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- PDB-9hju: Structure of 2x Zincore (SEPHS1:QRICH1) binding to ZFP91 on DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hju
タイトルStructure of 2x Zincore (SEPHS1:QRICH1) binding to ZFP91 on DNA
要素
  • (DNA (31-MER)) x 2
  • E3 ubiquitin-protein ligase ZFP91
  • Selenide, water dikinase 1
  • Transcriptional regulator QRICH1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Zincore Complex / Transcriptional regulator complex / SEPHS1 / Selenide / water dikinase 1 / selenophosphate synthetase 1 / QRICH1 / Zinc finger protein / ZFP91 / Transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


selenide, water dikinase / selenide, water dikinase activity / integrated stress response signaling / selenocysteine biosynthetic process / PERK-mediated unfolded protein response / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / protein K63-linked ubiquitination / endoplasmic reticulum unfolded protein response / response to endoplasmic reticulum stress ...selenide, water dikinase / selenide, water dikinase activity / integrated stress response signaling / selenocysteine biosynthetic process / PERK-mediated unfolded protein response / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / protein K63-linked ubiquitination / endoplasmic reticulum unfolded protein response / response to endoplasmic reticulum stress / protein modification process / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / nuclear membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / GTP binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / protein homodimerization activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3504 / Domain of unknown function (DUF3504) / : / Selenophosphate synthetase / : / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily ...Protein of unknown function DUF3504 / Domain of unknown function (DUF3504) / : / Selenophosphate synthetase / : / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Selenide, water dikinase 1 / Transcriptional regulator QRICH1 / E3 ubiquitin-protein ligase ZFP91
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Borza, R. / Perrakis, A.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Oncode Institute オランダ
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Zincore, an atypical coregulator, binds zinc finger transcription factors to control gene expression
著者: Bianchi, D. / Borza, R. / De Zan, E. / Huelsz-Prince, G. / Gregoricchio, S. / Dekker, M. / Fish, A. / Mazouzi, A. / Kroese, L. / Linder, S. / Hernandez Quiles, M. / Vermeulen, M. / Celie, P. ...著者: Bianchi, D. / Borza, R. / De Zan, E. / Huelsz-Prince, G. / Gregoricchio, S. / Dekker, M. / Fish, A. / Mazouzi, A. / Kroese, L. / Linder, S. / Hernandez Quiles, M. / Vermeulen, M. / Celie, P. / Krimpenfort, P. / Son, J. / Zwart, W. / Wessels, L. / Nijman, S. / Perrakis, A. / Brummelkamp, T.
履歴
登録2024年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase ZFP91
B: Selenide, water dikinase 1
C: Selenide, water dikinase 1
D: Transcriptional regulator QRICH1
E: Transcriptional regulator QRICH1
F: Selenide, water dikinase 1
G: Selenide, water dikinase 1
H: Transcriptional regulator QRICH1
I: Transcriptional regulator QRICH1
K: DNA (31-MER)
L: DNA (31-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)600,79716
ポリマ－600,47011
非ポリマー3275
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 3種, 9分子 ABCFGDEHI

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase ZFP91 / RING-type E3 ubiquitin transferase ZFP91 / Zinc finger protein 757 / Zinc finger protein 91 homolog / Zfp-91


分子量: 63557.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZFP91, ZNF757, FKSG11
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96JP5, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質
Selenide, water dikinase 1 / Selenium donor protein 1 / Selenophosphate synthase 1


分子量: 42953.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPHS1, SELD, SPS, SPS1
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P49903, selenide, water dikinase
#3: タンパク質
Transcriptional regulator QRICH1 / Glutamine-rich protein 1


分子量: 86507.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: QRICH1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q2TAL8

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DNA鎖 , 2種, 2分子 KL

#4: DNA鎖 DNA (31-MER)


分子量: 9314.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: DNA鎖 DNA (31-MER)


分子量: 9755.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 1種, 5分子

#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dual Zincore Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7542

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2Topaz粒子像選択
3EPU画像取得
5cryoSPARCCTF補正
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
14PHENIXdev_4788モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択詳細: Multiple particle selection
3次元再構成解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 138830 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化最高解像度: 3.16 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00324731
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.46833784
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.3673719
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0393781
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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