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- PDB-9hjg: Crystal structure of human CD73 (ecto-5'-nucleotidase) in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hjg
タイトルCrystal structure of human CD73 (ecto-5'-nucleotidase) in complex with an N6-disubstituted acyclic ADP analog (compound 26 in publication) in the closed state
要素5'-nucleotidase
キーワードHYDROLASE / nucleotide analog / dimetal center / closed state
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process ...thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process / : / IMP-specific 5'-nucleotidase / : / Nicotinate metabolism / Purine catabolism / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / leukocyte cell-cell adhesion / DNA metabolic process / response to ATP / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / ATP metabolic process / calcium ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / external side of plasma membrane / nucleotide binding / cell surface / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase signature 1. / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Strater, N. / Moschuetz, S. / Federico, S. / Renn, C. / Muller, C.E.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)335447717 ドイツ
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Acyclic purine and pyrimidine nucleotide analogs as ecto-5'-nucleotidase (CD73) inhibitors.
著者: Federico, S. / Renn, C. / Brehova, P. / Janeba, Z. / Moschutz, S. / Sylvester, K. / Shamleh, R.A. / Baburi, H. / Zimmermann, H. / El-Tayeb, A. / Strater, N. / Muller, C.E.
履歴
登録2024年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-nucleotidase
B: 5'-nucleotidase
C: 5'-nucleotidase
D: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,32719
ポリマ－241,6224
非ポリマー2,70615
水00
1
A: 5'-nucleotidase
B: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,1449
ポリマ－120,8112
非ポリマー1,3337
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area40010 Å2
2
C: 5'-nucleotidase
D: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,18410
ポリマ－120,8112
非ポリマー1,3738
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area39760 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)93.593, 84.551, 124.667
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
5'-nucleotidase / 5'-NT / 5'-deoxynucleotidase / Ecto-5'-nucleotidase / IMP-specific 5'-nucleotidase / Thymidylate 5'- ...5'-NT / 5'-deoxynucleotidase / Ecto-5'-nucleotidase / IMP-specific 5'-nucleotidase / Thymidylate 5'-phosphatase


分子量: 60405.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5E, NT5, NTE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P21589, thymidylate 5'-phosphatase, 5'-nucleotidase, 5'-deoxynucleotidase, 7-methylguanosine nucleotidase, IMP-specific 5'-nucleotidase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-A1IVH / [5-[2-chloranyl-6-[methyl-(phenylmethyl)amino]purin-9-yl]pentoxy-oxidanyl-phosphoryl]methylphosphonic acid


分子量: 517.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26ClN5O6P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% PEG 6000 and 0.1 M Hepes pH 7.0, 10 microM ZnCl2, 10 mM inhibitor and 10 % PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→121.66 Å / Num. obs: 36814 / % possible obs: 83.5 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.364 / Rpim(I) all: 0.161 / Rrim(I) all: 0.399 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.31→2.67 Å / Rmerge(I) obs: 1.018 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1773 / CC1/2: 0.697 / Rpim(I) all: 0.453 / Rrim(I) all: 1.116

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→121.66 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2711 1777 4.83 %
Rwork0.2368 --
obs0.2385 36783 44.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→121.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16262 0 143 0 16405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00616764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8122713
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9696271
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072959
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.31-2.370.380490.3335198X-RAY DIFFRACTION3
2.37-2.440.4581140.3314268X-RAY DIFFRACTION5
2.44-2.520.2978210.3133374X-RAY DIFFRACTION6
2.52-2.610.3944270.3134481X-RAY DIFFRACTION8
2.61-2.720.4454310.3438692X-RAY DIFFRACTION11
2.72-2.840.3104550.31661196X-RAY DIFFRACTION20
2.84-2.990.3444920.31251873X-RAY DIFFRACTION31
2.99-3.180.34991630.30192979X-RAY DIFFRACTION49
3.18-3.420.34012410.28724495X-RAY DIFFRACTION74
3.42-3.770.3032240.25974562X-RAY DIFFRACTION74
3.77-4.310.27772770.22115584X-RAY DIFFRACTION91
4.31-5.430.20473310.19326083X-RAY DIFFRACTION99
5.43-121.660.23012920.2056221X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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