PDB-9hl7: Protein Kinase CK2 and small molecule ligands

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hl7

タイトル

Protein Kinase CK2 and small molecule ligands

要素

Casein kinase II subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / Protein Kinase CK2 fragment ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Krimm, I. / Gelin, I. / Guichou, J.F.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2025
タイトル: Binding-Site Switch for Protein Kinase CK2 Inhibitors.
著者: Grenier, D. / Gelin, M. / Yang, Y. / Mularoni, A. / Guichou, J.F. / Delcros, J.G. / Krimm, I.

履歴

登録	2024年12月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hl7.cif.gz	299.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hl7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hl7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hl7_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hl7_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9hl7_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	9hl7_validation.cif.gz	41.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/9hl7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/9hl7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hkpC 9hksC 9hl0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (7) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (7)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#54 - 2004年6月
アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Casein kinase II subunit alpha

C: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

88.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.949, 126.949, 124.989
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Casein kinase II subunit alpha / CK II alpha 分子量: 42799.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-A1IVT / 2-(6-chloranyl-1~{H}-indol-3-yl)ethanoic acid 分子量: 209.629 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₈ClNO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 33 % polyethylene glycol methyl ether 5000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 MES pH 6.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→56.77 Å / Num. obs: 141552 / % possible obs: 98.03 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.978 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.28→2.36 Å / R_merge(I) obs: 1.064 / Num. unique obs: 4520 / CC_1/2: 0.316

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19_4092: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.28→56.77 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2647	3583	4.31 %
R_work	0.2164	-	-
obs	0.2185	83059	93.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→56.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5558	0	142	66	5766

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5874
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.999	7960
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.053	774
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	810
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1012

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.28-2.31	0.4073	111	0.3687	2598	X-RAY DIFFRACTION	79
2.31-2.34	0.433	155	0.3648	2875	X-RAY DIFFRACTION	90
2.34-2.38	0.3544	153	0.3562	3167	X-RAY DIFFRACTION	96
2.38-2.41	0.3166	119	0.3387	3198	X-RAY DIFFRACTION	98
2.41-2.45	0.3836	118	0.3459	3227	X-RAY DIFFRACTION	98
2.45-2.49	0.3487	120	0.3549	3241	X-RAY DIFFRACTION	97
2.49-2.53	0.343	143	0.3222	3145	X-RAY DIFFRACTION	97
2.53-2.58	0.3571	153	0.3202	3148	X-RAY DIFFRACTION	97
2.58-2.63	0.3695	174	0.3001	3111	X-RAY DIFFRACTION	96
2.63-2.68	0.3364	124	0.2891	3171	X-RAY DIFFRACTION	96
2.68-2.74	0.3171	126	0.2735	3135	X-RAY DIFFRACTION	96
2.74-2.8	0.3214	153	0.2806	3125	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8-2.87	0.3047	119	0.2668	3036	X-RAY DIFFRACTION	92
2.87-2.95	0.2947	149	0.2757	2788	X-RAY DIFFRACTION	86
2.95-3.04	0.3036	149	0.2731	3049	X-RAY DIFFRACTION	93
3.04-3.13	0.415	81	0.2518	3179	X-RAY DIFFRACTION	96
3.14-3.25	0.3189	163	0.2343	3040	X-RAY DIFFRACTION	93
3.25-3.38	0.2615	177	0.2184	2934	X-RAY DIFFRACTION	91
3.38-3.53	0.2639	131	0.2116	3198	X-RAY DIFFRACTION	97
3.53-3.72	0.2584	143	0.2006	3150	X-RAY DIFFRACTION	97
3.72-3.95	0.226	94	0.1826	3208	X-RAY DIFFRACTION	96
3.95-4.25	0.2675	195	0.1711	3073	X-RAY DIFFRACTION	95
4.25-4.68	0.223	145	0.166	3059	X-RAY DIFFRACTION	94
4.68-5.36	0.212	151	0.173	2806	X-RAY DIFFRACTION	86
5.36-6.75	0.2304	97	0.1978	2954	X-RAY DIFFRACTION	89
6.75-56.77	0.2066	140	0.1875	2861	X-RAY DIFFRACTION	87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4124	-1.6544	2.0903	1.419	-0.2167	4.9094	0.2257	0.4832	-0.135	-0.3187	-0.1105	0.0351	0.2499	0.4465	-0.1351	0.4661	-0.0414	-0.0068	0.3783	0.0076	0.4735	-1.5567	-46.9494	8.574
2	5.6275	-0.2486	4.5782	5.1023	2.2481	9.4213	-0.14	-1.1825	-0.267	0.2453	-0.2807	0.0644	-0.0149	-0.1378	0.3944	0.5189	0.0324	-0.0109	0.7847	0.1295	0.5806	9.8409	-51.223	23.1911
3	5.5876	0.1408	0.0997	6.2363	1.7214	4.7552	-0.1927	-0.6512	-0.0947	0.4465	0.2037	-0.2554	-0.0815	0.4209	-0.0103	0.3786	0.0896	-0.0459	0.4874	0.056	0.3705	4.752	-45.7441	19.7339
4	3.1193	-0.095	-0.832	2.3282	0.8434	2.8003	-0.1947	-0.3939	-0.0829	0.4406	0.1617	0.0919	0.1655	0.0843	0.0196	0.5589	0.1195	-0.0119	0.5098	0.0393	0.522	-15.4299	-38.8992	25.0785
5	1.1395	1.1848	-0.2485	5.2239	-2.2334	3.4764	0.065	0.1546	-0.1009	-0.1819	0.0279	0.2956	0.2779	-0.1633	-0.09	0.5869	0.0235	-0.0342	0.6023	-0.0821	0.5643	14.842	-65.8223	-14.8186
6	3.3947	2.3489	0.2062	2.7806	-0.2672	0.1377	0.731	-1.484	0.3641	1.0623	-0.9456	-0.105	0.1582	-0.143	0.1007	0.7839	-0.0848	-0.1508	0.8373	-0.0174	0.6161	24.5197	-65.7274	-0.0339
7	2.7969	-0.0005	0.2582	3.249	-0.1595	2.29	0.0529	-0.1679	-0.0472	0.2148	-0.0254	-0.1165	-0.0244	0.1271	-0.0189	0.3976	-0.0417	-0.0171	0.424	0.0008	0.4055	25.5456	-46.5437	-4.6575

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 2 through 44 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 45 through 74 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 75 through 129 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 130 through 332 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 2 through 108 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 109 through 129 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 130 through 332 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)