437553	-1.20707625328	5.23930175224	-1.31042014979	3.99100933095	-0.10712518252	0.215452912303	-0.667559578041	-0.589149142986	0.325673971186	0.126032362413	1.03296215488	-0.248091508738	-0.203232393675	0.672890416086	-0.00967721726081	-0.115757232224	0.58060316274	0.02490548942	0.62177066111	-8.55919007001	-30.0219148375	25.5404461958
6	1.62021118809	0.817208690607	-1.74902968588	0.71794280347	-0.130182386038	4.75340990105	0.52536556615	-0.381755513882	0.179824381999	0.191132357585	-0.263825490354	0.0581376756856	-0.467048194487	0.654529061628	-0.273543908746	0.429970754572	-0.0113982231571	0.0320447473066	0.574469299024	-0.00807563293488	0.398444751466	1.88143752476	-15.488863393	29.5863504828
7	0.865620263437	0.686173841102	1.37724644946	2.41661392661	1.63604651911	3.88514141594	0.300679955965	-0.219043237912	-0.11503688605	0.335891986822	-0.140657850224	-0.117728323308	0.606897422314	-0.281274261649	-0.158104326653	0.355328957577	-0.0575425404183	-0.01855861551	0.416881274564	0.0704723946772	0.467379955795	23.261879961	-27.814507819	-4.57539951725

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 80 )	A	A	0 - 80	1 - 76
2	2	chain 'A' and (resid 81 through 149 )	A	A	81 - 149	77 - 120
3	3	chain 'A' and (resid 150 through 315 )	A	A	150 - 315	121 - 188
4	4	chain 'A' and (resid 316 through 627 )	A	A	316 - 627	189 - 484
5	5	chain 'B' and (resid 0 through 116 )	B	B	0 - 116	1 - 75
6	6	chain 'B' and (resid 117 through 315 )	B	B	117 - 315	76 - 178
7	7	chain 'B' and (resid 316 through 627 )	B	B	316 - 627	179 - 470

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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