PDB-9hil: Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-domain of human UMPS in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hil

タイトル

Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-domain of human UMPS in complex with Cytidine-5'-monophosphate (CMP)

要素

Uridine 5'-monophosphate synthase

キーワード

LYASE / Uridine 5'-monophosphate synthase Pyrimidine metabolism Homo sapiens

機能・相同性

機能・相同性情報

UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / UDP biosynthetic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Kirck, L.L. / Santagostino, E. / Tittmann, K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Expected and Unexpected "Guests" at the Active Site of Human Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase.
著者: Kirck, L.L. / Santagostino, E. / Brandhoff, L. / Simeth, N.A. / Tittmann, K.

履歴

登録	2024年11月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hil.cif.gz	312 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hil.ent.gz	255.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hil.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hil_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hil_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9hil_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	9hil_validation.cif.gz	35.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/9hil ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/9hil	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hdsC 9hdtC 9hduC 9hdvC 9hdxC 9hdyC 9hdzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (4) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (4)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Uridine 5'-monophosphate synthase

B: Uridine 5'-monophosphate synthase

ヘテロ分子

56.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.180, 75.590, 119.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uridine 5'-monophosphate synthase / UMP synthase / Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase 分子量: 28104.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UMPS, OK/SW-cl.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P11172, orotate phosphoribosyltransferase, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-C / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 323.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₃O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM Tris/HCl pH 7.0, 1.7 - 1.9 M Ammonium sulfate, 10 mM Glutathion pH 8.0, 5% (w/v) Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.6888 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月7日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6888 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→48.02 Å / Num. obs: 74724 / % possible obs: 98.52 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 14.31
反射シェル	解像度: 1.6→1.657 Å / Num. unique obs: 7393 / CC_1/2: 0.756

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→48.02 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2295	3688	5 %
R_work	0.2037	-	-
obs	0.205	73734	98.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3838	0	42	241	4121

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4114
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.805	5572
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.967	1553
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	635
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	714

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.3437	140	0.355	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.64	0.3476	144	0.3303	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.67	0.3928	140	0.3361	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.69	0.318	143	0.3173	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.3597	143	0.312	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.3267	141	0.2893	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.78	0.3369	144	0.2768	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.81	0.3363	141	0.2694	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.84	0.2878	143	0.24	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.88	0.2485	144	0.214	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.92	0.3967	127	0.3708	2414	X-RAY DIFFRACTION	90
1.92-1.97	0.3089	131	0.24	2496	X-RAY DIFFRACTION	92
1.97-2.02	0.2452	144	0.1909	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.07	0.2178	144	0.1987	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.13	0.2313	142	0.1924	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.2	0.2238	143	0.1922	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.28	0.3685	122	0.3139	2320	X-RAY DIFFRACTION	85
2.28-2.37	0.2448	143	0.191	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.48	0.1949	144	0.1828	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.61	0.2201	145	0.1894	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.77	0.2553	143	0.1926	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.99	0.2208	144	0.1993	2734	X-RAY DIFFRACTION	99
2.99-3.29	0.1886	147	0.1938	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.76	0.1918	145	0.1676	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4.74	0.1624	149	0.1575	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
4.74-48.02	0.2186	152	0.1944	2918	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -0.0298 Å / Origin y: -7.1764 Å / Origin z: 1.302 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1561 Å²	-0.0106 Å²	0.0005 Å²	-	0.3057 Å²	-0.0105 Å²	-	-	0.207 Å²
L	1.305 °²	0.0178 °²	-0.1397 °²	-	0.458 °²	-0.0933 °²	-	-	1.8847 °²
S	0.0023 Å °	0.0078 Å °	0.1438 Å °	0.0059 Å °	-0.0349 Å °	-0.0115 Å °	-0.1252 Å °	0.0974 Å °	0.0411 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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