[日本語] English
万見
- PDB-9hll: murine aM I-domain in complex with nanobody aCR3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hll
タイトルmurine aM I-domain in complex with nanobody aCR3
要素
  • Integrin alpha-M
  • aCR3 nanobody
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / integrin receptor / complement / phagocytosis
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mast cell differentiation / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / cellular extravasation / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of neutrophil degranulation / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / neutrophil apoptotic process / Integrin cell surface interactions / opsonin binding ...positive regulation of mast cell differentiation / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / cellular extravasation / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of neutrophil degranulation / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / neutrophil apoptotic process / Integrin cell surface interactions / opsonin binding / Cell surface interactions at the vascular wall / vertebrate eye-specific patterning / leukocyte migration involved in inflammatory response / complement component C3b binding / complement-mediated synapse pruning / activated T cell proliferation / complement receptor mediated signaling pathway / heparan sulfate proteoglycan binding / microglia development / cargo receptor activity / phagocytosis, engulfment / leukocyte cell-cell adhesion / negative regulation of dopamine metabolic process / forebrain development / amyloid-beta clearance / plasma membrane raft / positive regulation of protein targeting to membrane / phagocytosis / positive regulation of superoxide anion generation / heat shock protein binding / neutrophil chemotaxis / Neutrophil degranulation / receptor-mediated endocytosis / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / microglial cell activation / cell-cell adhesion / heparin binding / signaling receptor activity / cell adhesion / external side of plasma membrane / cell surface / : / membrane / metal ion binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : ...: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Fruergaard, M.U. / Andersen, G.R.
資金援助 デンマーク, 3件
組織認可番号国
Other privateLeo LF-OC-22-001076
Other privateAlexion Discovery RN7049 デンマーク
Other governmentFNU 3103-00009B デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: murine aM I-domain in complex with nanobody aCR3
著者: Fruergaard, M.U. / Andersen, G.R.
履歴
登録2024年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-M
B: aCR3 nanobody
C: aCR3 nanobody
D: aCR3 nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9807
ポリマ－65,6924
非ポリマー2883
水1,820101
1
A: Integrin alpha-M
C: aCR3 nanobody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7842
ポリマ－36,7842
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.402, 127.444, 125.855
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "B" and ((resid 2 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "C" and ((resid 2 and (name N or name...
d_3ens_1(chain "D" and ((resid 2 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 2 - 123 / Label seq-ID: 1 - 122

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1BB
d_2CC
d_3DD

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.222815286782, 0.442511044296, -0.868641078727), (-0.648970368051, -0.597577721931, -0.470890993377), (-0.72745502223, 0.668644032298, 0.154027103796)18.0605174113, -38.460724444, -4.01403320353
2given(0.329754009379, 0.79529435423, 0.508693604666), (0.766934009318, -0.539882188903, 0.346899765721), (0.550522041929, 0.275742837142, -0.787966604061)13.2445366715, -58.5694941757, 53.101505385

-
要素

#1: タンパク質 Integrin alpha-M / CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit ...CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit alpha / Leukocyte adhesion receptor MO1


分子量: 22330.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Itgam / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05555
#2: 抗体 aCR3 nanobody


分子量: 14453.850 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→35.04 Å / Num. obs: 33520 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 46.54 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0708 / Net I/σ(I): 20.64
反射 シェル解像度: 2.17→2.23 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.8807 / Num. unique obs: 2314 / CC1/2: 0.969 / CC star: 0.992 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.17→35.04 Å / SU ML: 0.3109 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.0889
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2594 2002 5.99 %
Rwork0.2024 31421 -
obs0.2057 33423 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→35.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4291 0 15 101 4407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114394
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22255936
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062623
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0122777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.20531583
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.72559704419
ens_1d_3BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.26652085454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.17-2.230.32841410.25472154X-RAY DIFFRACTION97.2
2.23-2.290.30431330.26282225X-RAY DIFFRACTION99.2
2.29-2.350.3381380.25782228X-RAY DIFFRACTION99.66
2.36-2.430.35621480.25642206X-RAY DIFFRACTION99.37
2.43-2.520.34671410.2772230X-RAY DIFFRACTION99.66
2.52-2.620.29791470.25892208X-RAY DIFFRACTION99.83
2.62-2.740.3121280.23382248X-RAY DIFFRACTION99.87
2.74-2.880.25531550.22212232X-RAY DIFFRACTION99.87
2.88-3.060.28631420.23652238X-RAY DIFFRACTION99.96
3.06-3.30.26271440.21872237X-RAY DIFFRACTION99.92
3.3-3.630.27031450.18942250X-RAY DIFFRACTION99.87
3.63-4.160.22451410.18042304X-RAY DIFFRACTION100
4.16-5.230.19891420.15612285X-RAY DIFFRACTION100
5.23-35.040.26491570.19712376X-RAY DIFFRACTION99.61
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.18566191422-0.405628200952-0.03538696534615.43402823763-0.9218344172383.63235401380.128276926744-0.147215621357-0.0460773141212-0.031923255299-0.2797206383890.5000552276060.05190552414990.003104283262190.1411214850630.223169664086-0.05896005919970.002370967584630.442198373313-0.05024695097080.375834020241-19.1446959107-17.3288647305-0.211016035664
22.145535171430.940467434423-0.9777045293952.79774080911-0.7951255619361.12461879364-0.8319070017840.382247283368-0.298247460117-0.8357103639260.347680953742-0.2963493277381.337254206430.08699036641460.372630550521.28980485165-0.03363848532170.2287323797360.683753533993-0.01500261576160.468192156201-17.6793932911-55.22910462219.96401690882
31.21544414568-0.301380649532-0.02621242882613.811924575110.006638327552093.28318901282-0.02422728038670.1507389082290.179907071581-0.988910676383-0.1352104109360.41481563023-0.700734438313-0.4343701733940.07231181162060.9449564370960.219172773204-0.2393927546150.563720409127-0.05672416902730.422865980311-18.97290128561.31976602924-26.5482602944
43.91513490848-1.075201029120.7762839503731.40364388983-0.3542112128763.16366728357-0.330092970330.2330097314020.311217629457-0.03861146614560.192015493352-0.1049522640.02862309251530.1399502150340.1139822142920.579296510101-0.0799296200157-0.02961341382160.4278139404270.03935780238760.373628657679-32.0034434961-38.549029422319.8631847889
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain AAA148 - 3281 - 181
22chain BBB2 - 1231 - 122
33chain CCC2 - 1231 - 122
44chain DDD2 - 1261 - 125

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る