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- PDB-9hk1: PD1 signaling receptor bound to FAB Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hk1
タイトルPD1 signaling receptor bound to FAB Complex
要素
  • Antibody FAB heavy chain
  • Antibody FAB light chain
  • Programmed cell death protein 1
キーワードIMMUNOSUPPRESSANT / Immune signaling receptor FAB complex / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / Co-inhibition by PD-1 ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / Co-inhibition by PD-1 / regulation of immune response / signaling receptor activity / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Bjorkelid, C. / Paluch, C. / Robertson, N.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2024
タイトル: Antibody agonists trigger immune receptor signaling through local exclusion of receptor-type protein tyrosine phosphatases.
著者: Lippert, A.H. / Paluch, C. / Gaglioni, M. / Vuong, M.T. / McColl, J. / Jenkins, E. / Fellermeyer, M. / Clarke, J. / Sharma, S. / Moreira da Silva, S. / Akkaya, B. / Anzilotti, C. / Morgan, S. ...著者: Lippert, A.H. / Paluch, C. / Gaglioni, M. / Vuong, M.T. / McColl, J. / Jenkins, E. / Fellermeyer, M. / Clarke, J. / Sharma, S. / Moreira da Silva, S. / Akkaya, B. / Anzilotti, C. / Morgan, S.H. / Jessup, C.F. / Korbel, M. / Gileadi, U. / Leitner, J. / Knox, R. / Chirifu, M. / Huo, J. / Yu, S. / Ashman, N. / Lui, Y. / Wilkinson, I. / Attfield, K.E. / Fugger, L. / Robertson, N.J. / Lynch, C.J. / Murray, L. / Steinberger, P. / Santos, A.M. / Lee, S.F. / Cornall, R.J. / Klenerman, D. / Davis, S.J.
履歴
登録2024年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 1
B: Programmed cell death protein 1
L: Antibody FAB light chain
H: Antibody FAB heavy chain
M: Antibody FAB light chain
I: Antibody FAB heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,0478
ポリマ－124,6056
非ポリマー4422
水5,278293
1
A: Programmed cell death protein 1
L: Antibody FAB light chain
H: Antibody FAB heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5244
ポリマ－62,3023
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area23840 Å2
手法PISA
2
B: Programmed cell death protein 1
M: Antibody FAB light chain
I: Antibody FAB heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5244
ポリマ－62,3023
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area24470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.161, 53.794, 103.003
Angle α, β, γ (deg.)104.800, 101.825, 92.570
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / Protein PD-1 / hPD-1


分子量: 14365.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1 / 発現宿主: Expression vector pcDNA-inf (その他) / 参照: UniProt: Q15116
#2: 抗体 Antibody FAB light chain


分子量: 23442.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Expression vector pcDNA-inf (その他)
#3: 抗体 Antibody FAB heavy chain


分子量: 24493.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Expression vector pcDNA-inf (その他)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20.5% PEG 3350, 0.4M MgCl2, 0.1M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→51.85 Å / Num. obs: 67042 / % possible obs: 98.03 % / 冗長度: 3.63 % / CC1/2: 0.9918 / Rmerge(I) obs: 0.1322 / Net I/σ(I): 11.11
反射 シェル解像度: 2.03→2.06 Å / 冗長度: 3.71 % / Rmerge(I) obs: 1.2855 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 6591 / CC1/2: 0.222 / % possible all: 95.11

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.03→51.848 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 8.415 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.208 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2755 3094 4.615 %
Rwork0.21 63948 -
all0.213 --
obs-67042 97.977 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 34.071 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.938 Å20.164 Å2-0.974 Å2
2--1.624 Å2-1.175 Å2
3----1.151 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→51.848 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8163 0 28 293 8484
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0128399
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0167658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7851.80911426
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6141.7417724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4851048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.299541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.906101333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.73710346
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029782
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021922
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21360
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2060.27044
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.23963
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0930.24540
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0770.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.130.226
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1720.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0813.3774222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0813.3774222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4916.0475257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4916.0485258
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5123.6894177
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5113.6894178
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2566.6126168
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2556.6126169
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.99335.2528802
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.98534.9078768
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.03-2.080.3462090.3364642X-RAY DIFFRACTION95.4921
2.08-2.1370.3472390.3184557X-RAY DIFFRACTION97.0065
2.137-2.1990.3652190.3054407X-RAY DIFFRACTION97.2462
2.199-2.2660.3092090.284369X-RAY DIFFRACTION97.3835
2.266-2.340.3142140.2674181X-RAY DIFFRACTION97.515
2.34-2.4220.3441940.2754045X-RAY DIFFRACTION97.7404
2.422-2.5130.3192320.2453887X-RAY DIFFRACTION97.885
2.513-2.6160.321510.2333847X-RAY DIFFRACTION97.9902
2.616-2.7320.3051910.2183615X-RAY DIFFRACTION98.2194
2.732-2.8650.3262190.2213431X-RAY DIFFRACTION98.4358
2.865-3.0190.2971570.2153313X-RAY DIFFRACTION98.4677
3.019-3.2020.2821520.2073156X-RAY DIFFRACTION98.5404
3.202-3.4220.2861650.2092915X-RAY DIFFRACTION98.9717
3.422-3.6950.2671120.1942780X-RAY DIFFRACTION98.7705
3.695-4.0450.202880.1572586X-RAY DIFFRACTION99.037
4.045-4.5190.189850.1412343X-RAY DIFFRACTION99.2235
4.519-5.2120.206800.1432057X-RAY DIFFRACTION99.4879
5.212-6.3670.213600.1781726X-RAY DIFFRACTION99.3879
6.367-8.9370.262780.1881341X-RAY DIFFRACTION99.6489
8.937-51.8480.198400.248749X-RAY DIFFRACTION99.8734

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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