PDB-9hjs: Crystal structure of human geranylgeranyl diphosphate synthase mu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hjs

タイトル

Crystal structure of human geranylgeranyl diphosphate synthase mutant R235C

要素

Geranylgeranyl pyrophosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Multiple myeloma / GGPPS-R235C / geranylgeranyl diphosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

isoprenoid metabolic process / geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / geranylgeranyl diphosphate synthase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / isoprenoid biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Yehia, R. / Giladi, M. / Haitin, Y.

資金援助

イスラエル, 8件

組織	認可番号	国
Israel Science Foundation	1653/21	イスラエル
Israel Science Foundation	1721/16	イスラエル
Other private	ICRF 01214	イスラエル
Other private	ICRF 19202	イスラエル
Other private	Israel Cancer Association 20230029	イスラエル
Other private	Kahn Foundation's Orion project	イスラエル
Other private	Karl and Leonora Fingerhut Fund for Cancer Research	イスラエル
Other private	Recanati Foundation	イスラエル

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human geranylgeranyl diphosphate synthase mutant R235C
著者: Yehia, R. / Kadek, A. / Portasikova, J.M. / Man, P. / Giladi, M. / Haitin, Y.

履歴

登録	2024年12月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hjs.cif.gz	689 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hjs.ent.gz	573.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hjs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/9hjs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/9hjs	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Geranylgeranyl pyrophosphate synthase

B: Geranylgeranyl pyrophosphate synthase

C: Geranylgeranyl pyrophosphate synthase

D: Geranylgeranyl pyrophosphate synthase

E: Geranylgeranyl pyrophosphate synthase

F: Geranylgeranyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

215 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.623, 69.081, 154.987
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.39, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-509- HOH

#1: タンパク質	Geranylgeranyl pyrophosphate synthase / GGPP synthase / GGPPSase / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase ...GGPP synthase / GGPPSase / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl diphosphate synthase / Farnesyltranstransferase / Geranylgeranyl diphosphate synthase / Geranyltranstransferase 分子量: 35382.230 Da / 分子数: 6 / 変異: R235C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Geranylgeranyl pyrophosphate synthase R235C / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GGPS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O95749, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -, dimethylallyltranstransferase, geranylgeranyl diphosphate synthase, (2E,6E)- ...参照: UniProt: O95749, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -, dimethylallyltranstransferase, geranylgeranyl diphosphate synthase, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-GRG / GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE / ゲラニルゲラニルピロりん酸分子量: 450.443 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₆O₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M sodium cacodylate pH 6.6, 40% MPD, 5% PEG 8000, 0.1M spermine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.51→48.327 Å / Num. obs: 56879 / % possible obs: 77.2 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.51→2.699 Å / Num. unique obs: 2844 / CC_1/2: 0.5456

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1_5286: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.51→45.19 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2709	1999	3.52 %	Random
R_work	0.2269	-	-	-
obs	0.2284	56863	76.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→45.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13402	0	186	81	13669

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	13868
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.791	18895
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.965	4823
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	2156
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2423

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.51-2.58	0.3387	9	0.3224	250	X-RAY DIFFRACTION	5
2.58-2.65	0.3012	44	0.3365	1179	X-RAY DIFFRACTION	23
2.65-2.72	0.3646	70	0.324	1967	X-RAY DIFFRACTION	39
2.72-2.81	0.357	99	0.3336	2690	X-RAY DIFFRACTION	53
2.81-2.91	0.4055	131	0.3383	3624	X-RAY DIFFRACTION	72
2.91-3.03	0.3717	160	0.3194	4396	X-RAY DIFFRACTION	86
3.03-3.17	0.3375	181	0.3015	4940	X-RAY DIFFRACTION	98
3.17-3.33	0.3279	184	0.2917	5065	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.54	0.3046	185	0.2713	5086	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-3.81	0.2779	185	0.2301	5077	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.2	0.2913	185	0.2069	5070	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-4.81	0.2089	187	0.1744	5129	X-RAY DIFFRACTION	100
4.81-6.05	0.3028	188	0.2298	5146	X-RAY DIFFRACTION	100
6.05-45.19	0.1995	191	0.1806	5245	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3024	2.2902	-0.7596	1.9687	-0.35	0.3427	-0.1003	0.48	-0.6718	-0.2477	-0.4177	0.3741	0.3913	-0.9689	0.3962	0.9733	-0.0328	-0.3882	1.0892	-0.5297	1.6873	73.1559	60.0996	33.3983
2	0.8464	0.0694	0.6628	1.1343	-0.0465	1.7022	0.4495	-0.018	0.0609	0.0168	-0.3612	0.3346	0.3618	-0.4648	-0.0599	0.7638	0.0312	-0.2231	0.724	-0.4308	1.2517	80.7044	65.1714	36.5808
3	2.2795	0.0892	-1.2282	1.1977	-0.1345	1.3856	0.2397	0.4558	-0.3421	0.4449	-0.1003	0.1638	0.3757	-0.5464	-0.1632	0.8086	0.1366	-0.2647	1.1107	-0.4085	1.1287	71.3064	72.2195	30.6537
4	3.2125	-0.0314	1.0364	1.3821	-1.4236	1.5061	0.1961	0.0965	-0.9784	-0.094	-0.1266	0.4179	0.3618	-0.6559	-0.0581	0.5992	-0.0845	-0.0752	0.8425	-0.3792	1.1796	73.3951	69.5819	49.7319
5	0.7779	-1.6325	0.9283	3.818	-2.3513	2.0929	0.2745	-0.0117	-0.5004	-0.8271	0.2022	1.378	1.424	-0.1967	0.0051	0.7819	-0.0035	-0.1048	0.9096	-0.3296	1.3073	91.613	62.9026	50.3003
6	4.0787	0.0181	-2.153	0.8981	-1.79	4.9611	-0.0464	-1.109	0.4221	0.4705	-0.5477	0.7233	0.4311	0.96	0.0671	0.7521	-0.1534	0.1319	0.6667	-0.4015	1.2064	93.8006	71.2959	60.9044
7	7.3276	-0.1485	-3.5524	2.6915	0.0377	7.3865	0.5418	-1.576	-1.4039	1.2761	-0.515	0.3201	1.9817	0.2842	-0.121	0.7353	-0.2642	-0.1168	0.6275	-0.2694	1.0112	97.8909	62.8689	60.9549
8	4.2484	-0.6782	0.5939	1.3605	-0.8088	4.061	0.7374	-0.812	-1.8055	-0.6773	0.2313	-0.4054	0.8069	-1.2265	-0.7837	0.8992	-0.4028	0.0842	1.0765	-0.115	1.3349	74.588	57.4947	61.538
9	3.522	0.7065	-0.6739	0.2693	-0.5006	1.2995	-0.148	-0.1475	-0.8847	-0.6514	0.0318	-0.0035	0.6031	-0.056	0.0085	0.947	-0.3049	0.0589	0.9527	-0.4788	2.1089	72.2144	50.7569	53.4888
10	2.277	-0.8378	0.8147	1.4119	-0.053	2.4624	0.076	0.0398	0.0882	-0.2808	-0.2329	0.5286	-0.6491	-0.9256	0.1128	0.7696	0.2975	-0.2791	0.8329	-0.299	1.0938	76.9395	92.3568	33.7877
11	2.4972	-1.1723	1.0479	1.2387	-0.4975	2.2023	0.2231	0.6396	-0.0976	-0.2507	-0.3658	0.2488	0.0518	-0.4261	0.1496	0.8391	0.2934	-0.3042	0.9218	-0.3533	0.9668	76.569	85.1049	22.7326
12	4.2344	-0.3721	0.0615	2.4223	0.4615	2.1616	0.2599	0.5664	-0.0893	-0.6297	-0.1763	0.408	-0.1349	0.0189	-0.1479	1.0023	0.3659	-0.2219	0.7481	-0.1165	0.9364	100.5362	86.9089	17.0543
13	8.4326	-4.4933	-1.1848	2.8182	0.0521	1.1903	0.5814	1.0832	0.4653	-0.4709	-0.557	-0.0298	-0.4478	-0.2829	-0.1079	1.3127	0.4781	-0.3561	1.0015	-0.02	1.0821	80.829	100.4885	11.3317
14	2.1733	-0.1155	0.2685	3.7484	1.1152	3.9065	0.1119	-0.1653	0.1627	0.2519	-0.1836	-0.1211	-0.2884	0.4796	0.065	0.3611	-0.0895	0.1221	0.3884	-0.0429	0.4314	123.3379	95.7778	63.7105
15	2.0767	0.0375	0.6709	1.6655	0.4191	2.3619	0.0239	-0.0968	0.2678	0.0738	-0.2042	0.6114	-0.416	-0.2041	0.1757	0.5023	-0.0192	0.0911	0.4343	-0.1875	0.7685	103.0822	100.983	62.639
16	2.3041	-1.622	1.6594	1.8005	-0.9966	2.8563	0.0645	-0.4994	-0.0298	0.4995	0.0533	0.3199	-0.1067	-0.2107	-0.0722	0.502	-0.103	0.1202	0.3875	-0.0906	0.5102	115.9844	73.677	72.8404
17	2.4939	-0.2474	-0.5009	3.1193	-0.6594	1.6914	0.1599	-0.1681	0.1548	0.3996	-0.1682	-0.124	-0.2208	0.1789	0.0407	0.3143	-0.043	0.0101	0.3432	-0.0347	0.2854	131.2404	71.4257	66.6872
18	6.7871	-0.6603	0.3035	5.231	0.3549	4.8709	-0.0339	0.277	-0.2437	-0.181	-0.2939	0.3196	0.5683	-0.0385	0.2773	0.5464	0.1164	-0.0205	0.5445	-0.0542	0.3729	125.9961	64.2954	47.6308
19	1.8454	-1.0154	1.1929	2.9439	-1.3305	7.5979	0.3124	0.1675	-0.2889	-0.1312	-0.2568	0.0315	0.9666	0.4129	-0.0158	0.4158	0.0236	-0.0443	0.3852	-0.0785	0.4342	131.3216	55.3213	61.5809
20	1.1248	0.3943	0.4111	2.194	1.2775	2.518	0.2218	0.4795	-0.2341	-0.7902	-0.2247	0.0473	0.2466	0.5379	0.0109	0.9325	0.4073	-0.0777	0.7732	-0.0889	0.4455	128.9961	58.4428	20.1471
21	2.4899	-0.3654	-0.4966	0.7553	0.6866	1.9254	0.0768	0.3377	-0.2166	-0.4922	-0.2967	0.4012	0.4338	-0.0726	0.2287	1.2053	0.3738	-0.3138	0.7463	-0.2525	0.7843	109.6383	53.6203	15.7948
22	2.3117	1.6387	0.1628	2.6683	-1.0464	1.312	-0.2298	0.8422	0.0972	-0.6185	0.3418	0.304	-0.1287	0.0329	-0.1061	1.0371	0.1938	-0.0901	0.8621	-0.0238	0.5478	125.2347	84.3718	5.86
23	1.4307	-0.0089	-0.1357	2.4374	0.4038	1.3656	0.1193	0.6748	0.3554	-0.8731	-0.1595	-0.0531	-0.0945	0.27	0.0809	1.018	0.3923	-0.0618	0.8973	0.0881	0.4364	127.2706	77.3726	14.5448
24	0.9031	0.4266	0.3152	1.8533	-0.244	0.7671	0.0829	0.2605	-0.0461	-0.6741	-0.1177	-0.3259	0.1547	0.6261	0.0779	0.8965	0.336	0.0463	0.9043	0.1562	0.5085	138.5532	81.9702	20.5902
25	0.7586	0.7732	-0.8414	2.4622	1.2285	3.0775	0.7365	0.7906	0.5914	-1.4051	-0.3544	-0.7871	-0.1402	0.3385	-0.1672	0.9301	0.26	0.1529	0.9622	0.1888	0.5516	139.0967	90.71	17.7169
26	5.2888	-2.6014	1.8955	4.5843	-0.5628	2.3544	0.2457	0.6787	1.2708	-0.9824	-0.5337	-0.5722	-0.523	0.8782	0.2802	0.7121	0.2021	-0.0081	0.883	-0.069	0.7496	123.2551	91.2074	29.7063
27	4.385	-0.0133	-1.8833	2.9352	0.6755	5.6595	0.4586	0.207	0.4511	-0.2688	-0.2254	-0.0699	-0.6523	0.5915	-0.2118	0.4491	0.1216	0.0294	0.5843	0.1276	0.4213	133.8459	94.2755	34.3507
28	3.68	-0.7929	0.8455	6.0836	3.3059	2.2802	-0.4695	-0.2997	0.6196	1.1921	-0.4131	-0.8485	0.6322	1.011	0.8592	0.9408	0.1987	-0.0102	0.8459	0.219	0.6019	137.4844	100.7336	13.7926

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 110 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 111 through 193 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 194 through 214 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 215 through 240 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 241 through 255 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 256 through 278 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 279 through 296 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 4 through 84 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 85 through 194 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 195 through 255 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 256 through 296 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 3 through 110 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 111 through 298 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 5 through 110 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 111 through 194 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 195 through 240 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 241 through 297 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 4 through 110 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 111 through 296 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 3 through 42 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 43 through 134 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 135 through 166 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 167 through 194 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 195 through 214 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 215 through 278 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 279 through 296 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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