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万見
- PDB-9hip: MnmE-MnmG a2b2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hip
タイトルMnmE-MnmG a2b2 complex
要素
  • tRNA modification GTPase MnmE
  • tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme MnmG
キーワードRNA BINDING PROTEIN / tRNA modification / FAD binding protein / folate binding protein / G protein activated by dimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cytoplasmic translational fidelity / cytosolic tRNA wobble base thiouridylase complex / tRNA wobble base 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridinylation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / tRNA wobble uridine modification / tRNA methylation / response to pH / potassium ion binding / response to UV / : ...regulation of cytoplasmic translational fidelity / cytosolic tRNA wobble base thiouridylase complex / tRNA wobble base 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridinylation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / tRNA wobble uridine modification / tRNA methylation / response to pH / potassium ion binding / response to UV / : / GDP binding / flavin adenine dinucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA modification GTPase MnmE / GTP-binding protein TrmE, N-terminal / MnmE, helical domain / tRNA modification GTPase MnmE domain 2 / TrmE-type guanine nucleotide-binding domain / GTP-binding protein TrmE N-terminus / MnmE helical domain / TrmE-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme MnmG / tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme MnmG, C-terminal ...tRNA modification GTPase MnmE / GTP-binding protein TrmE, N-terminal / MnmE, helical domain / tRNA modification GTPase MnmE domain 2 / TrmE-type guanine nucleotide-binding domain / GTP-binding protein TrmE N-terminus / MnmE helical domain / TrmE-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme MnmG / tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme MnmG, C-terminal / tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme, C-terminal subdomain / : / : / tRNA modifying enzyme MnmG/GidA C-terminal helical bundle / tRNA modifying enzyme MnmG/GidA C-terminal helical domain / Glucose inhibited division protein A family signature 1. / GidA associated domain 3 / MnmG-related, conserved site / Glucose inhibited division protein A family signature 2. / tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme MnmG-related / MnmG, N-terminal domain / Glucose inhibited division protein A / GTP-binding protein TrmE/Aminomethyltransferase GcvT, domain 1 / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme MnmG / tRNA modification GTPase MnmE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Maes, L. / Galicia, C. / Fislage, M. / Versees, W.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Vrije Universiteit BrusselSRP95 ベルギー
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures of the MnmE-MnmG complex reveal large conformational changes and provide new insights into the mechanism of tRNA modification
著者: Maes, L. / Mares-Mejia, I. / Martin, E. / Bickel, D. / Claeys, S. / Vranken, W. / Fislage, M. / Galicia, C. / Versees, W.
履歴
登録2024年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA modification GTPase MnmE
B: tRNA modification GTPase MnmE
C: tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme MnmG
D: tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme MnmG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,1587
ポリマ－242,3284
非ポリマー1,8303
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 tRNA modification GTPase MnmE


分子量: 49286.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MnmE bound to GTP analogue / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mnmE, thdF, trmE, b3706, JW3684 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P25522, 加水分解酵素; 酸無水物に作用
#2: タンパク質 tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme MnmG / Glucose-inhibited division protein A


分子量: 71877.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MnmG bound to FAD / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mnmG, gidA, trmF, b3741, JW3719 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6U3
#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MnmE-MnmG complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.55 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 62 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM3.0.8画像取得
12cryoSPARC4.6.0３次元再構成
13PHENIX1.21モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 116023 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
精密化最高解像度: 3.31 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00416095
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.55621823
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.8516094
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0372457
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042887

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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