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- PDB-9hij: X-ray structure of Perm1, a circularly permuted mutant of the swe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hij
タイトルX-ray structure of Perm1, a circularly permuted mutant of the sweet protein MNEI
要素Monellin chain A,Monellin chain B
キーワードPLANT PROTEIN / sweet protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / : / Monellin / Monellin / Cystatin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Monellin chain A / Monellin chain B
類似検索 - 構成要素
生物種Dioscoreophyllum cumminsii (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Bologna, A. / Wang, P.-H. / Gramazio, S. / Essen, L.-O. / Spadaccini, R.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Other government イタリア
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Unravelling the amyloid aggregation mechanism of the sweet protein Monellin: Insights from circular permutated mutants.
著者: Lucignano, R. / Bologna, A. / Gramazio, S. / Wang, P.H. / Taxis, C. / Essen, L.O. / Picone, D. / Spadaccini, R.
履歴
登録2024年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monellin chain A,Monellin chain B
B: Monellin chain A,Monellin chain B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8386
ポリマ－23,3552
非ポリマー4844
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area10080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.646, 31.599, 127.006
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.200, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 4 or resid 6 through 13...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 4 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLUGLUGLUGLUAA44
d_12LYSLYSTYRTYRAA6 - 136 - 13
d_13TYRTYRILEILEAA15 - 2515 - 25
d_14GLUGLUPROPROAA27 - 9127 - 91
d_15LYSLYSGLUGLUAA94 - 9994 - 99
d_21GLUGLUGLUGLUBB44
d_22LYSLYSTYRTYRBB6 - 136 - 13
d_23TYRTYRILEILEBB15 - 2515 - 25
d_24GLUGLUPROPROBB27 - 9127 - 91
d_25LYSLYSGLUGLUBB94 - 9994 - 99

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.977178953865, 0.210738455841, 0.0266569944582), (0.206682518998, 0.914314573076, 0.348297570766), (0.049026813729, 0.345858590598, -0.937004912925)ベクター: 17. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.977178953865, 0.210738455841, 0.0266569944582), (0.206682518998, 0.914314573076, 0.348297570766), (0.049026813729, 0.345858590598, -0.937004912925)
ベクター: 17.1104858459, -17.3161419983, 85.8149092026)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Monellin chain A,Monellin chain B / Monellin chain I / Monellin chain II


分子量: 11677.284 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P02881, UniProt: P02882

-
非ポリマー , 5種, 86分子

#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Precipitant: 25% (w/v) PEG1000, 25% (w/v) PEG3350 and 25% (v/v) (RS)-2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) Buffer: 0.1 M Tris (base); BICINE (pH 8.5) Divalents: 0.3 M Magnesium chloride hexahydrate, ...詳細: Precipitant: 25% (w/v) PEG1000, 25% (w/v) PEG3350 and 25% (v/v) (RS)-2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) Buffer: 0.1 M Tris (base); BICINE (pH 8.5) Divalents: 0.3 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3 M Calcium chloride dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40.08 Å / Num. obs: 23048 / % possible obs: 96.29 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 26.15 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0539 / Rpim(I) all: 0.0344 / Rrim(I) all: 0.0642 / Net I/σ(I): 12.68
反射 シェル解像度: 1.6→1.67 Å / Rmerge(I) obs: 0.7828 / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / Num. unique obs: 2809 / CC1/2: 0.627 / CC star: 0.878 / Rpim(I) all: 0.5167 / Rrim(I) all: 0.9433 / % possible all: 94.55

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→40.08 Å / SU ML: 0.2018 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.0704
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1905 1177 5.11 %
Rwork0.1706 21871 -
obs0.1717 23048 96.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1552 0 32 82 1666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00761658
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06932234
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0557224
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0137290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8061645
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.908190771865 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.670.30811590.27582650X-RAY DIFFRACTION94.55
1.67-1.760.26071430.22242774X-RAY DIFFRACTION98.25
1.76-1.870.24381420.21452765X-RAY DIFFRACTION98.18
1.87-2.020.20821320.1672709X-RAY DIFFRACTION96.73
2.02-2.220.18951450.16042757X-RAY DIFFRACTION97.28
2.22-2.540.18871450.16542764X-RAY DIFFRACTION96.93
2.54-3.20.2051530.16892721X-RAY DIFFRACTION95.64
3.2-40.080.1671580.1612731X-RAY DIFFRACTION93.13
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.24980893689-0.315598575412-0.6103743547983.648354504912.94530640775.014230615040.03838994297760.441554015607-0.286574654133-0.4035001291160.149481214133-0.2447771121020.06881654790820.389188981966-0.2127600778690.2556268503040.02544615166830.02295390503730.321399044322-0.04379141824540.26061715125620.302442416410.164003771246.154356147
23.10131567290.407266927293-0.2692406264852.052537950.6944078534243.838168352030.07459125424210.373958293674-0.251062150083-0.163108276920.0194298317858-0.5798557985570.1606465749850.0655856824892-0.0830616096090.2245040221450.01087941174250.019917946350.217653104332-0.009686535638820.32349247097523.924271682712.20711262947.656964967
32.61378182610.1721060558250.02844678589051.070818644370.3492317473880.588148219870.03338128991140.01452344988560.0758089816028-0.0343300596984-0.0330152009255-0.03017951479690.07741579843420.05360971753440.008609714765310.2506470524560.007526381544540.00648190510720.2442748737370.01913379860490.19158230328111.947317782212.819157693448.5454129229
42.24832676564-0.647722130197-0.6132403926237.708273319992.740838018432.94233771085-0.00438864846895-0.009941612825470.0341132343161-0.372391500045-0.1884717980020.711199179616-0.0894539478005-0.2545610360770.1683490074640.2811737518190.0187759716052-0.05404984609280.240293079309-0.00828591303680.278231275119-4.9964122275419.392761900941.7108068032
52.154468941190.174212230365-0.3017248247394.12500190149-0.2701225117481.47434799145-0.00920585739474-0.0944761886487-0.173362791416-0.3566433229840.0252989813431-0.03133018736290.1577898644140.0392210450469-0.02736109568630.1640302656160.0191452399188-0.02973634555290.225923079571-0.01174322019570.1643808820791.4735448868715.092080522144.6241147804
63.394601834240.743543044243-1.026031604113.50331171342-1.179140415912.61404880332-0.00280661944398-0.229592518281-0.255702159610.0242608958093-0.05347402521110.0460043733850.08397552232310.1069225992040.08785417390510.1989550362890.0152250176613-0.006590155538540.218285197142-0.004119692849070.1934964045690.18109068412611.124465570447.5848987425
72.91203112830.132942648964-0.2172545541631.05963821683-0.06865070873761.6522277923-0.0347812688228-0.251267442946-0.161357095212-0.0746702925586-0.09500888415140.146594451096-0.07953950234410.04269080588740.1300890309940.1864505270610.03439970047820.004377490572190.174374760166-0.01590554591120.209626910167-2.5003554687815.301323151546.9913560126
82.57785448388-1.029999188770.08363628695853.28459481643-0.02607484516210.9156383721950.09901816234310.12560731092-0.0181024602359-0.318647500913-0.0838772304104-0.00545172435774-0.00327586587226-0.0345110477527-0.006862891108570.233192523901-0.01457669162610.006084188017670.1877571878920.0002201690206340.1448769337119.4425379575613.783725835345.1709355493
95.210669258341.24550633155-0.3708386889915.893729664591.112840468063.950057241340.1172922819890.1690845574430.1907133904250.002121436788850.230813940111-0.26490268619-0.2004990932230.313946437427-0.3015635311380.165073125380.003765917908630.02254950030080.225975620156-0.009107745403730.23611239346627.136486957413.926216670553.1402408739
102.4361471657-0.0839658027738-0.06709640261721.811584969840.3296634558623.591039832170.07985531302990.195016448069-0.0272699896332-0.1254686292570.0616193615412-0.139620961301-0.167361497150.0979771927493-0.08558036300850.1933386179670.01020965226970.01878743790290.259763856084-0.01677132801970.22655188840520.100644365213.021672291850.9472513986
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 16 )AA4 - 161 - 13
22chain 'A' and (resid 17 through 33 )AA17 - 3314 - 30
33chain 'A' and (resid 34 through 60 )AA34 - 6031 - 57
44chain 'A' and (resid 61 through 77 )AA61 - 7758 - 74
55chain 'A' and (resid 78 through 100 )AA78 - 10075 - 97
66chain 'B' and (resid 4 through 16 )BC4 - 161 - 13
77chain 'B' and (resid 17 through 33)BC17 - 3314 - 30
88chain 'B' and (resid 34 through 60 )BC34 - 6031 - 57
99chain 'B' and (resid 61 through 77 )BC61 - 7758 - 74
1010chain 'B' and (resid 78 through 99 )BC78 - 9975 - 96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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