PDB-9hiz: Complex of the Nanofitin Sac7d-C3(C24A) with a human IgG1 Fc fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hiz

タイトル

Complex of the Nanofitin Sac7d-C3(C24A) with a human IgG1 Fc fragment

要素

DNA-binding protein 7d
Immunoglobulin heavy constant gamma 1

キーワード

PROTEIN BINDING / NANOFITIN / FC FRAGMENT / IGG1

機能・相同性

機能・相同性情報

Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Eichinger, A. / Skerra, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2025
タイトル: Engineering and Structural Elucidation of a Sac7d-Derived IgG Fc-Specific Affitin and Its Application for the Light-Controlled Affinity Purification of Antibodies.
著者: Veitl, F. / Eichinger, A. / Mayrhofer, P. / Anneser, M.R. / Testanera, M. / Rauscher, K. / Lenz, M. / Skerra, A.

履歴

登録	2024年11月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hiz.cif.gz	314.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hiz.ent.gz	259 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hiz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hiz_validation.pdf.gz	484.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hiz_full_validation.pdf.gz	505.5 KB	表示
XML形式データ	9hiz_validation.xml.gz	43.7 KB	表示
CIF形式データ	9hiz_validation.cif.gz	57.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/9hiz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/9hiz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (5) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (3) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (6)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (5)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (3)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Immunoglobulin heavy constant gamma 1

B: Immunoglobulin heavy constant gamma 1

R: DNA-binding protein 7d

S: DNA-binding protein 7d

C: Immunoglobulin heavy constant gamma 1

D: Immunoglobulin heavy constant gamma 1

T: DNA-binding protein 7d

U: DNA-binding protein 7d

131 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, The assembly contains two Fc-fragments (four heavy chains) and four nanofitin molecules

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.270, 136.840, 69.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.12, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Ig gamma-1 chain C region / Ig gamma-1 chain C region EU / Ig gamma-1 chain C region KOL / Ig gamma- ...Ig gamma-1 chain C region / Ig gamma-1 chain C region EU / Ig gamma-1 chain C region KOL / Ig gamma-1 chain C region NIE 分子量: 24780.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: N-terminal residues 228 - 235 of the sequence represent the methionine from the start codon followed by the affinity tag (His6-tag). 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B / 参照: UniProt: P01857
#2: タンパク質	DNA-binding protein 7d / 7 kDa DNA-binding protein d / Sac7d 分子量: 7887.911 Da / 分子数: 4 Mutation: K7L,Y8L,K9N,K21R,K22D,W24A,V26Q,M29N,S31K,T33L,D35N,T40Y,R42A,A44N,S46D 由来タイプ: 組換発現詳細: The N-terminal residues DAEF were attached to the sequence for cloning purposes. We have named the mutation at position 24 "C24A" because it is based on the previously published Sac7d-C3 ...詳細: The N-terminal residues DAEF were attached to the sequence for cloning purposes. We have named the mutation at position 24 "C24A" because it is based on the previously published Sac7d-C3 variant. Since we used here the wild-type sequence of Sac7d in UniProt for reference, this mutation is designated as W24A. 由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) 遺伝子: Saci_0064 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB Express / 参照: UniProt: P13123
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 24 % (w/v) PEG8000, 0.1 M Tris/HCl pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月25日

放射

モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→136.8 Å / Num. obs: 27577 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.099 / R_rim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 7.74

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.9-3	0.748	2708	0.676	0.902	1
3-3.1	0.597	2340	0.785	0.723	1
3.1-3.2	0.401	2085	0.865	0.487	1
3.2-3.3	0.281	1781	0.925	0.345	1
3.3-3.4	0.228	1626	0.955	0.276	1
3.4-3.5	0.211	1461	0.969	0.253	1
3.5-4	0.142	5151	0.981	0.171	1
4-5	0.073	5096	0.993	0.088	1
5-6	0.064	2256	0.994	0.076	1
6-7.5	0.063	1513	0.993	0.075	1
7.5-10	0.05	893	0.993	0.061	1
10-15	0.054	471	0.993	0.063	1
15-20	0.05	112	0.993	0.06	1
20-30	0.055	58	0.993	0.067	1
30-136.8	0.068	26	0.993	0.085	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS	Jun 30, 2023	データスケーリング
XDS	Jun 30, 2023	データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→69.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 31.514 / SU ML: 0.454 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.485 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27928	1379	5 %	RANDOM
R_work	0.22729	-	-	-
obs	0.22991	26198	97.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1.2 Å / 減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 87.216 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.23 Å²	0 Å²	-0.99 Å²
2-	-	-1.91 Å²	-0 Å²
3-	-	-	7.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.9→69.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8892	0	0	0	8892

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	9096
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8572
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.443	1.857	12324
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.481	1.787	19900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.275	5	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.02	5	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.34	10	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10540
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.862	7.434	4440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.862	7.434	4440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.459	13.339	5536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.459	13.339	5537
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.434	7.679	4656
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.434	7.68	4657
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.897	13.999	6789
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.266	93	35491
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.266	93	35492
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.449	104	-
R_work	0.392	1976	-
obs	-	-	98.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6408	0.6055	0.0345	0.8382	0.4952	2.9114	-0.1991	-0.1102	0.4848	-0.0109	-0.1671	0.4674	0.2976	0.7313	0.3661	0.1472	0.0158	-0.1262	0.3416	0.0475	0.4227	30.432	16.111	18.231
2	2.6834	0.7283	-0.1353	0.7174	0.2969	0.2213	-0.1234	0.8028	0.5673	0.3617	0.1744	0.1277	0.2603	-0.0602	-0.0511	0.3133	-0.0309	-0.0504	0.3638	0.1522	0.1244	18.527	-4.279	6.75
3	1.7251	-0.4034	-1.1767	7.0872	-4.4018	12.3519	0.0682	-0.0079	0.2168	-0.181	-0.3912	0.1248	-1.2542	0.4545	0.3229	0.7286	-0.1022	-0.1155	0.6957	-0.0236	0.917	28.795	38.996	28.632
4	8.3424	0.5464	1.2745	9.3003	0.765	5.9795	0.1527	0.4129	-0.4359	-0.4346	0.0968	-0.3042	0.1049	-0.0163	-0.2495	0.1672	-0.0137	0.042	0.428	-0.079	0.2078	8.865	-27.457	8.445
5	2.5751	0.2648	-0.6452	4.5864	1.2954	1.1735	0.1226	-0.8149	-0.3937	0.7813	0.0085	-0.2075	0.1267	0.198	-0.1311	0.2538	0.0224	-0.049	0.5781	0.12	0.3235	52.691	-20.906	28.109
6	2.5277	-1.0165	-0.2431	4.1737	-0.2324	3.3747	-0.0838	-0.2109	-0.3595	0.1428	-0.1264	-0.204	0.1131	0.8214	0.2101	0.1113	0.0057	0.0236	0.522	0.0647	0.332	64.494	-41.257	16.655
7	9.2567	-0.5193	-1.4234	6.824	0.168	4.7628	0.3596	-0.344	0.5131	0.4006	-0.0917	-0.43	-0.2857	-0.239	-0.2679	0.1515	-0.0019	0.0134	0.437	-0.0515	0.2158	43.051	2.455	26.289
8	3.3481	-1.2795	4.0151	10.6032	-0.4317	7.2303	0.1932	0.0898	-0.4821	0.3449	-0.4307	0.118	1.1673	0.5607	0.2375	0.7367	0.1419	0.1536	0.6487	0.0248	0.732	63.01	-63.916	6.055

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	236 - 444
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	236 - 444
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 65
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 65
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	236 - 444
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	236 - 444
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 65
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 65

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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