PDB-9hmt: Crystal structure of Arabidopsis thaliana Acyl-ACP Thioesterase (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hmt

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana Acyl-ACP Thioesterase (At-FatA) complexed with methiozolin-fluorine

要素

Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic

キーワード

HYDROLASE / Arabidopsis / Thioesterase / Inhibitor / Herbicide / Methiozolin

機能・相同性

機能・相同性情報

oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / chloroplast / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Montgomery, M.G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Arabidopsis thaliana Acyl-ACP Thioesterase (At-FatA) complexed with methiozolin-fluorine
著者: Montgomery, M.G.

履歴

登録	2024年12月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hmt.cif.gz	78.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hmt.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hmt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/9hmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/9hmt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

AaA: Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic

ヘテロ分子

34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AaA: Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic

ヘテロ分子

AaA: Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.330, 97.330, 124.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AaA-403- SO4
2	1	AaA-661- HOH

#1: タンパク質	Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic / 18:0-acyl-carrier protein thioesterase / 18:0-ACP thioesterase / Acyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase 分子量: 33615.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: FATA, FATA1, At3g25110, MJL12.5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q42561, oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-A1IWF / (5~{S})-5-[[2,6-bis(fluoranyl)phenyl]methoxymethyl]-3-(2-fluorophenyl)-5-methyl-4~{H}-1,2-oxazole 分子量: 335.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₆F₃NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium acetate pH4.6, 1.5M ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→76.78 Å / Num. obs: 61206 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.2 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.38→1.42 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4250 / CC_1/2: 0.5 / R_rim(I) all: 1.13 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.38→76.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 1.035 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.056 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1935	3083	5.037 %
R_work	0.1904	58122	-
all	0.191	-	-
obs	-	61205	99.285 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.402 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.236 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.236 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.471 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→76.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2094	0	35	169	2298

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2307
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2124
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.592	1.644	3151
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.509	1.578	4940
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.722	5	289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.687	21.88	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.93	15	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.679	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	498
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	398
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.266	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.093	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.735	2.122	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.736	2.118	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.606	3.178	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.605	3.182	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.729	2.48	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.732	2.482	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.239	3.587	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.243	3.59	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.167	24.905	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.155	24.705	2551

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.38-1.416	0.31	216	0.296	4033	X-RAY DIFFRACTION	93.8383
1.416-1.455	0.29	227	0.267	4046	X-RAY DIFFRACTION	97.357
1.455-1.497	0.245	220	0.237	4052	X-RAY DIFFRACTION	99.534
1.497-1.543	0.277	200	0.224	3915	X-RAY DIFFRACTION	100
1.543-1.593	0.224	201	0.204	3805	X-RAY DIFFRACTION	99.975
1.593-1.649	0.227	197	0.196	3731	X-RAY DIFFRACTION	99.9491
1.649-1.712	0.219	183	0.199	3554	X-RAY DIFFRACTION	99.8931
1.712-1.781	0.193	177	0.191	3455	X-RAY DIFFRACTION	100
1.781-1.861	0.219	182	0.189	3317	X-RAY DIFFRACTION	100
1.861-1.951	0.213	180	0.181	3137	X-RAY DIFFRACTION	99.9096
1.951-2.057	0.195	141	0.189	3041	X-RAY DIFFRACTION	99.9686
2.057-2.181	0.183	163	0.179	2842	X-RAY DIFFRACTION	99.9667
2.181-2.332	0.192	151	0.173	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.332-2.519	0.192	124	0.184	2524	X-RAY DIFFRACTION	99.9622
2.519-2.759	0.193	125	0.19	2319	X-RAY DIFFRACTION	99.9182
2.759-3.084	0.197	117	0.198	2117	X-RAY DIFFRACTION	99.9553
3.084-3.56	0.193	93	0.19	1882	X-RAY DIFFRACTION	99.8988
3.56-4.358	0.152	96	0.165	1595	X-RAY DIFFRACTION	99.9409
4.358-6.153	0.149	57	0.176	1290	X-RAY DIFFRACTION	99.9258
6.153-76.78	0.213	33	0.229	765	X-RAY DIFFRACTION	99.2537

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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