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万見
- PDB-9hhq: Human monocarboxylate transporter 10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hhq
タイトルHuman monocarboxylate transporter 10
要素Monocarboxylate transporter 10
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SLC16 / MSF / Transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


L-tyrosine transmembrane transporter activity / L-phenylalanine transmembrane transporter activity / aromatic amino acid transport / thyroid-stimulating hormone secretion / L-tryptophan transmembrane transporter activity / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / thyroid hormone transmembrane transporter activity / thyroid hormone transport / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane ...L-tyrosine transmembrane transporter activity / L-phenylalanine transmembrane transporter activity / aromatic amino acid transport / thyroid-stimulating hormone secretion / L-tryptophan transmembrane transporter activity / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / thyroid hormone transmembrane transporter activity / thyroid hormone transport / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / thyroid hormone generation / amino acid transport / transmembrane transporter activity / cell junction / basolateral plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Monocarboxylate transporter 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Nordlin, K.P. / Bagenholm, V. / Gourdon, P.E.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk Foundation0078574 デンマーク
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of the human monocarboxylate transporter 10.
著者: Viktoria Bågenholm / Karl Patric Nordlin / Andrea Pasquadibisceglie / Andrey Belinskiy / Caroline Marcher Holm / Hajira Ahmed Hotiana / Kamil Gotfryd / Lucie Delemotte / Hussam Hassan Nour- ...著者: Viktoria Bågenholm / Karl Patric Nordlin / Andrea Pasquadibisceglie / Andrey Belinskiy / Caroline Marcher Holm / Hajira Ahmed Hotiana / Kamil Gotfryd / Lucie Delemotte / Hussam Hassan Nour-Eldin / Per Amstrup Pedersen / Pontus Gourdon /
要旨: The monocarboxylate transporter (MCT) membrane protein family has 14 human members that perform key cellular functions, such as regulating metabolism. MCT8 and MCT10 have unique cargo specificity, ...The monocarboxylate transporter (MCT) membrane protein family has 14 human members that perform key cellular functions, such as regulating metabolism. MCT8 and MCT10 have unique cargo specificity, transporting thyroid hormone and, in the case of MCT10, aromatic amino acids. Dysfunctional MCT8 causes the severe Allan-Herndon-Dudley syndrome, yet the (patho)physiology and function of MCT8 and MCT10 are not clearly understood, especially at a structural level. We present the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of MCT10, displaying the classical major facilitator superfamily fold, caught in an inward-open configuration. Together with cargo docking models, the outward-open MCT10 AlphaFold model and validating functional analysis, cargo specificity and transport principles are proposed. These findings significantly enhance our understanding of the structure and function of MCTs, information that also may be valuable for the development of novel treatments against MCT-related disorders to address global challenges such as diabetes, obesity, and cancer.
履歴
登録2024年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monocarboxylate transporter 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5371
ポリマ－55,5371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Monocarboxylate transporter 10 / MCT 10 / Aromatic amino acid transporter 1 / Solute carrier family 16 member 10 / T-type amino acid ...MCT 10 / Aromatic amino acid transporter 1 / Solute carrier family 16 member 10 / T-type amino acid transporter 1


分子量: 55537.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC16A10, MCT10, TAT1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q8TF71
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human monocarboxylate transporter 10 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 2.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 195209 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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