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- PDB-9hhm: Crystal structure of phosphatidyl inositol 4-kinase II beta in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hhm
タイトルCrystal structure of phosphatidyl inositol 4-kinase II beta in complex with HH5129
要素Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-beta,Endolysin
キーワードTRANSFERASE / lipid / kinase / inhibitor / PI4K2B / PI4P
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PIPs at the ER membrane / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / endosome organization / phosphatidylinositol biosynthetic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Golgi organization / Synthesis of PIPs at the plasma membrane ...Synthesis of PIPs at the ER membrane / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / endosome organization / phosphatidylinositol biosynthetic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Golgi organization / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / trans-Golgi network / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / early endosome membrane / host cell cytoplasm / endosome / defense response to bacterium / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Type II phosphatidylinositol 4-kinase Lsb6/PI4K2 / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Endolysin / Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Klima, M. / Boura, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of phosphatidyl inositol 4-kinase II beta in complex with HH5129
著者: Klima, M. / Boura, E.
履歴
登録2024年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-beta,Endolysin
B: Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-beta,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,5554
ポリマ－119,2262
非ポリマー1,3292
水2,954164
1
A: Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-beta,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2782
ポリマ－59,6131
非ポリマー6641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-beta,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2782
ポリマ－59,6131
非ポリマー6641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.240, 105.240, 211.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-beta,Endolysin / Phosphatidylinositol 4-kinase type II-beta / PI4KII-BETA / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 59613.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Kinase domain of human PI4K2B (residues 90-450) with cystein-rich loop (residues 165-175) replaced with T4 lysozyme.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: PI4K2B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8TCG2, UniProt: P00720, 1-phosphatidylinositol 4-kinase, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-A1IVA / (1~{S},2~{S},4~{S},5~{R})-6-[[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-bis(oxidanylidene)-$l^{6}-phosphanyl]oxy-bis(oxidanylidene)-$l^{6}-phosphanyl]methyl-bis(oxidanylidene)-$l^{6}-phosphanyl]oxycyclohexane-1,2,3,4,5-pentol


分子量: 664.325 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H25N5O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM HEPES, pH 7.0; 15 % (w/v) PEG 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→39.27 Å / Num. obs: 57107 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 23.7 % / Biso Wilson estimate: 52.35 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.2754 / Rpim(I) all: 0.05681 / Rrim(I) all: 0.2815 / Net I/σ(I): 8.55
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 15.9 % / Rmerge(I) obs: 3.199 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 5550 / CC1/2: 0.516 / CC star: 0.825 / Rpim(I) all: 0.7491 / Rrim(I) all: 3.293 / % possible all: 98.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSxdsgui2データ削減
XDSxdsgui2データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.8.7モデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→39.27 Å / SU ML: 0.3076 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.9747
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2399 2855 5 %random selection
Rwork0.2158 54241 --
obs0.217 57096 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→39.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7193 0 73 164 7430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00227471
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.491410141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041099
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00411304
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.63912776
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.290.32561370.30752607X-RAY DIFFRACTION97.03
2.29-2.330.32111400.28922666X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.380.3021400.2812652X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.420.2981400.27322672X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.480.35321410.27082665X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.530.27641410.25162681X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.60.25221410.24522683X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.670.30631410.2522680X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.750.30421410.25952684X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.830.29541420.25812698X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.940.30571420.24332700X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.050.2481420.2392686X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.190.2741430.24232715X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.360.28461430.25432714X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.570.22271420.22492707X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.850.24471440.20082736X-RAY DIFFRACTION100
3.85-4.230.19891460.18382763X-RAY DIFFRACTION100
4.23-4.840.19461450.17552763X-RAY DIFFRACTION100
4.85-6.10.21181480.20552809X-RAY DIFFRACTION100
6.1-39.270.22021560.19392960X-RAY DIFFRACTION99.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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