PDB-9hj2: Structure of P167S/D240G/D172A/S104G/H184R BlaC from Mycobacteriu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hj2

タイトル

Structure of P167S/D240G/D172A/S104G/H184R BlaC from Mycobacterium tuberculosis

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / beta-lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Sun, J. / Bruenle, S. / Ubbink, M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Directed evolution of a beta-lactamase samples a wide variety of conformational states.
著者: Sun, J. / Timmer, M. / Brunle, S. / Boyle, A.L. / Ubbink, M.

履歴

登録	2024年11月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hj2.cif.gz	113.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hj2.ent.gz	86 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hj2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hj2_validation.pdf.gz	471.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hj2_full_validation.pdf.gz	477.2 KB	表示
XML形式データ	9hj2_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	9hj2_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/9hj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/9hj2	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
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多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
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#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
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クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
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アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

57 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry
28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.827, 57.270, 76.927
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 28203.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: blaA, blaC, A4S10_02181, DKC2_2191, DSI80_06165, ERS007661_01447, ERS007681_02835, ERS007718_02594, ERS007741_00391, ERS053720_02349 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045INV3, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION 分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MES buffer pH 6.3 0.864 M trisodium citrate (additive)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→53.62 Å / Num. obs: 87116 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 1.4 % / CC_1/2: 0.975 / Net I/σ(I): 5
反射シェル	解像度: 1.4→1.43 Å / Num. unique obs: 3041 / CC_1/2: 0.335

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	1	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→53.62 Å / SU B: 3.053 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2515	2980	4.9 %	RANDOM
R_work	0.23206	-	-	-
obs	0.23301	57783	98.66 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.535 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	-0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→53.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3809	0	38	290	4137

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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