[日本語] English
万見
- PDB-9hk0: PNT domain of human ETV7 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hk0
タイトルPNT domain of human ETV7
要素Transcription factor ETV7
キーワードTRANSCRIPTION / PNT domain / transcription factor / oligomerization
機能・相同性
機能・相同性情報


animal organ morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain ...SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor ETV7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Valer, L. / Binacchi, R. / Ciribilli, Y. / Biasini, E. / Inga, A. / Lolli, G.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Other governmentNextGeneration EU PNRR iNEST イタリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PNT domain of human ETV7
著者: Binacchi, R. / Valer, L. / Ciribilli, Y. / Biasini, E. / Inga, A. / Lolli, G.
履歴
登録2024年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcription factor ETV7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9851
ポリマ－8,9851
非ポリマー00
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4690 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)67.813, 67.813, 29.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

-
要素

#1: タンパク質 Transcription factor ETV7 / ETS translocation variant 7 / ETS-related protein Tel2 / Tel-related Ets factor / Transcription factor Tel-2


分子量: 8985.191 Da / 分子数: 1 / 変異: V105E / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: First S derives from the expression tag. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETV7, TEL2, TELB, TREF
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y603
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→58.73 Å / Num. obs: 10339 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 28.4 / Num. measured all: 192678
反射 シェル解像度: 1.61→1.64 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / Rmerge(I) obs: 1.723 / Num. measured all: 9585 / Num. unique obs: 490 / CC1/2: 0.845 / Rpim(I) all: 0.397 / Rrim(I) all: 1.769 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.61→33.907 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 494 4.79 %
Rwork0.1838 --
obs0.1847 10317 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→33.907 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数632 0 0 34 666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007694
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.792949
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.855571
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005126
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6103-1.77230.30271240.27242413X-RAY DIFFRACTION100
1.7723-2.02880.2721350.22212415X-RAY DIFFRACTION100
2.0288-2.55590.21771140.20432470X-RAY DIFFRACTION100
2.5559-33.9070.17981210.16512525X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.86231.11130.22013.8361-1.20352.57050.44410.85350.1113-0.9591-0.3901-0.53580.28350.8944-0.03410.29940.10360.0910.56960.02260.372228.97183.4493-9.5083
23.6918-1.55320.28827.2224-2.36464.40580.079-0.33460.43360.2968-0.21490.0181-0.29290.46160.10820.2331-0.0235-0.00090.3409-0.03830.267424.91319.2479-2.7023
30.1502-0.68930.40067.9565-4.22232.3045-0.1434-0.52590.34181.42640.65180.0087-0.7239-0.1998-0.39210.4490.02250.02420.4966-0.01880.45519.08348.42782.0281
43.4624-0.8751.38495.178-0.64983.1867-0.04680.1499-0.2263-0.10890.08690.4282-0.1012-0.0412-0.03160.2482-0.02-0.03440.29160.00170.255314.61452.849-6.6025
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 41 through 55 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 56 through 70 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 71 through 83 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 116 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る