PDB-9hit: Structure of P167S/D240G BlaC from Mycobacterium tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hit

タイトル

Structure of P167S/D240G BlaC from Mycobacterium tuberculosis

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / beta lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Sun, J. / Bruenle, S. / Ubbink, M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Directed evolution of a beta-lactamase samples a wide variety of conformational states.
著者: Sun, J. / Timmer, M. / Brunle, S. / Boyle, A.L. / Ubbink, M.

履歴

登録	2024年11月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hit.cif.gz	123.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hit.ent.gz	93 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hit.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hit_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hit_full_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示
XML形式データ	9hit_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	9hit_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/9hit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/9hit	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hckC 9hj2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.899, 54.448, 53.943
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Ambler class A beta-lactamase 分子量: 28275.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: blaC, blaA, BQ2027_MB2094C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A5I7, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID 分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.07 1.16 M trisodium citrate (Precipitant)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→38.9 Å / Num. obs: 55085 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 1.3 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / Num. unique obs: 2733 / CC_1/2: 0.548

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	1	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→38.9 Å / SU B: 2.001 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.179	2565	4.7 %	RANDOM
R_work	0.1412	-	-	-
obs	0.154	55067	99.47 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.946 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3 Å²	-0 Å²	-0.36 Å²
2-	-	-0.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→38.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1989	0	13	264	2266

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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