PDB-9hly: Crystal structure of Arabidopsis thaliana Acyl-ACP Thioesterase (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hly

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana Acyl-ACP Thioesterase (At-FatA) complexed with N-(3-chlorophenyl)-2-[4-(2-fluorophenyl)-3-methoxy-5-oxo-2H-pyrrol-1-yl]-2-methyl-propanamide

要素

Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic

キーワード

HYDROLASE / Arabidopsis / Thioesterase / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / chloroplast / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Montgomery, M.G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Arabidopsis thaliana Acyl-ACP Thioesterase (At-FatA) complexed with N-(3-chlorophenyl)-2-[4-(2-fluorophenyl)-3-methoxy-5-oxo-2H-pyrrol-1-yl]-2-methyl-propanamide
著者: Montgomery, M.G.

履歴

登録	2024年12月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hly.cif.gz	120.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hly.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hly.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/9hly ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/9hly	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

AaA: Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic

BaB: Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic

ヘテロ分子

68.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.670, 98.040, 127.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic / 18:0-acyl-carrier protein thioesterase / 18:0-ACP thioesterase / Acyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase 分子量: 33615.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: FATA, FATA1, At3g25110, MJL12.5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q42561, oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-A1IV8 / ~{N}-(3-chlorophenyl)-2-[4-(2-fluorophenyl)-3-methoxy-5-oxidanylidene-2~{H}-pyrrol-1-yl]-2-methyl-propanamide 分子量: 402.847 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₀ClFN₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium acetate pH4.6, 1.7M ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.8984 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→48.83 Å / Num. obs: 44063 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.96→2.01 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3209 / CC_1/2: 0.7 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.96→48.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.173 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2722	2149	4.877 %
R_work	0.2221	41912	-
all	0.225	-	-
obs	-	44061	99.862 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.951 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.539 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.369 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→48.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4177	0	66	29	4272

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	4324
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	3951
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.527	1.652	5870
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.331	1.58	9144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.244	5	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.734	21.789	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.192	15	754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.666	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4798
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	926
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	767
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.218	0.2	3668
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.134	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.224	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.057	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.136	5.338	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.135	5.336	2069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.773	7.99	2577
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.772	7.993	2578
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.759	5.961	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.736	5.958	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.088	8.712	3293
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.075	8.706	3282
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.048	60.968	4625
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.034	60.976	4624

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-2.011	0.467	178	0.426	3027	X-RAY DIFFRACTION	99.658
2.011-2.066	0.357	161	0.399	2966	X-RAY DIFFRACTION	99.8404
2.066-2.126	0.454	123	0.372	2923	X-RAY DIFFRACTION	99.6076
2.126-2.191	0.372	143	0.329	2815	X-RAY DIFFRACTION	99.8313
2.191-2.263	0.355	124	0.315	2755	X-RAY DIFFRACTION	99.8266
2.263-2.342	0.317	142	0.302	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.342-2.43	0.357	134	0.283	2572	X-RAY DIFFRACTION	99.9261
2.43-2.529	0.338	169	0.273	2415	X-RAY DIFFRACTION	99.9227
2.529-2.641	0.265	121	0.241	2371	X-RAY DIFFRACTION	100
2.641-2.77	0.268	100	0.225	2300	X-RAY DIFFRACTION	99.9584
2.77-2.919	0.303	91	0.222	2169	X-RAY DIFFRACTION	99.9116
2.919-3.095	0.28	89	0.221	2064	X-RAY DIFFRACTION	100
3.095-3.308	0.296	89	0.215	1926	X-RAY DIFFRACTION	99.9504
3.308-3.572	0.272	96	0.207	1830	X-RAY DIFFRACTION	100
3.572-3.911	0.256	78	0.201	1688	X-RAY DIFFRACTION	99.9434
3.911-4.369	0.206	75	0.172	1503	X-RAY DIFFRACTION	99.9367
4.369-5.038	0.194	82	0.166	1337	X-RAY DIFFRACTION	99.7189
5.038-6.154	0.215	76	0.199	1144	X-RAY DIFFRACTION	100
6.154-8.634	0.295	46	0.195	912	X-RAY DIFFRACTION	99.7917
8.634-48.83	0.335	32	0.212	552	X-RAY DIFFRACTION	99.6587

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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