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万見
- PDB-9hn7: Mouse QTRT1/2 in complex with mouse tRNA-Tyr -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hn7
タイトルMouse QTRT1/2 in complex with mouse tRNA-Tyr
要素
  • Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2
  • Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
  • mouse tRNA-Tyr
キーワードRNA BINDING PROTEIN / queuosine / tRNA / QTRT1/2 / tRNA modification
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / tRNA-guanine transglycosylase complex / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / : / tRNA binding / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion ...tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / tRNA-guanine transglycosylase complex / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / : / tRNA binding / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit QTRTD1 / : / tRNA-guanine transglycosylase / tRNA-guanine(15) transglycosylase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
9-DEAZAGUANINE / RNA / RNA (> 10) / Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2 / Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kaczmarczyk, I. / Koziej, L. / Glatt, S.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)101001394European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Queuosine is incorporated into precursor tRNA before splicing.
著者: Wei Guo / Igor Kaczmarczyk / Kevin Kopietz / Florian Flegler / Stefano Russo / Ege Cigirgan / Andrzej Chramiec-Głąbik / Łukasz Koziej / Cansu Cirzi / Jirka Peschek / Klaus Reuter / Mark ...著者: Wei Guo / Igor Kaczmarczyk / Kevin Kopietz / Florian Flegler / Stefano Russo / Ege Cigirgan / Andrzej Chramiec-Głąbik / Łukasz Koziej / Cansu Cirzi / Jirka Peschek / Klaus Reuter / Mark Helm / Sebastian Glatt / Francesca Tuorto /
要旨: Each newly transcribed tRNA molecule must undergo processing and receive modifications to become functional. Queuosine (Q) is a tRNA modification present at position 34 of four tRNAs with "GUN" ...Each newly transcribed tRNA molecule must undergo processing and receive modifications to become functional. Queuosine (Q) is a tRNA modification present at position 34 of four tRNAs with "GUN" anticodons. Among these, the precursor of tRNA carries an intronic sequence within the anticodon loop that is removed by an essential non-canonical splicing event. The functional and temporal coupling between tRNA-splicing and Q-incorporation remains elusive. Here, we demonstrate in vitro and in vivo that intron-containing precursors of tRNA are modified with Q or with the Q-derivative galactosyl-queuosine (galQ) before being spliced. We show that this order of events is conserved in mouse, human, flies and worms. Using single particle cryo-EM, we confirm that pre-tRNA is a bona fide substrate of the QTRT1/2 complex, which catalyzes the incorporation of Q into the tRNA. Our results elucidate the hierarchical interplay that coordinates Q-incorporation and splicing in eukaryotic tRNAs, providing a relevant but unappreciated aspect of the cellular tRNA maturation process.
履歴
登録2024年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
B: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2
C: mouse tRNA-Tyr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,1484
ポリマ－114,9983
非ポリマー1501
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1 / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase


分子量: 43428.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Qtrt1, Tgt, Tgut / 発現宿主: Vibrio natriegens (バクテリア)
参照: UniProt: Q9JMA2, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: タンパク質 Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2 / Queuine tRNA-ribosyltransferase domain-containing protein 1


分子量: 46367.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Qtrt2, Qtrtd1 / 発現宿主: Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: B8ZXI1
#3: RNA鎖 mouse tRNA-Tyr


分子量: 25201.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-9DG / 9-DEAZAGUANINE / 9-デアザグアニン


分子量: 150.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mouse QTRT1/2 in complex with mouse tRNA-Tyr / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.12 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Vibrio natriegens (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMmagnesium chlorideMgCl21
42 mMdithiothreitolDTT1
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.82 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7112
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.5.3粒子像選択
2EPU2.10.0.1941REL画像取得
4cryoSPARC4.5.3CTF補正
7ISOLDE1.7.1モデルフィッティング
8UCSF ChimeraX1.7.1モデルフィッティング
10cryoSPARC4.5.3初期オイラー角割当Ab-initio
11RELION5.0-beta最終オイラー角割当3D auto-refine
12RELION5.0-beta分類3D classification
13RELION5.0-beta３次元再構成3D auto-refine
14PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1842615 / 詳細: Template picking
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 283575 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: Isolde
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-IDChain residue range詳細Initial refinement model-IDPdb chain residue rangeSource nameタイプ
17OV9

7ov9

A7OV9A2-414QTRT212-414PDBexperimental model
27OV9

7ov9

C7OV9C12-402QTRT1112-402PDBexperimental model
3mouse tRNA-TyrAlphaFoldin silico model
精密化最高解像度: 2.9 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0027273
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.49210223
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.3571655
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0331224
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041030

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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