PDB-9hi5: Structure of scaffold FI6-focused design_02

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hi5

タイトル

Structure of scaffold FI6-focused design_02

要素

GDSL-like protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / scaffold / influenza

機能・相同性

: / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / ISOPROPYL ALCOHOL / GDSL-like protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides uniformis ATCC 8492 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Cramer, J.T. / Krey, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of scaffold FI6-focused design_02
著者: Cramer, J.T. / Krey, T.

履歴

登録	2024年11月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hi5.cif.gz	408.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hi5.ent.gz	279.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hi5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hi5_validation.pdf.gz	468.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hi5_full_validation.pdf.gz	472.5 KB	表示
XML形式データ	9hi5_validation.xml.gz	42.9 KB	表示
CIF形式データ	9hi5_validation.cif.gz	58.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/9hi5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/9hi5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4iyjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GDSL-like protein

B: GDSL-like protein

C: GDSL-like protein

D: GDSL-like protein

ヘテロ分子

98.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GDSL-like protein

B: GDSL-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: GDSL-like protein

D: GDSL-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.050, 63.310, 98.180
Angle α, β, γ (deg.)	96.360, 99.530, 114.570
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	GDSL-like protein 分子量: 24648.803 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides uniformis ATCC 8492 (バクテリア) 遺伝子: BACUNI_03406 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7V743
#2: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL 分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% (w/V) PEG 4,000, 15% (V/V) 2-Propanol, 100mM Sodium citrate pH 5,5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→43.48 Å / Num. obs: 153486 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 1.83 % / B_iso Wilson estimate: 37.322 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_rim(I) all: 0.07 / Χ²: 0.991 / Net I/σ(I): 8.91

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.95	1.829	0.524	1.29	11136	0.612	0.741	91.8
1.95-2	1.875	0.41	1.77	11114	0.694	0.58	93.7
2-2.06	1.86	0.327	2.23	10867	0.776	0.462	94.2
2.06-2.12	1.832	0.245	2.95	10544	0.871	0.346	94.4
2.12-2.19	1.767	0.19	3.54	10121	0.918	0.269	93.8
2.19-2.27	1.789	0.163	4.22	9834	0.931	0.23	94.1
2.27-2.36	1.888	0.134	5.24	9430	0.955	0.19	93.2
2.36-2.45	1.868	0.119	5.79	9157	0.965	0.169	94
2.45-2.56	1.829	0.103	6.71	8742	0.972	0.146	93.8
2.56-2.69	1.731	0.08	7.86	8352	0.983	0.113	94.1
2.69-2.83	1.841	0.071	9.6	7962	0.984	0.1	93.9
2.83-3	1.886	0.056	12.05	7531	0.991	0.079	94.1
3-3.21	1.849	0.044	14.57	7079	0.994	0.063	94.3
3.21-3.47	1.75	0.036	17.24	6627	0.995	0.051	93.9
3.47-3.8	1.819	0.03	20.8	6057	0.996	0.042	93.6
3.8-4.25	1.884	0.027	23.65	5427	0.997	0.038	93.8
4.25-4.9	1.816	0.025	24.55	4768	0.997	0.035	91.8
4.9-6.01	1.778	0.026	23.07	4021	0.997	0.037	93.5
6.01-8.49	1.882	0.025	24.95	3065	0.997	0.036	91.1
8.49-43.48	1.749	0.022	29.98	1652	0.998	0.031	90.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.33 Å	45.46 Å
Translation	5.33 Å	45.46 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.1	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IYJ

4iyj

解像度: 1.9→43.48 Å / SU ML: 0.2026 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 20.4287
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2018	3976	5 %
R_work	0.1707	75573	-
obs	0.1722	79549	97.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6167	0	4	665	6836

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0101	6314
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9742	8592
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0686	976
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0116	1127
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.5335	880

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.3079	136	0.2902	2587	X-RAY DIFFRACTION	92.68
1.92-1.95	0.3072	141	0.276	2678	X-RAY DIFFRACTION	95.95
1.95-1.97	0.284	142	0.2422	2724	X-RAY DIFFRACTION	96.69
1.97-2	0.2687	139	0.2396	2629	X-RAY DIFFRACTION	96.35
2-2.03	0.2462	141	0.2197	2683	X-RAY DIFFRACTION	96.65
2.03-2.06	0.2207	144	0.2157	2730	X-RAY DIFFRACTION	97.06
2.06-2.09	0.2348	141	0.1948	2683	X-RAY DIFFRACTION	96.94
2.09-2.12	0.2244	142	0.1907	2709	X-RAY DIFFRACTION	96.97
2.12-2.16	0.2017	138	0.1877	2630	X-RAY DIFFRACTION	96.88
2.16-2.2	0.2307	144	0.1839	2739	X-RAY DIFFRACTION	97.17
2.2-2.24	0.2467	142	0.1874	2692	X-RAY DIFFRACTION	97.12
2.24-2.29	0.1969	142	0.1799	2699	X-RAY DIFFRACTION	96.14
2.29-2.34	0.234	142	0.1812	2706	X-RAY DIFFRACTION	96.97
2.34-2.39	0.2065	141	0.1739	2664	X-RAY DIFFRACTION	97.4
2.39-2.45	0.2199	144	0.175	2747	X-RAY DIFFRACTION	97.7
2.45-2.52	0.2184	141	0.1746	2668	X-RAY DIFFRACTION	97
2.52-2.59	0.1961	143	0.1727	2729	X-RAY DIFFRACTION	97.59
2.59-2.68	0.2006	143	0.174	2708	X-RAY DIFFRACTION	97.8
2.68-2.77	0.2103	144	0.1792	2730	X-RAY DIFFRACTION	97.92
2.77-2.88	0.2259	145	0.1779	2749	X-RAY DIFFRACTION	97.84
2.88-3.01	0.2083	141	0.1761	2683	X-RAY DIFFRACTION	97.82
3.01-3.17	0.207	143	0.1718	2722	X-RAY DIFFRACTION	97.75
3.17-3.37	0.1809	142	0.1714	2707	X-RAY DIFFRACTION	97.94
3.37-3.63	0.1996	145	0.1653	2740	X-RAY DIFFRACTION	97.66
3.63-4	0.1836	143	0.1522	2719	X-RAY DIFFRACTION	98.25
4-4.58	0.1655	143	0.1358	2722	X-RAY DIFFRACTION	97.71
4.58-5.76	0.1816	143	0.1552	2711	X-RAY DIFFRACTION	97.24
5.76-43.48	0.1799	141	0.1526	2685	X-RAY DIFFRACTION	96.71

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -26.397972327 Å / Origin y: 47.0743295081 Å / Origin z: 26.7810177968 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.139163115007 Å²	0.0100691855104 Å²	-0.0208194004007 Å²	-	0.200703634802 Å²	-0.0121497598229 Å²	-	-	0.206800182417 Å²
L	0.309676357029 °²	0.125673452901 °²	-0.165697051475 °²	-	0.490714537563 °²	-0.307584531516 °²	-	-	0.96269724809 °²
S	0.0400077407554 Å °	-0.0698239525199 Å °	-0.0265189602091 Å °	0.0954609835307 Å °	-0.0383448808879 Å °	0.00892467380594 Å °	-0.0788529550858 Å °	-0.0367534423595 Å °	-0.00671624373243 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)